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- PDB-7say: Fragment of streptococcal M87 protein fused to GCN4 adaptor in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7say
タイトルFragment of streptococcal M87 protein fused to GCN4 adaptor in complex with human cathelicidin
要素
  • Antibacterial peptide LL-37
  • General control transcription factor GCN4/M protein chimera
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex / virulence factor / antimicrobial peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / killing by host of symbiont cells / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / specific granule / mediator complex binding ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / specific granule / mediator complex binding / cellular response to peptidoglycan / neutrophil activation / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / cellular response to amino acid starvation / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cellular response to tumor necrosis factor / antibacterial humoral response / tertiary granule lumen / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / defense response to Gram-negative bacterium / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to Gram-positive bacterium / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
M protein repeat / M protein repeat / Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like ...M protein repeat / M protein repeat / Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / : / Basic region leucine zipper / Cystatin superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4 / Cathelicidin antimicrobial peptide / M protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kolesinski, P. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: An M protein coiled coil unfurls and exposes its hydrophobic core to capture LL-37
著者: Kolesinski, P. / Wang, K.C. / Hirose, Y. / Nizet, V. / Ghosh, P. / Stallings, C.L. / Dotsch, V.
履歴
登録2021年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General control transcription factor GCN4/M protein chimera
B: General control transcription factor GCN4/M protein chimera
E: Antibacterial peptide LL-37
C: General control transcription factor GCN4/M protein chimera
D: General control transcription factor GCN4/M protein chimera
F: Antibacterial peptide LL-37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,42710
ポリマ－43,1796
非ポリマー2484
水1,820101
1
A: General control transcription factor GCN4/M protein chimera
B: General control transcription factor GCN4/M protein chimera
E: Antibacterial peptide LL-37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7766
ポリマ－21,5893
非ポリマー1863
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: General control transcription factor GCN4/M protein chimera
D: General control transcription factor GCN4/M protein chimera
F: Antibacterial peptide LL-37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6524
ポリマ－21,5893
非ポリマー621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.230, 57.140, 71.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
General control transcription factor GCN4/M protein chimera / Amino acid biosynthesis regulatory protein / General control protein GCN4


分子量: 8542.565 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Amino acids 35-38: partial PreScission protease site; amino acids 39-67: GCN4 adaptor - GCN4 from Saccharomyces cerevisiae (amino acids 250-278); amino acids 68-105: M87 protein fragment from ...詳細: Amino acids 35-38: partial PreScission protease site; amino acids 39-67: GCN4 adaptor - GCN4 from Saccharomyces cerevisiae (amino acids 250-278); amino acids 68-105: M87 protein fragment from Streptococcus pyogenes (amino acids 68-105)
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS101, AAS3, ARG9, YEL009C, emm
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P03069, UniProt: Q6TLP8
#2: タンパク質・ペプチド Antibacterial peptide LL-37


分子量: 4504.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49913
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% (v/v) acetonitrile, 0.1 M MES-NaOH, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.02 Å / Num. obs: 22092 / % possible obs: 94.52 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 26.42 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1694 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.302 / Rrim(I) all: 0.735

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KQL

1kql


解像度: 2.1→45.02 Å / SU ML: 0.2193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.5329
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 1131 5.15 %
Rwork0.2257 20827 -
obs0.2281 21958 94.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2548 0 4 101 2653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00142604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.31963482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0276379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0014450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3856338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.20.34581450.27452426X-RAY DIFFRACTION89.58
2.2-2.310.32071640.2582564X-RAY DIFFRACTION94.95
2.31-2.460.27111400.23422634X-RAY DIFFRACTION95.69
2.46-2.650.29431360.22372672X-RAY DIFFRACTION97.36
2.65-2.910.24521270.22522520X-RAY DIFFRACTION91.66
2.91-3.330.27581350.23112699X-RAY DIFFRACTION97.29
3.33-4.20.24831530.20652585X-RAY DIFFRACTION93.48
4.2-45.020.26061310.222727X-RAY DIFFRACTION96.03
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.651577435927-0.477289797091-1.134214632721.566957533271.466320120547.59951421007-0.0293837995621-0.0370749941501-0.003937130578820.04169679250880.259810388053-0.0221032084524-0.1256494168950.802121300659-0.1013354963420.347795209861-0.0538736693250.02949606383290.1134421782210.00223770084360.1955339396281.92993979816-0.75091396738910.0383467993
20.207514353453-0.060052097241-0.01909869554281.437775421322.835007411977.088735474260.03296526981570.0302106943562-0.00846372084616-0.286193879058-0.0870101139443-0.0120907558984-0.594376523945-0.171336695635-0.01191050291880.408075965392-0.06396447040050.03728895181280.1216145627570.007466097720410.171499471973-3.332766359642.8562103895515.7342734592
31.533048622950.3266234930660.1750607705065.134896683434.534674024716.11124678765-0.1249373134140.0451191994909-0.1522077989340.253125177883-0.2554751940370.3036594864570.680076834817-1.206813169170.3295522342010.441302769112-0.1151469477790.09487895700910.162766222215-0.0134653901420.283971643879-7.03776703693.1263745438247.697839173
41.56627203860.3353399509782.0856541330.1571387036030.1668736798313.96411674550.366006978325-0.354812875185-0.186794932218-0.342654980752-0.1836860637910.3097288451951.63652146178-0.690768814374-0.06052974142240.8425655048670.0575981031732-0.1330099411140.4853893959130.05434396389930.33598528109516.42442834496.0022776138314.4023338909
51.29934688856-0.2493806017710.2731693457340.683439224828-1.221758551832.07511231287-0.134168800316-0.7736743245220.05975068509570.304666152834-0.0182875960355-0.086014190535-1.28967487272-0.657265411666-0.03036445654080.388603427374-0.0493836912283-0.01234211559080.459863706855-0.005090139021510.20708591073114.085912888715.27736314946.31789446436
62.062422811430.2065972318531.999163344992.672847263210.9383551630156.61534194076-0.0277761774319-0.2710853483760.1175360412350.2184753584150.237134702763-0.1006852370680.06440838037132.096882464340.02252867858930.1896260066120.0525413176453-0.0133080269370.589981050199-0.06420752120730.24888777566522.790306087310.7554722011-11.006032582
71.737665246540.1116110138170.5264079739963.794375096440.2817167558742.72446079670.188778153364-0.7020533681370.2255233431391.055944663850.209930555379-0.158704802107-0.3767436379490.4075396226920.3911793467310.6354157177190.075383171449-0.07992489933031.577733684130.04392907379310.22429175561417.190560949811.989697636153.9502692515
86.19532990257-0.2753672091111.054756601337.06411319774-1.509174087442.146954269360.0816648161549-0.200401730252-0.7733421895850.8548904805850.607489123633-0.4065741445830.06238519711741.6678847118-0.6996305399930.7515902162470.123136400539-0.09123892434171.00499652132-0.003457006642560.51782018565726.76554707218.9307372675655.7219457565
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 38 through 93)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 35 through 301)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'E' and resid 2 through 101)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'C' and resid 56 through 93)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'D' and resid 56 through 104)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 3 through 36)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'C' and resid 41 through 55)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'D' and resid 38 through 55)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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