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万見
- PDB-7s97: Structure of the Photoacclimated Light Harvesting Complex PC577 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s97
タイトルStructure of the Photoacclimated Light Harvesting Complex PC577 from Hemiselmis pacifica
要素
  • Phycoerythrin alpha subunit 1
  • Phycoerythrin beta subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / phycobiliprotein / thylakoid lumen (チラコイド)
機能・相同性
機能・相同性情報


フィコビリソーム / 色素体 / chloroplast thylakoid membrane / 光合成
類似検索 - 分子機能
Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN / Phycoerythrin alpha subunit 1 / Phycoerythrin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Hemiselmis pacifica (真核生物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Spangler, L.C. / Scholes, G.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Canadian Institute for Advanced Research
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Controllable Phycobilin Modification: An Alternative Photoacclimation Response in Cryptophyte Algae.
著者: Spangler, L.C. / Yu, M. / Jeffrey, P.D. / Scholes, G.D.
履歴
登録2021年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycoerythrin alpha subunit 1
B: Phycoerythrin beta subunit
C: Phycoerythrin alpha subunit 1
D: Phycoerythrin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,00512
ポリマ－49,3044
非ポリマー4,7018
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19500 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.131, 95.736, 124.887
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))
21(chain C and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))
12(chain B and (resid 2 through 48 or resid 50...
22(chain D and ((resid 2 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAMETMET(chain A and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))AA1 - 431 - 43
121LYSLYSTYRTYR(chain A and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))AA45 - 6045 - 60
131ASNASNALAALA(chain A and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))AA62 - 6362 - 63
141CYCCYCCYCCYC(chain A and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))AE101
211ALAALAMETMET(chain C and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))CC1 - 431 - 43
221LYSLYSTYRTYR(chain C and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))CC45 - 6045 - 60
231ASNASNALAALA(chain C and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))CC62 - 6362 - 63
241CYCCYCCYCCYC(chain C and (resid 1 through 43 or resid 45 through 60 or resid 62 through 63 or resid 101))CI101
112LEULEUALAALA(chain B and (resid 2 through 48 or resid 50...BB2 - 481 - 47
122CYSCYSVALVAL(chain B and (resid 2 through 48 or resid 50...BB50 - 5249 - 51
132LEULEUALAALA(chain B and (resid 2 through 48 or resid 50...BB2 - 1771 - 176
142LEULEUALAALA(chain B and (resid 2 through 48 or resid 50...BB2 - 1771 - 176
152LYSLYSALAALA(chain B and (resid 2 through 48 or resid 50...BB150 - 177149 - 176
162DBVDBVCYCCYC(chain B and (resid 2 through 48 or resid 50...BF - H201 - 203
212LEULEULEULEU(chain D and ((resid 2 and (name N or name...DD21
222LEULEUALAALA(chain D and ((resid 2 and (name N or name...DD2 - 1771 - 176
232LEULEUALAALA(chain D and ((resid 2 and (name N or name...DD2 - 1771 - 176
242LEULEUALAALA(chain D and ((resid 2 and (name N or name...DD2 - 1771 - 176
252LEULEUALAALA(chain D and ((resid 2 and (name N or name...DD2 - 1771 - 176

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Phycoerythrin alpha subunit 1 / Phycoerythrin alpha subunit 2 / Phycoerythrin alpha subunit 3


分子量: 6465.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis pacifica (真核生物) / 参照: UniProt: A0A067XP79
#2: タンパク質 Phycoerythrin beta subunit


分子量: 18186.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis pacifica (真核生物) / 参照: UniProt: A0A067XP89
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DBV / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% 3350 PEG, 50 mM HEPES, 100 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射モノクロメーター: Osmic optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 20796 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.18 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 90326
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.3930.7769910.6960.4920.9260.67295
2.39-2.4330.68710110.7660.4240.8140.63595.9
2.43-2.4830.569960.8490.3470.6640.67596.7
2.48-2.5330.5410260.80.3360.6420.62597.1
2.53-2.593.10.52310230.8280.3240.620.65297.2
2.59-2.653.20.4719970.8850.2850.5550.7297.4
2.65-2.713.30.51910220.8610.3110.6090.72797.1
2.71-2.793.40.4610340.9070.2750.540.75197.5
2.79-2.873.60.41510120.920.240.4820.77597.6
2.87-2.963.70.37910270.9180.2190.4410.90996.4
2.96-3.073.80.33710220.9450.1850.3870.98297.2
3.07-3.193.90.26610310.9250.1480.3071.15296.7
3.19-3.334.10.20210110.9510.1090.2311.29496.7
3.33-3.514.30.17710410.9510.0940.2021.4397.8
3.51-3.734.20.14410530.9680.0780.1641.55597.3
3.73-4.024.60.12910370.9840.0640.1451.40398
4.02-4.426.10.11910690.9910.0520.1311.67299.3
4.42-5.066.80.10411040.9930.0420.1121.2799.5
5.06-6.367.70.09510950.9960.0360.1021.06799.5
6.36-307.80.06511940.9980.0240.0691.48899.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S96

7s96


解像度: 2.35→29.68 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 1050 5.06 %
Rwork0.1858 19685 -
obs0.1895 20735 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.59 Å2 / Biso mean: 28.2862 Å2 / Biso min: 10.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3431 0 344 324 4099
Biso mean--25.85 28.32 -
残基数----478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9115259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6181394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005664
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A561X-RAY DIFFRACTION6.352TORSIONAL
12C561X-RAY DIFFRACTION6.352TORSIONAL
21B1563X-RAY DIFFRACTION6.352TORSIONAL
22D1563X-RAY DIFFRACTION6.352TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.470.32841380.21712682282094
2.47-2.630.32111430.21762757290097
2.63-2.830.29311360.22542773290997
2.83-3.120.28291560.22192783293997
3.12-3.570.24671350.17542808294397
3.57-4.490.23341810.15742836301798
4.49-29.680.21871610.166530463207100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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