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- PDB-7scj: Cryo-EM structure of the human Exostosin-1 and Exostosin-2 hetero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7scj
タイトルCryo-EM structure of the human Exostosin-1 and Exostosin-2 heterodimer in complex with a 4-sugar oligosaccharide acceptor analog
要素
  • Exostosin-1
  • Exostosin-2
キーワードTRANSFERASE / exostosin1 / exostosin2 / glycosyltransferase / heparan sulfate / acceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase / hypersensitivity / heart field specification / lymphocyte adhesion to endothelial cell of high endothelial venule / heparan sulfate N-acetylglucosaminyltransferase activity / glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase activity / smoothened signaling pathway involved in lung development / developmental growth involved in morphogenesis ...glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase / hypersensitivity / heart field specification / lymphocyte adhesion to endothelial cell of high endothelial venule / heparan sulfate N-acetylglucosaminyltransferase activity / glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase activity / smoothened signaling pathway involved in lung development / developmental growth involved in morphogenesis / sweat gland development / perichondral bone morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in bone development / response to leukemia inhibitory factor / UDP-N-acetylglucosamine transferase complex / chondroitin sulfate metabolic process / response to heparin / chondrocyte hypertrophy / embryonic skeletal joint development / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, polysaccharide chain biosynthetic process / fluid transport / glucuronosyltransferase activity / limb joint morphogenesis / tight junction organization / heparin biosynthetic process / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / stomach development / sebaceous gland development / glomerular basement membrane development / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / HS-GAG biosynthesis / glycosaminoglycan biosynthetic process / dendrite self-avoidance / lymphocyte migration into lymphoid organs / chondrocyte proliferation / sulfation / hematopoietic stem cell homeostasis / dendritic cell migration / endochondral bone morphogenesis / glandular epithelial cell differentiation / endochondral bone growth / acetylglucosaminyltransferase activity / sodium ion homeostasis / podocyte differentiation / basement membrane organization / polysaccharide biosynthetic process / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / vocalization behavior / cranial skeletal system development / stem cell division / vacuole organization / olfactory bulb development / leukocyte tethering or rolling / multicellular organismal-level water homeostasis / endochondral ossification / endoderm development / response to light intensity / fear response / protein N-linked glycosylation / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / collagen fibril organization / neural crest cell differentiation / motor behavior / ossification involved in bone maturation / cell adhesion mediated by integrin / optic nerve development / hair follicle morphogenesis / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / heart contraction / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / mesoderm development / antigen processing and presentation / social behavior / mesoderm formation / catalytic complex / hematopoietic stem cell differentiation / blood vessel remodeling / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cell fate commitment / canonical Wnt signaling pathway / BMP signaling pathway / chondrocyte differentiation / bone resorption / gastrulation / ossification / axon guidance / synaptic transmission, glutamatergic / wound healing / protein catabolic process / multicellular organism growth / cellular response to virus / regulation of blood pressure / vasodilation / gene expression / protein-containing complex assembly / protein heterodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Exostosin-like / Exostosin, GT47 domain / Exostosin family / Glycosyl transferase 64 domain / Glycosyl transferase family 64 domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Exostosin-1 / Exostosin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li, H. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA231466 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for heparan sulfate co-polymerase action by the EXT1-2 complex.
著者: Hua Li / Digantkumar Chapla / Robert A Amos / Annapoorani Ramiah / Kelley W Moremen / Huilin Li /
要旨: Heparan sulfate (HS) proteoglycans are extended (-GlcAβ1,4GlcNAcα1,4-) co-polymers containing decorations of sulfation and epimerization that are linked to cell surface and extracellular matrix ...Heparan sulfate (HS) proteoglycans are extended (-GlcAβ1,4GlcNAcα1,4-) co-polymers containing decorations of sulfation and epimerization that are linked to cell surface and extracellular matrix proteins. In mammals, HS repeat units are extended by an obligate heterocomplex of two exostosin family members, EXT1 and EXT2, where each protein monomer contains distinct GT47 (GT-B fold) and GT64 (GT-A fold) glycosyltransferase domains. In this study, we generated human EXT1-EXT2 (EXT1-2) as a functional heterocomplex and determined its structure in the presence of bound donor and acceptor substrates. Structural data and enzyme activity of catalytic site mutants demonstrate that only two of the four glycosyltransferase domains are major contributors to co-polymer syntheses: the EXT1 GT-B fold β1,4GlcA transferase domain and the EXT2 GT-A fold α1,4GlcNAc transferase domain. The two catalytic sites are over 90 Å apart, indicating that HS is synthesized by a dissociative process that involves a single catalytic site on each monomer.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exostosin-1
B: Exostosin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,8027
ポリマ－160,5852
非ポリマー2,2175
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exostosin-1 / Glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan/N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N- ...Glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan/N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / Multiple exostoses protein 1 / Putative tumor suppressor protein EXT1


分子量: 83404.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXT1 / 発現宿主: Mammalia (両生類)
参照: UniProt: Q16394, glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase, N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase
#2: タンパク質 Exostosin-2 / Glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan/N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N- ...Glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan/N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / Multiple exostoses protein 2 / Putative tumor suppressor protein EXT2


分子量: 77180.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXT2 / 発現宿主: Mammalia (両生類)
参照: UniProt: Q93063, glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase, N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-beta-glucuronosyltransferase

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糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2- ...2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 600.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpAb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5]/1-2-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: hEXT1/2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Mammalia (両生類)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHEPESHEPES1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 299 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 193 K / 最低温度: 193 K / Residual tilt: 0.05 mradians
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3080
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1938290
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91157 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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