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万見
- PDB-7sfp: Crystal structure of OssO, a spirocyclase involved in the biosynt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sfp
タイトルCrystal structure of OssO, a spirocyclase involved in the biosynthesis of ossamycin
要素Spirocyclase
キーワードHYDROLASE / cyclase / spyrocyclase / oligomycin / calycin
機能・相同性Putative spirocyclase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces ossamyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bilyk, O. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)18/00351-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)20/03850-9 ブラジル
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Enzyme-Catalyzed Spiroacetal Formation in Polyketide Antibiotic Biosynthesis.
著者: Bilyk, O. / Oliveira, G.S. / de Angelo, R.M. / Almeida, M.O. / Honorio, K.M. / Leeper, F.J. / Dias, M.V.B. / Leadlay, P.F.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spirocyclase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8321
ポリマ－23,8321
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.953, 53.953, 245.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-214-

HOH

21A-217-

HOH

31A-218-

HOH

41A-223-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Spirocyclase


分子量: 23832.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces ossamyceticus (バクテリア)
遺伝子: ossO
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A481S8L7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20 %w/v PEG 8K, 0.1 M 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 100K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.02 Å / Num. obs: 11716 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 50 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 25 / Num. measured all: 586280 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.2-2.2753.13.211526129900.8870.4413.2421.5
9.07-49.0232.90.035790024010.0060.03585.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX18.1.3875精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SFN

7sfn


解像度: 2.2→46.725 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2728 565 4.88 %
Rwork0.219 11024 -
obs0.2217 11589 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.38 Å2 / Biso mean: 68.077 Å2 / Biso min: 40.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1200 0 0 23 1223
Biso mean---77.92 -
残基数----151
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.42140.32881300.2751265199
2.4214-2.77170.36261370.24962682100
2.7717-3.49190.28281370.23292742100
3.4919-46.720.25171610.20342949100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.977 Å / Origin y: 88.3981 Å / Origin z: 256.9182 Å
111213212223313233
T0.4281 Å2-0.1397 Å2-0.0228 Å2-0.3265 Å2-0.0025 Å2--0.2809 Å2
L2.465 °20.3941 °20.0138 °2-4.7495 °2-0.9063 °2--5.437 °2
S0.0562 Å °-0.1147 Å °-0.2598 Å °-0.0166 Å °-0.2508 Å °-0.174 Å °0.3626 Å °-0.4944 Å °0.1831 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA26 - 176
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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