[日本語] English
万見
- PDB-7s91: Structure of the malate racemase mar2 apoprotein from Thermoanaer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s91
タイトルStructure of the malate racemase mar2 apoprotein from Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum at 2.25 angstroms resolution
要素Malate racemase Mar2
キーワードISOMERASE / Catalytic activity / isomerase activity / racemase and epimerase activity racemase acting on hydroxy acids and derivatives
機能・相同性: / : / Lactate racemase C-terminal domain / lactate racemase activity / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / : / Lactate racemase N-terminal domain / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gatreddi, S. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1807073 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128959 米国
引用ジャーナル: Biometals / 年: 2023
タイトル: Structural and mutational characterization of a malate racemase from the LarA superfamily.
著者: Gatreddi, S. / Urdiain-Arraiza, J. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
履歴
登録2021年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Malate racemase Mar2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6303
ポリマ－47,5591
非ポリマー712
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.460, 100.450, 132.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

CL

-
要素

#1: タンパク質 Malate racemase Mar2 / Nickel-dependent lactate racemase


分子量: 47559.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum (strain ATCC 7956 / DSM 571 / NCIB 9385 / NCA 3814) (バクテリア)
株: ATCC 7956 / DSM 571 / NCIB 9385 / NCA 3814 / 遺伝子: Tthe_2432 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ3900 / 参照: UniProt: D9TSN9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM HEPES (pH 8.0), 200 mM NaCl, 30% PEG 3350. The crystal was cryo protected in a solution containing 100 mM HEPES (pH 8.0), 200 mM NaCl, and 35% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→29.38 Å / Num. obs: 23233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3344 / CC1/2: 0.549 / Rpim(I) all: 0.475 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874-000精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D6Z

6d6z


解像度: 2.25→29.38 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 1185 5.1 %
Rwork0.2057 --
obs0.2076 23226 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3050 0 2 88 3140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0354206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.772431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.350.31231220.27972731X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.480.28491670.25722690X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.630.28511410.24482739X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.830.25041480.23752722X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.120.33581400.22882755X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.570.2481390.2082755X-RAY DIFFRACTION100
3.57-4.50.20691660.1752771X-RAY DIFFRACTION100
4.5-29.380.20081620.17982878X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る