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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7say | ||||||
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タイトル | Fragment of streptococcal M87 protein fused to GCN4 adaptor in complex with human cathelicidin | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / complex / virulence factor / antimicrobial peptide | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytolysis / killing by host of symbiont cells / protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / specific granule / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / specific granule / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / cellular response to peptidoglycan / neutrophil activation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / cellular response to interleukin-6 / Oxidative Stress Induced Senescence / Antimicrobial peptides / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / amino acid biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / : / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / antibacterial humoral response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / defense response to Gram-positive bacterium / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kolesinski, P. / Ghosh, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An M protein coiled coil unfurls and exposes its hydrophobic core to capture LL-37 著者: Kolesinski, P. / Wang, K.C. / Hirose, Y. / Nizet, V. / Ghosh, P. / Stallings, C.L. / Dotsch, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7safC ![]() 1kqlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8542.565 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Amino acids 35-38: partial PreScission protease site; amino acids 39-67: GCN4 adaptor - GCN4 from Saccharomyces cerevisiae (amino acids 250-278); amino acids 68-105: M87 protein fragment from ...詳細: Amino acids 35-38: partial PreScission protease site; amino acids 39-67: GCN4 adaptor - GCN4 from Saccharomyces cerevisiae (amino acids 250-278); amino acids 68-105: M87 protein fragment from Streptococcus pyogenes (amino acids 68-105) 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, emm 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03069, UniProt: Q6TLP8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4504.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% (v/v) acetonitrile, 0.1 M MES-NaOH, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.02 Å / Num. obs: 22092 / % possible obs: 94.52 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 26.42 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1694 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.302 / Rrim(I) all: 0.735 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KQL 解像度: 2.1→45.02 Å / SU ML: 0.2193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.5329 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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