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- PDB-7sgy: Cannabis sativa bibenzyl synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sgy
タイトルCannabis sativa bibenzyl synthase
要素Bibenzyl synthase
キーワードLIGASE / Type III polypeptide synthase
機能・相同性Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase-like / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Cannabis sativa (アサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kimber, M.S. / Forrester, T.J.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2020-07113 カナダ
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2022
タイトル: Bibenzyl synthesis in Cannabis sativa L.
著者: Boddington, K.F. / Soubeyrand, E. / Van Gelder, K. / Casaretto, J.A. / Perrin, C. / Forrester, T.J.B. / Parry, C. / Al-Abdul-Wahid, M.S. / Jentsch, N.G. / Magolan, J. / Bozzo, G.G. / Kimber, ...著者: Boddington, K.F. / Soubeyrand, E. / Van Gelder, K. / Casaretto, J.A. / Perrin, C. / Forrester, T.J.B. / Parry, C. / Al-Abdul-Wahid, M.S. / Jentsch, N.G. / Magolan, J. / Bozzo, G.G. / Kimber, M.S. / Rothstein, S.J. / Akhtar, T.A.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bibenzyl synthase
B: Bibenzyl synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9504
ポリマ－93,8792
非ポリマー712
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.440, 59.580, 70.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.698, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Bibenzyl synthase


分子量: 46939.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pET28a tag at N-terminus / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A803NJB5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.4 % / 解説: prisms
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 5 mg/ml protein, 0.15 M potassium bromide, 30 % polyethylene glycol mono-methyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.69 Å / Num. obs: 19257 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 46.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 9.23
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 2127 / CC1/2: 0.818 / Rrim(I) all: 0.587 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DXB

6dxb


解像度: 2.5→44.69 Å / SU ML: 0.2968 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.44
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 960 4.99 %
Rwork0.1845 18280 -
obs0.1867 19240 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5983 0 2 121 6106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45968269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393919
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311067
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.50742271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.630.31221340.25912577X-RAY DIFFRACTION99.6
2.63-2.80.32651360.25022604X-RAY DIFFRACTION99.67
2.8-3.010.3261370.22512593X-RAY DIFFRACTION99.64
3.01-3.320.24251360.19992608X-RAY DIFFRACTION99.6
3.32-3.790.24831370.16942602X-RAY DIFFRACTION99.71
3.8-4.780.15521380.15432607X-RAY DIFFRACTION99.17
4.78-44.690.2081420.17152689X-RAY DIFFRACTION99.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86441013348-0.1446106613220.1941020556154.59379742801-1.869785007322.866451978450.00183688183613-0.330996171824-0.435087491874-0.4212906688610.1267426083720.101614448220.418766804158-0.155400416684-0.1302655340640.261468557104-0.01351832890720.0455196170770.401395791994-0.01241627017290.3475305416220.07123158658716.2475537721929.4241250533
23.258653657860.676021350247-0.4950276242522.59276135464-0.6786915302424.833238547290.103578937629-0.193718477596-0.113801729364-0.109741283359-0.139633496886-0.0496694810970.03959391283510.2794504655940.04062122828850.203605341560.01851756428110.03972867800330.256986344622-0.03657523170030.2154516594964.1658447387418.925278296723.4957977279
31.11373005444-0.8392350524760.007053254703795.800541896371.942516182885.75945832751-0.165961684387-0.1274165972160.02360989138430.1776086311150.105848245288-0.9687510934450.2094590966311.49877403294-0.008024720176740.426038857757-0.07294564131370.00807354062190.8725214928120.1520056814970.47714291771516.614450349714.96036628139.1266901907
43.075328199550.4856098963931.095427739284.83341778899-0.5484196902444.19753914547-0.0776693756923-0.4238149739550.1741269053890.486961477783-0.01519117089320.456701557737-0.402236622750.1034738009270.1644715907450.440642934305-0.02497448386130.07175888347780.446585701346-0.05548342855640.2363570531023.5214396220423.545820913639.2201224813
51.329204808490.8621233454420.1494335402192.643735904080.9607652590133.24227526051-0.1338343997190.0134875263921-0.377258459603-0.115042616130.182486905539-0.1986606342330.5427658152850.845920478525-0.1359278563340.5287097192210.115727603140.1315174658740.8703675741990.07939709620920.45339575542423.54502030016.935012307034.08085734733
61.92811082568-0.710382372843-0.5594322525452.215136503410.0866377969783.789117887590.120597438856-0.174154734586-0.07487247594850.0725373511681-0.187517973739-0.211151305124-0.007530624175190.6844045488230.09022298782430.295770923093-0.02331312975390.0529031097330.6026842458620.06844672437030.26239189067420.197036772919.080612702711.8811777739
71.009460646261.09898886863-0.842409293182.44946212037-2.270899299595.41676105538-0.01468249923410.244572258975-0.0127066063244-0.812550356897-0.02936687331250.05209331014450.414576021214-0.4286480962910.03451423240540.4509248434750.060742024570.04532525422110.462387224751-0.04920516123550.3116783412987.2026283467219.7759749112-3.65646931906
81.72517391038-0.439312229575-0.4944563977762.523875038580.7368331562893.243465331370.02355623322630.05357845667770.113431055199-0.582723550655-0.0171349777126-0.507881017257-0.1919175569440.807515203282-0.04166568186950.464211857875-0.008336288870280.1046787729180.5565667202880.03586544675130.29975793139820.840629698725.7754962225-3.10821678114
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 119 )AA5 - 1191 - 116
22chain 'A' and (resid 120 through 249 )AA120 - 249117 - 246
33chain 'A' and (resid 250 through 323 )AA250 - 323247 - 314
44chain 'A' and (resid 324 through 393 )AA324 - 393315 - 384
55chain 'B' and (resid 6 through 119 )BB6 - 1191 - 114
66chain 'B' and (resid 120 through 249 )BB120 - 249115 - 244
77chain 'B' and (resid 250 through 323 )BB250 - 323245 - 318
88chain 'B' and (resid 324 through 392 )BB324 - 392319 - 387

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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