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- PDB-7scx: KRAS full-length G12V in complex with RGL1 Ras association domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7scx
タイトルKRAS full-length G12V in complex with RGL1 Ras association domain
要素
  • Isoform 2B of GTPase KRas
  • Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 1
キーワードONCOPROTEIN / GTPase / RalGEF / Complex / Domain-swap
機能・相同性
機能・相同性情報


GMP binding / response to mineralocorticoid / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic ...GMP binding / response to mineralocorticoid / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / positive regulation of glial cell proliferation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / homeostasis of number of cells within a tissue / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / guanyl-nucleotide exchange factor activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / female pregnancy / RAF activation / liver development / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / PPARA activates gene expression / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / RAS processing / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 1 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal ...Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 1 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / GTPase KRas / Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Eves, B.J. / Kuntz, D.A. / Ikura, M. / Marshall, C.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structures of RGL1 RAS-Association Domain in Complex with KRAS and the Oncogenic G12V Mutant.
著者: Eves, B.J. / Gebregiworgis, T. / Gasmi-Seabrook, G.M.C. / Kuntz, D.A. / Prive, G.G. / Marshall, C.B. / Ikura, M.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8395
ポリマ－32,1812
非ポリマー6593
水2,126118
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 1
ヘテロ分子

A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,67810
ポリマ－64,3614
非ポリマー1,3176
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)121.950, 38.770, 68.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.715, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 21485.619 Da / 分子数: 1 / 変異: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 1 / RalGDS-like 1


分子量: 10695.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGL1, KIAA0959, RGL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZL6

-
非ポリマー , 4種, 121分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M BIS-TRIS (pH 5.5), 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→33.86 Å / Num. obs: 20768 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 37.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.032 / Net I/av σ(I): 15.1 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2049 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 0.487 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LFD

1lfd


解像度: 1.96→33.86 Å / SU ML: 0.2145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.8063
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 1025 4.94 %
Rwork0.1734 19735 -
obs0.1755 20760 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→33.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2019 0 38 118 2175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15772865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0639324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3363297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.060.25061360.22612815X-RAY DIFFRACTION99.9
2.06-2.190.2751580.20062770X-RAY DIFFRACTION99.97
2.19-2.360.2481420.17972791X-RAY DIFFRACTION99.83
2.36-2.60.25531470.17392794X-RAY DIFFRACTION99.73
2.6-2.980.23561410.18332829X-RAY DIFFRACTION99.93
2.98-3.750.22641420.16682839X-RAY DIFFRACTION99.93
3.75-33.860.18171590.16482897X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1811759751230.1619257147260.04660475720860.1765266871540.009033677278990.220862407094-0.0102708706230.257741378892-0.076647326595-0.151188987826-0.3022828505270.696723212737-0.389258890463-0.1640894484070.0003700857965380.4838687393020.0783042891381-0.09866614035650.338680088918-0.03331882598130.461706714117-2.381789380641.082059134117.4906449113
20.592485465521-0.2327019532960.2712862208760.947773421748-0.07038918344661.2700373506-0.0999294591054-0.157879253560.1014411838050.2435683273890.0504503727856-0.0516260733936-0.282514621695-0.08408565940019.83102801306E-50.365703614932-0.00746132241563-0.01369670544440.322986763548-0.02921112441180.3711404585317.3243937964-2.0470834437126.6215523481
30.7201418248110.1694488030630.3770757508720.4015471138230.3873445163070.480086163523-0.0532258153271-0.0603076662646-0.155167553265-0.1290587061130.0538899114611-0.2325495231770.0121364165366-0.177541174856-9.91571088196E-60.447068852436-0.0139094055824-0.01191468510370.429314192318-0.01094292716320.463288470886-1.18487161862-7.9237560859620.502021982
40.517063358680.2462963855610.8561638637650.3840465421550.1699274572421.544699491830.1000011096990.24370696454-0.119833081725-0.211575199133-0.03769480342230.04853483036120.281440414967-0.01866432469220.0001181159595360.451530230622-0.00333302976327-0.009743834059670.35821900411-0.02779860243760.3706697923755.6030486971-12.559424525812.4505617026
51.07373279295-0.9022316800970.4165196866951.167488524840.4578824122721.77338223237-0.1081353490530.3786368923830.0950742863193-0.421749683431-0.0396260641738-0.0919075290513-0.2358689268050.31529712779-0.0001185373691820.456937371798-0.0407357599354-0.009174330959890.3779341121550.0288505293460.3674358110689.72512487518-2.5271062193810.4766460574
60.4228640514670.4165046418840.5957217982750.5176776821990.7552719805631.14293339828-0.0472259893159-0.2450341843050.08605997903030.4708691225160.03243704850970.479375871288-0.367093658016-0.601565392535-0.0004379160163550.419516267412-0.03695016721580.0649560893960.483090058390.01708234032940.394376383433-3.30104144172-9.2106691357436.6570207781
70.11693096117-0.0217167509012-0.02255731634070.0886576261031-0.05822019773450.04812903274390.0627005000808-0.5283399132950.2515704040240.2345672249120.18219328772-0.4705664204840.09465958474210.480618200848-0.0005007959399140.4738273256160.050448067592-0.03355273117440.5741720824180.05235617619810.4015181049211.50751863768-10.468777253843.8729229612
80.411440651755-0.3035755043060.2545907100790.876854272079-0.523517608560.321039797929-0.0654847530304-0.538282479440.803629124330.4924639326-0.140487697737-0.234875458425-0.7794067164880.0842959872997-0.01376612149690.565280531134-0.05072418043050.02504757470790.739117376875-0.06734550558910.506266140965-1.59096169556-3.7791323438144.6939421782
90.380235682972-0.01897075283750.402020443212.388580436390.1256414051870.4426014462550.35631354982-1.267006584170.04068016350570.515938203007-0.4570000252190.7448455724510.240950325705-0.631583551293-0.09319259005850.602594448629-0.07656553032140.1720702114610.9205693430460.01872226445820.562634309879-12.9120938137-11.178682540745.5548862102
100.639878310447-0.118173287252-0.3150163645390.1155964539330.07833082600260.266848439987-0.1420826245070.0724663691384-0.4109318759440.0600601720037-0.025326295507-0.045240874964-0.2410826351860.5140926936880.0005260124996740.544459236358-0.0136000598270.04494535779330.618498917740.07395804414390.475645829574-21.5136159489-7.6805823526525.7045630153
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 10 )AA1 - 101 - 10
22chain 'A' and (resid 11 through 46 )AA11 - 4611 - 46
33chain 'A' and (resid 47 through 73 )AA47 - 7347 - 73
44chain 'A' and (resid 74 through 104 )AA74 - 10474 - 104
55chain 'A' and (resid 105 through 169 )AA105 - 169105 - 169
66chain 'B' and (resid 683 through 709 )BF683 - 7091 - 27
77chain 'B' and (resid 710 through 720 )BF710 - 72028 - 38
88chain 'B' and (resid 721 through 738 )BF721 - 73839 - 56
99chain 'B' and (resid 739 through 754 )BF739 - 75457 - 72
1010chain 'B' and (resid 755 through 768 )BF755 - 76873 - 86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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