+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sgy | ||||||
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Title | Cannabis sativa bibenzyl synthase | ||||||
Components | Bibenzyl synthase | ||||||
Keywords | LIGASE / Type III polypeptide synthase | ||||||
Function / homology | Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase-like / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Cannabis sativa (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Kimber, M.S. / Forrester, T.J.B. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Plant J. / Year: 2022 Title: Bibenzyl synthesis in Cannabis sativa L. Authors: Boddington, K.F. / Soubeyrand, E. / Van Gelder, K. / Casaretto, J.A. / Perrin, C. / Forrester, T.J.B. / Parry, C. / Al-Abdul-Wahid, M.S. / Jentsch, N.G. / Magolan, J. / Bozzo, G.G. / Kimber, ...Authors: Boddington, K.F. / Soubeyrand, E. / Van Gelder, K. / Casaretto, J.A. / Perrin, C. / Forrester, T.J.B. / Parry, C. / Al-Abdul-Wahid, M.S. / Jentsch, N.G. / Magolan, J. / Bozzo, G.G. / Kimber, M.S. / Rothstein, S.J. / Akhtar, T.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7sgy.cif.gz | 379.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7sgy.ent.gz | 257.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7sgy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7sgy_validation.pdf.gz | 454.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7sgy_full_validation.pdf.gz | 468.7 KB | Display | |
Data in XML | 7sgy_validation.xml.gz | 30.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7sgy_validation.cif.gz | 41.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sgy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dxbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46939.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: pET28a tag at N-terminus / Source: (gene. exp.) Cannabis sativa (plant) / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A803NJB5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.49 Å3/Da / Density % sol: 17.4 % / Description: prisms |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 5 mg/ml protein, 0.15 M potassium bromide, 30 % polyethylene glycol mono-methyl ether 2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.98011 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 1, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98011 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→44.69 Å / Num. obs: 19257 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.36 % / Biso Wilson estimate: 46.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 9.23 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 2127 / CC1/2: 0.818 / Rrim(I) all: 0.587 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DXB Resolution: 2.5→44.69 Å / SU ML: 0.2968 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.44 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→44.69 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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