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- PDB-7sbi: Tandem diubiquitin-like domain from chicken 2'-5'-oligoadenylate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sbi
タイトルTandem diubiquitin-like domain from chicken 2'-5'-oligoadenylate synthetase-like protein
要素2'-5' oligoadenylate synthase
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ubiquitin-like / Oligoadenylate synthetase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-5' oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / double-stranded RNA binding / defense response to virus / innate immune response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2'-5'-oligoadenylate synthase / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / Ubiquitin-like domain / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily ...2'-5'-oligoadenylate synthase / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / Ubiquitin-like domain / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-5' oligoadenylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Freitas, B.T. / Pegan, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: The Structure and Immune Regulatory Implications of the Ubiquitin-Like Tandem Domain Within an Avian 2'-5' Oligoadenylate Synthetase-Like Protein
著者: Shepard, J.D. / Freitas, B.T. / Rodriguez, S.E. / Scholte, F.E.M. / Baker, K. / Hutchison, M.R. / Longo, J.E. / Miller, H.C. / O'Boyle, B.M. / Tandon, A. / Zhao, P. / Grimsey, N.J. / Wells, L. ...著者: Shepard, J.D. / Freitas, B.T. / Rodriguez, S.E. / Scholte, F.E.M. / Baker, K. / Hutchison, M.R. / Longo, J.E. / Miller, H.C. / O'Boyle, B.M. / Tandon, A. / Zhao, P. / Grimsey, N.J. / Wells, L. / Bergeron, E. / Pegan, S.D.
履歴
登録2021年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-5' oligoadenylate synthase
B: 2'-5' oligoadenylate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1672
ポリマ－37,1672
非ポリマー00
水1,04558
1
A: 2'-5' oligoadenylate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5831
ポリマ－18,5831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2'-5' oligoadenylate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5831
ポリマ－18,5831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.921, 100.922, 55.748
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.962, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 348 through 364 or resid 366...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 348 through 364 or resid 366...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1HISARGA1 - 17
d_12ens_1VALVALA19 - 86
d_13ens_1ASPGLNA88 - 121
d_14ens_1LEUTHRA123 - 127
d_15ens_1GLUPROA129 - 143
d_16ens_1SERARGA145 - 154
d_21ens_1HISARGB2 - 18
d_22ens_1VALASNB20 - 53
d_23ens_1PROVALB55 - 88
d_24ens_1ASPGLNB90 - 123
d_25ens_1LEUTHRB125 - 129
d_26ens_1GLUPROB131 - 145
d_27ens_1SERARGB147 - 156

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999996128673, -0.000965429681538, 0.00260970978766), (0.000959782639856, -0.999997197426, -0.00216424510234), (0.00261179190022, -0.00216173196969, 0.999994252712) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999996128673, -0.000965429681538, 0.00260970978766), (0.000959782639856, -0.999997197426, -0.00216424510234), (0.00261179190022, -0.00216173196969, 0.999994252712)
ベクター: 58.6052033844, -48.7937515403, -0.109728903638)

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要素

#1: タンパク質 2'-5' oligoadenylate synthase


分子量: 18583.332 Da / 分子数: 2 / 断片: UBL domain (UNP residues 348-503) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: OAS*A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O13255
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: tri-ammonium citrate, PEG 3350, galactose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→28.53 Å / Num. obs: 13956 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 40.39 Å2 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1176 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 1.1 / % possible all: 79.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXphenix-1.18.2-3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology Model

解像度: 2.23→27.94 Å / SU ML: 0.3978 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.7325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 700 5.02 %
Rwork0.2294 13238 -
obs0.2307 13938 93.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→27.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 0 58 2601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00192591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54953511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411409
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6867988
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.673492414469 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.23-2.410.38961370.33722458X-RAY DIFFRACTION87.2
2.41-2.650.29741400.29112703X-RAY DIFFRACTION94.58
2.65-3.030.29821490.27092665X-RAY DIFFRACTION95.78
3.03-3.820.29181330.23462694X-RAY DIFFRACTION93.76
3.82-27.940.18831410.18332718X-RAY DIFFRACTION93.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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