PDB-7sct: Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001 Complexed to Hum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sct

タイトル

Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001 Complexed to Human Chemokine CCL16

要素

C-C motif chemokine 16
Evasin P1243

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Inflammation / Chemokine / Ticks / Evasins

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of chemokine activity / chemokine binding / CCR chemokine receptor binding / cell communication / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / chemoattractant activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Amblyomma americanum (ダニ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Devkota, S.R. / Bhusal, R.P. / Aryal, P. / Wilce, M.C.J. / Stone, M.J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Engineering broad-spectrum inhibitors of inflammatory chemokines from subclass A3 tick evasins.
著者: Devkota, S.R. / Aryal, P. / Pokhrel, R. / Jiao, W. / Perry, A. / Panjikar, S. / Payne, R.J. / Wilce, M.C.J. / Bhusal, R.P. / Stone, M.J.

履歴

登録	2021年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sct.cif.gz	91.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sct.ent.gz	57.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/7sct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/7sct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7scsSC 7scvC 8fj0C 8fj2C 8fj3C 8fk6C 8fk8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Evasin P1243

B: C-C motif chemokine 16

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.258, 96.258, 84.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422
Space group name Hall	I42
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: x,-y,-z #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	Evasin P1243 分子量: 11114.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amblyomma americanum (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C9S461
#2: タンパク質	C-C motif chemokine 16 / Chemokine CC-4 / HCC-4 / Chemokine LEC / IL-10-inducible chemokine / LCC-1 / Liver-expressed ...Chemokine CC-4 / HCC-4 / Chemokine LEC / IL-10-inducible chemokine / LCC-1 / Liver-expressed chemokine / Lymphocyte and monocyte chemoattractant / LMC / Monotactin-1 / MTN-1 / NCC-4 / Small-inducible cytokine A16 分子量: 11458.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL16, ILINCK, NCC4, SCYA16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15467
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.26 M (NH4)2SO4 (Precipitant),0.1 M HEPES 7.5 pH (Buffer)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→48.13 Å / Num. obs: 17690 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26 % / B_iso Wilson estimate: 35.19 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.84→1.88 Å / Num. unique obs: 1051 / CC_1/2: 0.829

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SCS

7scs

解像度: 1.84→38.38 Å / SU ML: 0.2094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7467
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	890	5.04 %
R_work	0.2031	16772	-
obs	0.2035	17662	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→38.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1169	0	0	79	1248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	1196
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0831	1631
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0583	187
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077	209
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0096	166

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.95	0.2949	144	0.291	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.95-2.1	0.2691	143	0.2373	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.1-2.31	0.2663	137	0.2163	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.31-2.65	0.2686	157	0.2249	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.65-3.34	0.2084	155	0.2212	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.34-38.38	0.1786	154	0.1782	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.40830913036	0.902634968542	3.42265189859	9.93703171207	3.44874899587	4.11688025159	0.384527171569	-1.62418192437	-0.619326045547	0.510338027965	0.134220274683	-0.148399351414	1.33990069404	0.0321418019482	-0.46949326398	0.652119932575	-0.00435675018886	-0.0280721783481	0.905936700018	0.102466042572	0.819640839699	-10.5534936953	13.8518078508	-6.22457261598
2	7.0911653507	0.731255724714	2.19162088488	4.15748667571	2.61613151206	8.11065371457	-0.0614609017296	0.50496481696	-0.464095728699	-0.492892381554	0.146386312121	-0.398493039815	-0.021252417319	0.589098999427	-0.12860496547	0.34710840093	-0.00532043094754	0.0957189382806	0.255534758792	-0.0348379942333	0.389492407033	-18.0847365532	13.8449873973	-26.0536211834
3	4.44380542078	0.713482114197	1.02421016137	5.89604994635	-0.82046160578	5.06156741892	0.0171931684933	0.649238891559	-0.682414320364	-0.777933180542	-0.014761580794	0.0452407349696	0.11254234836	0.243485864213	0.0410399935249	0.381482882599	0.0244290635331	0.0500101342414	0.31255672695	-0.124148727244	0.439674944319	-22.2989373569	8.84406672444	-29.2281480569
4	4.97774422798	-3.30824279101	2.0065294797E-5	4.36493629966	-0.454452223896	6.22570108755	0.469430244586	0.541298888246	-0.193132496709	-0.626897588761	-0.389712311658	0.13151991191	-0.201716722811	0.0946100540957	-0.0847423747606	0.45397172198	0.0092924037439	-0.0104141891199	0.335531094347	-0.0547689028924	0.402274975942	-26.2421354945	11.4925101157	-31.1091062
5	8.00598233109	0.570677881037	3.99730099372	3.26315572831	1.51773167684	3.25819813773	-0.0880677091178	-0.422630865265	0.132324044994	-0.0253961956204	-0.0596068612283	0.0256701063958	0.0594791056332	-0.492174677519	0.0885891672008	0.377251070903	0.0105968536126	0.102663345624	0.420580859329	-0.057108845694	0.445089807453	-13.3106292802	20.4025448513	-14.3420988941
6	8.79237396773	-2.84754147565	6.15745966307	4.45857851902	-3.71116518224	7.28044279962	-0.0231480416216	0.0759721708612	0.497396198028	0.0508377274482	-0.252101141201	-0.275156276772	-0.46858052002	0.222244647178	0.177035989695	0.359520485665	-0.0312596511719	0.0121318559426	0.371453876273	-0.0478613766082	0.443147992146	-2.81970925511	24.3122411207	-14.1686991914
7	6.04790277074	-0.230628895706	3.71950571509	1.20901905415	0.653305460984	3.76216630902	-0.246325134896	-0.0388754682763	0.244606523226	-0.19537895177	-0.106949665881	0.00236305575429	-0.229663660963	0.0182951057865	0.284369445085	0.378248103474	0.03667838357	0.02962169631	0.355337900125	-0.0496400551076	0.492491279322	-12.6283532581	23.318667847	-19.7030068912
8	4.82380147747	-4.55562607393	5.84469054542	4.43055141005	-5.68293658863	8.36459212113	-0.143418236085	-0.181578989846	-1.38637932531	-0.397093701472	0.0745046846196	-0.278256387579	0.699278928057	0.00804140955896	-0.00100062001296	0.407715959544	0.0488401412015	0.0621664694545	0.41695153402	1.35539816928E-6	0.729598024592	-4.78074719689	16.5992049461	-13.5460913913
9	9.04681648651	0.156829258567	0.507239171141	6.81550155927	-0.740256778582	4.38906213784	-0.174422254486	-0.764202597388	1.33001488321	0.12493267609	0.0819875766447	-0.383909141192	-0.355988231458	0.215803376852	0.0443273307723	0.38602942924	-0.015432864577	-0.00620738666483	0.384608091078	-0.143825278704	0.467699791393	-6.02887352006	29.9979602288	-14.4680179243

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 15 through 21 )	A	A	15 - 21	1 - 7
2	2	chain 'A' and (resid 22 through 46 )	A	A	22 - 46	8 - 32
3	3	chain 'A' and (resid 47 through 84 )	A	A	47 - 84	33 - 70
4	4	chain 'A' and (resid 85 through 100 )	A	A	85 - 100	71 - 86
5	5	chain 'B' and (resid 14 through 27 )	B	B	14 - 27	1 - 14
6	6	chain 'B' and (resid 28 through 37 )	B	B	28 - 37	15 - 24
7	7	chain 'B' and (resid 38 through 49 )	B	B	38 - 49	25 - 36
8	8	chain 'B' and (resid 50 through 57 )	B	B	50 - 57	37 - 44
9	9	chain 'B' and (resid 58 through 79 )	B	B	58 - 79	45 - 66

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)