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- PDB-7seb: Crystal structure of human Fibrillarin in complex with compound 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7seb
タイトルCrystal structure of human Fibrillarin in complex with compound 2 from single soak
要素rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / S-adenosyl methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 snRNA 2'-O-ribose methyltransferase activity / snoRNA localization / granular component / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / rRNA modification in the nucleus and cytosol / TFIID-class transcription factor complex binding ...U6 snRNA 2'-O-ribose methyltransferase activity / snoRNA localization / granular component / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / rRNA modification in the nucleus and cytosol / TFIID-class transcription factor complex binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Cajal body / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / small-subunit processome / fibrillar center / rRNA processing / osteoblast differentiation / ATPase binding / ribosomal small subunit biogenesis / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Vaccinia Virus protein VP39 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-amine / FORMIC ACID / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Shi, Y. / El-Deeb, I.M. / Masic, V. / Hartley-Tassell, L. / Maggioni, A. / von Itzstein, M. / Ve, T.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2021
タイトル: Discovery of Cofactor Competitive Inhibitors against the Human Methyltransferase Fibrillarin.
著者: Shi, Y. / El-Deeb, I.M. / Masic, V. / Hartley-Tassell, L. / Maggioni, A. / Itzstein, M.V. / Ve, T.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9835
ポリマ－26,6821
非ポリマー3014
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.210, 138.905, 66.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / 34 kDa nucleolar scleroderma antigen / Histone-glutamine methyltransferase / U6 snRNA 2'-O- ...34 kDa nucleolar scleroderma antigen / Histone-glutamine methyltransferase / U6 snRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin


分子量: 26681.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBL, FIB1, FLRN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P22087, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-8XF / 6-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-amine


分子量: 163.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4F3N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.75-3.3 M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.03 Å / Num. obs: 29246 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 29.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 1.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1359 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.495 / Rrim(I) all: 1.733

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IPX

2ipx


解像度: 1.81→48.03 Å / SU ML: 0.2244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.9387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 1462 5.01 %
Rwork0.1942 27738 -
obs0.1961 29200 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1777 0 20 136 1933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01071840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09132492
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0694281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9055685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.870.32261410.27512666X-RAY DIFFRACTION96.46
1.87-1.950.28161430.24772726X-RAY DIFFRACTION97.55
1.95-2.040.25651440.23432739X-RAY DIFFRACTION98.03
2.04-2.140.24361440.21152723X-RAY DIFFRACTION97.65
2.14-2.280.24491450.2032755X-RAY DIFFRACTION98.44
2.28-2.450.23221450.20172750X-RAY DIFFRACTION98.44
2.45-2.70.2631460.21772771X-RAY DIFFRACTION98.88
2.7-3.090.2491490.21332818X-RAY DIFFRACTION99.03
3.09-3.90.24921490.18562834X-RAY DIFFRACTION99.4
3.9-48.030.18671560.16132956X-RAY DIFFRACTION99.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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