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- PDB-7shv: Crystal structure of BRAF kinase domain bound to GDC0879 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7shv
タイトルCrystal structure of BRAF kinase domain bound to GDC0879
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / kinase / kinase inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / thymus development / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Negative regulation of MAPK pathway / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / T cell differentiation in thymus / MAPK cascade / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / cilium / ciliary basal body / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-29L / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Kung, J.E. / Sudhamsu, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Clearing the Path to Rapid High-Quality Protein Purification
著者: Chen, X. / Wendorff, T. / Jao, C. / Kung, J.E. / Liau, N.P.D. / Wu, P. / Yu, C. / Oh, A. / Boenig, G. / Wallweber, H. / Everett, C. / Miu, A. / Brillantes, B. / Mortara, K. / Murray, J. / ...著者: Chen, X. / Wendorff, T. / Jao, C. / Kung, J.E. / Liau, N.P.D. / Wu, P. / Yu, C. / Oh, A. / Boenig, G. / Wallweber, H. / Everett, C. / Miu, A. / Brillantes, B. / Mortara, K. / Murray, J. / Koth, C.M. / Sudhamsu, J.
履歴
登録2021年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4016
ポリマ－70,6622
非ポリマー7404
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.638, 98.638, 159.136
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 35330.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-29L / 2-{4-[(1E)-1-(hydroxyimino)-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl]-3-(pyridin-4-yl)-1H-pyrazol-1-yl}ethanol / GDC-0879


分子量: 334.372 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Na Cacodylate pH 5.5, 0.1 M Ca Acetate, 12% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→39.78 Å / Num. obs: 18435 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 74.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.07641 / Rrim(I) all: 0.2805 / Rsym value: 0.2696 / Net I/σ(I): 10.23
反射 シェル解像度: 2.88→3.065 Å / 冗長度: 14.1 % / Num. unique obs: 1795 / CC1/2: 0.721 / CC star: 0.915 / % possible all: 85.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1-4122_final精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MNF

4mnf


解像度: 2.88→39.78 Å / SU ML: 0.4693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.2432
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 544 2.96 %
Rwork0.2199 17850 -
obs0.2206 18394 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4166 0 60 17 4243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01024330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3435846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0767643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.30951664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-3.170.35381340.32574368X-RAY DIFFRACTION99.54
3.17-3.630.29891330.26294376X-RAY DIFFRACTION99.71
3.63-4.570.24831360.19734434X-RAY DIFFRACTION99.85
4.57-39.780.1921410.19474672X-RAY DIFFRACTION99.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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