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- PDB-7sfn: Crystal structure of OlmO, a spirocyclase involved in the biosynt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sfn
タイトルCrystal structure of OlmO, a spirocyclase involved in the biosynthesis of oligomycin
要素OlmO - oligomycin spirocyclase
キーワードHYDROLASE / cyclase / spyrocyclase / oligomycin / calycin
機能・相同性D-MALATE / NlmOI
機能・相同性情報
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bilyk, O. / Leadlay, P.F. / Dias, M.V.B.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)18/00351-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)20/03850-9 ブラジル
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Enzyme-Catalyzed Spiroacetal Formation in Polyketide Antibiotic Biosynthesis.
著者: Bilyk, O. / Oliveira, G.S. / de Angelo, R.M. / Almeida, M.O. / Honorio, K.M. / Leeper, F.J. / Dias, M.V.B. / Leadlay, P.F.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OlmO - oligomycin spirocyclase
B: OlmO - oligomycin spirocyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2553
ポリマ－43,1212
非ポリマー1341
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.036, 54.036, 245.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 OlmO - oligomycin spirocyclase


分子量: 21560.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
遺伝子: SAV14893_021330, SAV31267_066240
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q93HI7
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 3 M Malic acid, pH = 6.0 pH = 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 100K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.1 Å / Num. obs: 23608 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 221286 / Scaling rejects: 40
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.168.10.7111512718620.8630.2650.76395.1
8.9-49.19.10.03629913300.9990.0120.03845.199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHENIX18.1.3865精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.73 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 1088 4.63 %
Rwork0.1706 22412 -
obs0.1722 23500 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.2 Å2 / Biso mean: 50.5205 Å2 / Biso min: 29.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 9 170 2612
Biso mean--66.54 54.45 -
残基数----301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.190.27821180.2212740285898
2.19-2.310.24111280.185928102938100
2.31-2.450.25241440.207628312975100
2.45-2.640.2271500.188627592909100
2.64-2.910.22071290.204828272956100
2.91-3.330.21231490.173227952944100
3.33-4.190.17831430.150128142957100
4.2-43.730.19291270.156628362963100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.9718 Å / Origin y: 3.3919 Å / Origin z: 133.0074 Å
111213212223313233
T0.3108 Å2-0.0022 Å20.0016 Å2-0.199 Å20.0146 Å2--0.3054 Å2
L0.8821 °20.212 °20.3863 °2-0.9362 °21.1111 °2--3.2949 °2
S0.0436 Å °0.0096 Å °0.0068 Å °-0.0242 Å °-0.1179 Å °0.0214 Å °-0.0083 Å °0.1409 Å °0.0843 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA16 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1allA201
3X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 167
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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