[日本語] English
万見
- PDB-7shh: Bacterial cereblon homologue in complex with (R)-3-(4-methoxyphen... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7shh
タイトルBacterial cereblon homologue in complex with (R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione
要素Cereblon isoform 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cereblon / PROTAC / targeted protein degradation / TBD
機能・相同性CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / (3R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione / Cereblon isoform 4
機能・相同性情報
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nithianantham, S. / Fischer, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Development of Potent and Selective Janus Kinase 2/3 Directing PG-PROTACs.
著者: Alcock, L.J. / Chang, Y. / Jarusiewicz, J.A. / Actis, M. / Nithianantham, S. / Mayasundari, A. / Min, J. / Maxwell, D. / Hunt, J. / Smart, B. / Yang, J.J. / Nishiguchi, G. / Fischer, M. / ...著者: Alcock, L.J. / Chang, Y. / Jarusiewicz, J.A. / Actis, M. / Nithianantham, S. / Mayasundari, A. / Min, J. / Maxwell, D. / Hunt, J. / Smart, B. / Yang, J.J. / Nishiguchi, G. / Fischer, M. / Mullighan, C.G. / Rankovic, Z.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cereblon isoform 4
B: Cereblon isoform 4
C: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9239
ポリマ－41,0693
非ポリマー8546
水1,26170
1
A: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9743
ポリマ－13,6901
非ポリマー2852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9743
ポリマ－13,6901
非ポリマー2852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cereblon isoform 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9743
ポリマ－13,6901
非ポリマー2852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.311, 59.586, 87.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 19 through 28 or resid 30...
21(chain B and (resid 19 through 28 or resid 30...
31(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLYGLY(chain A and (resid 19 through 28 or resid 30...AA19 - 2820 - 29
12THRTHRSERSER(chain A and (resid 19 through 28 or resid 30...AA30 - 3231 - 33
13ARGARGARGARG(chain A and (resid 19 through 28 or resid 30...AA3334
14GLYGLYALAALA(chain A and (resid 19 through 28 or resid 30...AA18 - 12319 - 124
15GLYGLYALAALA(chain A and (resid 19 through 28 or resid 30...AA18 - 12319 - 124
16GLYGLYALAALA(chain A and (resid 19 through 28 or resid 30...AA18 - 12319 - 124
17GLYGLYALAALA(chain A and (resid 19 through 28 or resid 30...AA18 - 12319 - 124
21ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 19 through 28 or resid 30...BB19 - 2820 - 29
22THRTHRSERSER(chain B and (resid 19 through 28 or resid 30...BB30 - 3231 - 33
23ARGARGARGARG(chain B and (resid 19 through 28 or resid 30...BB3334
24ALAALAALAALA(chain B and (resid 19 through 28 or resid 30...BB19 - 12320 - 124
25ALAALAALAALA(chain B and (resid 19 through 28 or resid 30...BB19 - 12320 - 124
26ALAALAALAALA(chain B and (resid 19 through 28 or resid 30...BB19 - 12320 - 124
27ALAALAALAALA(chain B and (resid 19 through 28 or resid 30...BB19 - 12320 - 124
31ALAALAGLYGLY(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC19 - 2820 - 29
32THRTHRLEULEU(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC30 - 3831 - 39
33METMETGLYGLY(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC40 - 5341 - 54
34PHEPHEPHEPHE(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC56 - 6157 - 62
35LEULEULEULEU(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC63 - 6764 - 68
36LEULEULEULEU(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC6970
37GLYGLYTRPTRP(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC71 - 8572 - 86
38ILEILEGLNGLN(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC87 - 10888 - 109
39PHEPHEALAALA(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CC110 - 123111 - 124
310ZNZNZNZN(chain C and (resid 19 through 28 or resid 30...CH201

-
要素

#1: タンパク質 Cereblon isoform 4


分子量: 13689.552 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性)
遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-9FT / (3R)-3-(4-methoxyphenyl)piperidine-2,6-dione


分子量: 219.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0. 1M sodium acetate and 16% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→56.31 Å / Num. obs: 23597 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 35.08 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 311502 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.9414.11.1042076014760.8430.3021.1452.698.3
9.11-56.3110.40.04727722660.9990.0140.04941.999.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA0.7.4データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→49.287 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 1242 5.27 %
Rwork0.1915 22313 -
obs0.1927 23555 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.53 Å2 / Biso mean: 52.6615 Å2 / Biso min: 23.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→49.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2377 0 51 70 2498
Biso mean--50.38 49.72 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8073536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.5041914
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1104X-RAY DIFFRACTION11.671TORSIONAL
12B1104X-RAY DIFFRACTION11.671TORSIONAL
13C1104X-RAY DIFFRACTION11.671TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.97610.2691220.2594242598
1.9761-2.0660.27891590.2369240798
2.066-2.1750.27611320.2168246699
2.175-2.31120.23841480.2114238997
2.3112-2.48970.23451250.1996249099
2.4897-2.74020.22321250.1976250199
2.7402-3.13670.22831490.1934250099
3.1367-3.95160.20851170.1724252399
3.9516-49.2870.1891650.1837261298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.19721.31221.19475.0178-0.80783.64810.03660.032-0.6636-0.13010.13680.10360.3214-0.4546-0.12140.2636-0.02740.00920.3199-0.0370.289916.592416.293610.0286
26.9644-0.8091-4.52232.24630.96515.2243-0.33460.3815-0.58480.17740.4126-0.61520.70040.8343-0.14420.31460.0701-0.04310.4892-0.17640.431225.768412.498-0.8918
34.41751.06031.14293.41090.4623.69780.00930.453-0.215-0.39430.04350.243-0.1222-0.1187-0.03650.21740.0436-0.01560.288-0.0680.251618.07220.337-0.7859
46.97134.10472.87786.55551.37636.9836-0.17570.1929-0.1471-0.42620.0408-0.7701-0.19480.82010.10140.26010.00480.04290.29620.06450.297842.33144.548922.2108
52.0062-1.63222.80482.0081-2.0087.37380.34030.09010.2104-1.0686-0.10970.87560.339-0.9705-0.17430.4288-0.0322-0.09610.3455-0.030.425227.78943.133414.2092
64.3371-3.9629-2.86699.78585.99489.4077-0.13020.02670.23080.60320.1958-0.07940.04520.3666-0.00880.22710.0021-0.00960.16650.04680.215424.893517.458120.0658
72.3446-1.19610.69052.2218-0.68542.0474-0.0054-0.2769-0.06580.31240.03230.3086-0.0869-0.1186-0.05370.3-0.01160.0510.21130.02830.293827.65688.021225.9722
84.8119-1.2272.22651.39050.14172.9667-0.1512-0.2689-0.3540.38480.12480.1383-0.1352-0.03350.050.2979-0.00150.04930.20350.05080.253631.42249.217430.2075
96.93931.5904-2.24333.8112-0.82434.7353-0.31470.2286-0.3987-0.27380.0969-0.04290.1469-0.11040.20770.27490.01260.0180.21060.01830.258832.89294.93322.0311
103.4362-1.94043.68132.6675-2.77736.89720.3539-0.0668-0.5005-0.0050.12060.5163-0.88760.2998-0.46090.4889-0.0191-0.00730.9823-0.29190.755928.95135.4308-9.5839
119.0307-0.15182.04516.60730.23626.0710.36920.51240.3574-0.0987-0.53390.9989-0.0616-0.61590.25730.4798-0.0093-0.02270.4835-0.13550.630531.90891.8134-9.0673
124.8144-1.4282-2.31232.03942.27641.5789-0.38870.6792-0.61281.44560.9880.90750.9345-0.4227-0.58151.0862-0.14040.00830.71980.11191.27918.5937-9.0567-5.2641
136.68340.5958-3.57824.8936-0.46136.7851-0.5173-0.8596-0.4043-0.53520.1692-0.4411-0.29930.04670.30590.7742-0.36150.02761.1824-0.13090.927921.4921-5.2866-5.2225
142.029-2.3221.99418.6276-2.2622.0204-0.04380.12050.54310.3634-0.9677-0.00011.0787-0.11250.88630.609-0.14860.13480.6457-0.08960.706836.2964-7.0436-9.1267
150.8721-0.0191-0.36031.8539-0.06573.29780.21170.201-0.1552-0.35640.7458-0.23-0.45270.1909-0.83761.3573-0.29460.04110.9411-0.02681.180425.5578-18.3178-6.014
164.69311.18530.10625.5857-0.15183.50050.36290.0615-1.06760.4505-0.53120.72941.5305-0.99920.14860.8392-0.25290.1220.7165-0.16520.862831.6555-11.586-6.7754
173.0726-0.78831.09247.68040.05972.3528-0.15130.0674-0.63140.0553-0.23540.6704-0.252-1.16260.48570.67-0.00420.13560.7599-0.23160.809627.43-1.1728-6.4799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 44 )A18 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 61 )A45 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 123 )A62 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 19 through 36 )B19 - 36
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 37 through 44 )B37 - 44
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 45 through 54 )B45 - 54
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 55 through 83 )B55 - 83
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 84 through 102 )B84 - 102
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 103 through 123 )B103 - 123
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 18 through 24 )C18 - 24
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 25 through 36 )C25 - 36
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 37 through 54 )C37 - 54
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 55 through 61 )C55 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 62 through 70 )C62 - 70
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 71 through 83 )C71 - 83
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 84 through 109 )C84 - 109
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 110 through 123 )C110 - 123

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る