PDB-7sbj: Crystal Structure of Ribulose-phosphate 3-epimerase from Stenotro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sbj

タイトル

Crystal Structure of Ribulose-phosphate 3-epimerase from Stenotrophomonas maltophilia K279a

要素

Ribulose-phosphate 3-epimerase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / rpe / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose-phosphate 3-epimerase / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / pentose catabolic process / pentose-phosphate shunt / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Ribulose-phosphate 3-epimerase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sbj.cif.gz	341.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sbj.ent.gz	227.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sbj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sbj_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sbj_full_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示
XML形式データ	7sbj_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	7sbj_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/7sbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/7sbj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5umfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5umf-d 5wzh-d 5wzi-d 4xuq-d 4z64-2 5wzk-d 6i8w-d 6gwn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribulose-phosphate 3-epimerase

B: Ribulose-phosphate 3-epimerase

C: Ribulose-phosphate 3-epimerase

ヘテロ分子

76.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.890, 136.480, 148.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-469- HOH
2	1	A-605- HOH
3	1	B-572- HOH
4	1	C-560- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 4 through 8 or resid 10...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 4 through 8 or resid 10...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 4 through 8 or resid 10...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	CYS	PRO	A	1 - 5
d_1	2	ens_1	ILE	ASP	A	7 - 20
d_1	3	ens_1	VAL	CYS	A	22 - 50
d_1	4	ens_1	ALA	PRO	A	52 - 70
d_1	5	ens_1	ASP	ALA	A	72 - 79
d_1	6	ens_1	ALA	ILE	A	81 - 100
d_1	7	ens_1	LEU	CYS	A	102 - 108
d_1	8	ens_1	PRO	ILE	A	110 - 169
d_1	9	ens_1	LEU	GLY	A	171 - 196
d_1	10	ens_1	ALA	TYR	A	198 - 206
d_1	11	ens_1	VAL	ALA	A	209 - 211
d_1	12	ens_1	MET	ARG	A	213 - 221
d_1	13	ens_1	ZN	ZN	B
d_1	14	ens_1	SO4	SO4	C
d_1	15	ens_1	SO4	SO4	D
d_1	16	ens_1	CL	CL	E
d_1	17	ens_1	CL	CL	F
d_2	1	ens_1	CYS	PRO	H	1 - 5
d_2	2	ens_1	ILE	ASP	H	7 - 20
d_2	3	ens_1	VAL	CYS	H	22 - 50
d_2	4	ens_1	ALA	PRO	H	52 - 70
d_2	5	ens_1	ASP	ALA	H	72 - 79
d_2	6	ens_1	ALA	ILE	H	81 - 100
d_2	7	ens_1	LEU	CYS	H	102 - 108
d_2	8	ens_1	PRO	ILE	H	110 - 169
d_2	9	ens_1	LEU	GLY	H	171 - 196
d_2	10	ens_1	ALA	TYR	H	198 - 206
d_2	11	ens_1	VAL	ALA	H	209 - 211
d_2	12	ens_1	MET	ARG	H	213 - 221
d_2	13	ens_1	ZN	ZN	I
d_2	14	ens_1	SO4	SO4	J
d_2	15	ens_1	SO4	SO4	K
d_2	16	ens_1	CL	CL	L
d_2	17	ens_1	CL	CL	M
d_3	1	ens_1	CYS	PRO	O	1 - 5
d_3	2	ens_1	ILE	ASP	O	7 - 20
d_3	3	ens_1	VAL	CYS	O	22 - 50
d_3	4	ens_1	ALA	PRO	O	52 - 70
d_3	5	ens_1	ASP	ALA	O	72 - 79
d_3	6	ens_1	ALA	ILE	O	81 - 100
d_3	7	ens_1	LEU	CYS	O	102 - 108
d_3	8	ens_1	PRO	ILE	O	110 - 169
d_3	9	ens_1	LEU	GLY	O	171 - 196
d_3	10	ens_1	ALA	TYR	O	198 - 206
d_3	11	ens_1	VAL	ALA	O	209 - 211
d_3	12	ens_1	MET	ARG	O	213 - 221
d_3	13	ens_1	ZN	ZN	P
d_3	14	ens_1	SO4	SO4	Q
d_3	15	ens_1	SO4	SO4	R
d_3	16	ens_1	CL	CL	S
d_3	17	ens_1	CL	CL	T

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999915194321, -0.00121472785076, 0.0129664413508), (-0.0106537603086, -0.496329700463, -0.868068733356), (0.0074900972185, -0.868133257556, 0.496274667467)	0.315372223462, -101.972904399, -59.1527406029
2	given	(0.999848361014, -0.00992306058816, -0.0143104104382), (0.00723101662763, -0.510995304121, 0.859553088276), (-0.0158419499077, -0.859526225333, -0.510846063495)	-0.948302270626, -38.2073314423, -96.3653432979

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Ribulose-phosphate 3-epimerase 分子量: 25070.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: rpe, Smlt4316 / プラスミド: StmaA.18616.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2FKL8, ribulose-phosphate 3-epimerase

#1: タンパク質

Ribulose-phosphate 3-epimerase

分子量: 25070.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: rpe, Smlt4316 / プラスミド: StmaA.18616.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2FKL8, ribulose-phosphate 3-epimerase

-
非ポリマー , 5種, 824分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 805 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Anatrace/Calibre MCSG1 screen, condition e7: 200mM ammonium iodide, 20% (w/V) PEG 3350: StmaA.18161.a.B1.PS38644 at 18.6mg/ml, tray: 321485e7, puck: pxu9-1: cryo: 20% EG

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月16日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 72940 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.446 % / B_iso Wilson estimate: 22.713 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 0.922 / Net I/σ(I): 17.49

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	7.456	0.496	4.37	5361	0.927	0.533	99.9
1.9-1.95	7.467	0.427	5.08	5209	0.94	0.459	100
1.95-2.01	7.469	0.366	5.89	5079	0.956	0.393	100
2.01-2.07	7.48	0.303	7.08	4893	0.97	0.325	100
2.07-2.14	7.485	0.253	8.42	4779	0.981	0.271	100
2.14-2.21	7.486	0.208	10.04	4617	0.984	0.224	100
2.21-2.29	7.492	0.179	11.52	4456	0.988	0.193	99.9
2.29-2.39	7.489	0.155	13.02	4296	0.99	0.167	100
2.39-2.49	7.493	0.139	14.69	4138	0.992	0.149	100
2.49-2.62	7.493	0.116	17.04	3957	0.994	0.124	100
2.62-2.76	7.486	0.105	18.56	3782	0.995	0.113	100
2.76-2.93	7.482	0.088	21.39	3546	0.997	0.095	100
2.93-3.13	7.465	0.072	25.78	3372	0.998	0.078	100
3.13-3.38	7.449	0.058	30.66	3133	0.998	0.062	100
3.38-3.7	7.449	0.046	36.41	2887	0.999	0.05	100
3.7-4.14	7.388	0.04	40.71	2641	0.999	0.043	100
4.14-4.78	7.344	0.035	44.33	2334	0.999	0.038	100
4.78-5.85	7.3	0.036	43.03	1984	0.999	0.039	100
5.85-8.27	7.14	0.037	41.7	1569	0.999	0.04	100
8.27-50	6.547	0.03	47.98	907	0.998	0.033	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19 dev 4359	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 5umf as per Morda

5umf

解像度: 1.85→40.74 Å / SU ML: 0.1398 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.8033
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1788	2050	2.81 %	0
R_work	0.1478	70877	-	-
obs	0.1486	72927	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4961	0	43	805	5809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	5267
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8804	7230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0664	847
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	956
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3575	1931

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.298619147944
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.286279224531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.89	0.2085	143	0.174	4651	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.89-1.94	0.2106	121	0.1654	4710	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.94-1.99	0.1893	126	0.1656	4665	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.99-2.05	0.234	114	0.1567	4728	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.12	0.2022	142	0.1553	4671	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.12-2.19	0.1897	151	0.1459	4667	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.19-2.28	0.201	122	0.1456	4726	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.28-2.38	0.1503	161	0.1415	4655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.51	0.175	133	0.1458	4727	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.51-2.67	0.1995	126	0.1468	4721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.87	0.1985	150	0.1591	4709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.16	0.2012	128	0.1493	4744	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.16-3.62	0.1626	141	0.1378	4767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-4.56	0.1223	144	0.1258	4775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-40.74	0.1907	148	0.1582	4961	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.40360321564	1.01713011206	-0.462007802493	3.95117169416	-0.605842042598	1.22582380221	-0.00191003621301	0.0718090755978	0.122050209156	-0.27766906535	-0.0083686451705	0.211404718836	-0.0853120663383	-0.0518310206112	0.0186540430072	0.107230870653	0.0378730903151	-0.0326786108333	0.0716836532997	-0.0178526055864	0.143108624167	-22.9449392085	-20.0703877872	-41.2091222795
2	7.30047105136	-0.792421161755	3.29148667251	3.41206906205	2.25980400267	4.46312735189	-0.0462313375831	-0.209862229274	-0.128319133426	-0.0632649236082	-0.169336914762	0.572542717276	0.0876339734868	-0.368714686674	0.118754223361	0.153942865697	0.0397182738514	-0.0273220571821	0.0745872028713	-0.00237758725013	0.226997516327	-26.0559703216	-10.9010029991	-42.4757777624
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16	2.18880155944	-1.07677435777	-2.22749065741	1.37835861881	0.452666977903	3.52181068859	0.000413296109911	0.032354213991	0.0897088299439	-0.0222699086638	-0.0479516330904	-0.13205074218	-0.240346048515	0.068521277242	0.0461097212721	0.138460334598	0.0251350017886	-0.041540284853	0.0825327785699	0.0155368808982	0.155593534132	-10.3572214749	-12.6785736582	-38.1960814517
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 169 through 208 )	A	A	169 - 208	166 - 205
2	2	chain 'A' and (resid 209 through 224 )	A	A	209 - 224	206 - 221
3	3	chain 'B' and (resid 4 through 70 )	B	H	4 - 70	1 - 67
4	4	chain 'B' and (resid 71 through 129 )	B	H	71 - 129	68 - 126
5	5	chain 'B' and (resid 130 through 151 )	B	H	130 - 151	127 - 148
6	6	chain 'B' and (resid 152 through 168 )	B	H	152 - 168	149 - 165
7	7	chain 'B' and (resid 169 through 208 )	B	H	169 - 208	166 - 205
8	8	chain 'B' and (resid 209 through 224 )	B	H	209 - 224	206 - 221
9	9	chain 'C' and (resid 4 through 27 )	C	O	4 - 27	1 - 24
10	10	chain 'C' and (resid 28 through 70 )	C	O	28 - 70	25 - 67
11	11	chain 'C' and (resid 71 through 129 )	C	O	71 - 129	68 - 126
12	12	chain 'C' and (resid 130 through 151 )	C	O	130 - 151	127 - 148
13	13	chain 'C' and (resid 152 through 168 )	C	O	152 - 168	149 - 165
14	14	chain 'C' and (resid 169 through 191 )	C	O	169 - 191	166 - 188
15	15	chain 'C' and (resid 192 through 224 )	C	O	192 - 224	189 - 221
16	16	chain 'A' and (resid 4 through 27 )	A	A	4 - 27	1 - 24
17	17	chain 'A' and (resid 28 through 129 )	A	A	28 - 129	25 - 126
18	18	chain 'A' and (resid 130 through 168 )	A	A	130 - 168	127 - 165

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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