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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sb8 | ||||||
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タイトル | d(GA(CGA)5) parallel-stranded homo-duplex | ||||||
![]() | GA(CGA)5 | ||||||
![]() | DNA / triplet repeat DNA / parallel-stranded duplex / non-canonical DNA / d(CGA) | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / STRONTIUM ION / DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luteran, E.M. / Paukstelis, P.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The parallel-stranded d(CGA) duplex is a highly predictable structural motif with two conformationally distinct strands. 著者: Luteran, E.M. / Paukstelis, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 405.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 405.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5255.427 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-SR / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | ChemComp-NCO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.33 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 8% PEG400, 96 mM strontium chloride, 32 mM lithium chloride, 8 mM hexamminecobalt(III) chloride, 24 mM sodium cacodylate, equilibrated against 30% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.317→90.41 Å / Num. obs: 48232 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.317→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2175 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.35 / Rrim(I) all: 0.757 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IXJ 解像度: 1.317→90.409 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 233.18 Å2 / Biso mean: 19.4304 Å2 / Biso min: 3.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.317→90.409 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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