PDB-7s7h: Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regula...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s7h

タイトル

Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regulatory subunit DBL2

要素

(Methane monooxygenase ...) x 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / RESOLVASE / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

methane metabolic process / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Johns, J.C. / Banerjee, R. / Semonis, M.M. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118030	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118047	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM08347	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: X-ray Crystal Structures of Methane Monooxygenase Hydroxylase Complexes with Variants of Its Regulatory Component: Correlations with Altered Reaction Cycle Dynamics.
著者: Jones, J.C. / Banerjee, R. / Semonis, M.M. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D.

履歴

登録	2021年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7s7h.ent.gz	818.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	7s7h_validation.pdf.gz	500 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s7h_full_validation.pdf.gz	518.2 KB	表示
XML形式データ	7s7h_validation.xml.gz	83.2 KB	表示
CIF形式データ	7s7h_validation.cif.gz	114.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/7s7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/7s7h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7s6qC 7s6rC 7s6sC 7s6tC 7m8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7s6s-d 6vk4-d 6vk8-d 7m8r-d 6yy3-1 7s6q-d 4gam-2 4gam-1 6vk5-d 6ydu-1 6yd0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methane monooxygenase component A alpha chain

B: Methane monooxygenase beta chain

C: Methane monooxygenase gamma chain

D: Methane monooxygenase regulatory protein B

E: Methane monooxygenase component A alpha chain

F: Methane monooxygenase beta chain

G: Methane monooxygenase gamma chain

H: Methane monooxygenase regulatory protein B

ヘテロ分子

276 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.516, 106.357, 296.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 12 through 387 or resid 389 through 479 or resid 481 through 526))
2	1	(chain E and (resid 12 through 387 or resid 389 through 479 or resid 481 through 526))
1	2	(chain B and (resid 4 through 395 or resid 401 through 404))
2	2	chain F
1	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...
2	3	(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13 through 168))
1	4	(chain D and (resid 4 through 105 or resid 107 through 109 or resid 111 through 132))
2	4	(chain H and (resid 4 through 105 or resid 107 through 109 or resid 111 through 132))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 12 through 387 or resid 389 through 479 or resid 481 through 526))	A	12 - 387
1	2	1	(chain A and (resid 12 through 387 or resid 389 through 479 or resid 481 through 526))	A	389 - 479
1	3	1	(chain A and (resid 12 through 387 or resid 389 through 479 or resid 481 through 526))	A	481 - 526
2	1	1	(chain E and (resid 12 through 387 or resid 389 through 479 or resid 481 through 526))	E	12 - 387
2	2	1	(chain E and (resid 12 through 387 or resid 389 through 479 or resid 481 through 526))	E	389 - 479
2	3	1	(chain E and (resid 12 through 387 or resid 389 through 479 or resid 481 through 526))	E	481 - 526
1	1	2	(chain B and (resid 4 through 395 or resid 401 through 404))	B	4 - 395
1	2	2	(chain B and (resid 4 through 395 or resid 401 through 404))	B	401 - 404
2	1	2	chain F	F	4 - 395
1	1	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 11
1	2	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	13 - 167
1	3	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	168
1	4	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 325
1	5	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 325
1	6	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 325
1	7	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 325
1	8	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 325
1	9	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 325
1	10	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 325
1	11	3	(chain C and (resid 2 through 11 or resid 13...	C	2 - 325
2	1	3	(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13 through 168))	G	2 - 11
2	2	3	(chain G and (resid 2 through 11 or resid 13 through 168))	G	13 - 168
1	1	4	(chain D and (resid 4 through 105 or resid 107 through 109 or resid 111 through 132))	D	4 - 105
1	2	4	(chain D and (resid 4 through 105 or resid 107 through 109 or resid 111 through 132))	D	107 - 109
1	3	4	(chain D and (resid 4 through 105 or resid 107 through 109 or resid 111 through 132))	D	111 - 132
2	1	4	(chain H and (resid 4 through 105 or resid 107 through 109 or resid 111 through 132))	H	4 - 105
2	2	4	(chain H and (resid 4 through 105 or resid 107 through 109 or resid 111 through 132))	H	107 - 109
2	3	4	(chain H and (resid 4 through 105 or resid 107 through 109 or resid 111 through 132))	H	111 - 132

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
Methane monooxygenase ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質	Methane monooxygenase component A alpha chain 分子量: 58971.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5X0, 酸化還元酵素
#2: タンパク質	Methane monooxygenase beta chain 分子量: 44948.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5X7
#3: タンパク質	Methane monooxygenase gamma chain 分子量: 19313.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D0T0
#4: タンパク質	Methane monooxygenase regulatory protein B 分子量: 14118.995 Da / 分子数: 2 / Mutation: S109A,T111A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア) 遺伝子: CQW49_12470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D0T8

-
非ポリマー , 3種, 456分子

#5: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium phosphate dibasic, pH 8.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→148.34 Å / Num. obs: 119799 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 57.13 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 427902

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.44	3.5	1.028	19178	5529	0.653	0.561	1.18	0.7	88.6
13.15-148.34	3.6	0.06	2977	832	0.994	0.034	0.069	15.2	93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 7M8Q

7m8q

解像度: 2.4→74.17 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2606	5981	5.04 %
R_work	0.2192	112753	-
obs	0.2213	118734	93.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.01 Å² / B_iso mean: 72.8773 Å² / B_iso min: 43.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→74.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19415	0	76	434	19925
B_iso mean	-	-	73.05	63.15	-
残基数	-	-	-	-	2408

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4918	X-RAY DIFFRACTION	7.132	TORSIONAL
1	2	E	4918	X-RAY DIFFRACTION	7.132	TORSIONAL
2	1	B	3794	X-RAY DIFFRACTION	7.132	TORSIONAL
2	2	F	3794	X-RAY DIFFRACTION	7.132	TORSIONAL
3	1	C	1642	X-RAY DIFFRACTION	7.132	TORSIONAL
3	2	G	1642	X-RAY DIFFRACTION	7.132	TORSIONAL
4	1	D	1129	X-RAY DIFFRACTION	7.132	TORSIONAL
4	2	H	1129	X-RAY DIFFRACTION	7.132	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.4795	163	0.4393	3312	3475	82
2.43-2.46	0.4627	176	0.4187	3460	3636	87
2.46-2.49	0.3904	174	0.4168	3428	3602	86
2.49-2.52	0.4787	184	0.4135	3542	3726	89
2.52-2.55	0.4326	160	0.4009	3646	3806	91
2.55-2.59	0.4232	192	0.3869	3662	3854	92
2.59-2.62	0.4035	191	0.3665	3709	3900	92
2.62-2.66	0.3726	210	0.3423	3671	3881	93
2.66-2.7	0.3577	181	0.339	3842	4023	95
2.7-2.75	0.3481	229	0.3305	3733	3962	94
2.75-2.79	0.3536	211	0.3238	3814	4025	95
2.79-2.85	0.3196	196	0.3132	3891	4087	97
2.85-2.9	0.3895	214	0.3126	3811	4025	96
2.9-2.96	0.356	198	0.3284	3872	4070	96
2.96-3.02	0.3994	204	0.3324	3839	4043	96
3.02-3.09	0.3421	199	0.306	3827	4026	96
3.09-3.17	0.355	192	0.2863	3852	4044	96
3.17-3.26	0.3295	206	0.2599	3793	3999	94
3.26-3.35	0.3052	209	0.2445	3700	3909	92
3.35-3.46	0.2719	192	0.2373	3571	3763	89
3.46-3.58	0.2694	209	0.2259	3830	4039	95
3.59-3.73	0.2584	213	0.2129	3831	4044	95
3.73-3.9	0.2232	224	0.1853	3806	4030	94
3.9-4.1	0.2247	184	0.1685	3888	4072	95
4.1-4.36	0.1971	179	0.1584	3878	4057	95
4.36-4.7	0.1843	189	0.147	3838	4027	94
4.7-5.17	0.2177	250	0.1549	3846	4096	95
5.17-5.92	0.2052	239	0.163	3902	4141	95
5.92-7.45	0.2019	228	0.1674	3831	4059	93
7.46-74.17	0.1848	185	0.1634	4128	4313	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8007	-0.4755	-1.1117	0.8684	0.8725	2.8742	-0.081	-0.2806	-0.6131	-0.1077	-0.0551	0.0041	0.2207	0.4454	0.086	1.1332	0.0659	-0.0514	0.435	0.0813	0.4407	-0.5696	-5.2939	37.2454
2	0.2964	0.4363	-0.4761	0.2043	-0.4631	0.8582	0.0459	0.082	-0.0507	-0.0165	0.0101	-0.0653	0.1449	0.0202	-0.0624	0.9867	0.0633	-0.06	0.677	-0.0352	0.434	12.2062	16.9746	26.3843
3	0.8892	-0.5901	-0.2172	0.3209	0.4826	1.1281	-0.1157	0.0756	-0.0846	0.0604	0.0251	-0.0444	0.6087	0.0487	0.0816	0.9807	0.0046	0.0099	0.7428	-0.0215	0.4381	20.576	17.5228	23.1818
4	0.4244	0.258	0.0184	1.1184	-0.3209	1.407	-0.024	-0.0289	-0.0888	0.0315	0.0001	-0.0543	0.0833	0.2446	0.0115	0.8722	0.0532	0.0436	0.7682	-0.0121	0.3777	35.7919	24.0082	17.1418
5	0.7484	-0.3525	-0.6541	1.961	-0.1526	1.779	0.0437	0.1722	-0.0303	-0.2423	-0.0566	0.0077	-0.1646	0.0527	0.0449	0.8992	-0.0106	0.0149	0.6879	-0.044	0.3289	27.2146	26.1868	1.6309
6	1.9213	0.863	0.0567	2.8226	1.4009	0.8047	-0.2543	0.0816	0.0008	0.2818	0.2359	-0.0822	-0.3673	0.4825	0.0596	0.9551	0.0725	0.0272	0.6333	-0.0244	0.4437	21.7248	41.3671	29.5462
7	0.2893	-0.089	0.2107	0.3484	0.1513	0.609	0.1362	0.0682	-0.0352	-0.3276	-0.0112	-0.0505	0.1327	0.0027	-0.0593	0.9779	0.0357	-0.0139	0.7576	-0.0157	0.3633	6.5109	17.1532	8.7878
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51	0.959	-0.2437	0.1172	1.9856	0.5821	0.1997	0.1613	0.1809	-0.0158	-0.6173	0.1626	0.4268	-0.6283	-0.6369	-0.4125	1.5017	0.0698	-0.0569	0.8216	0.0781	0.6654	-4.195	67.5604	37.7456
52	9.8907	1.09	5.4676	1.0951	1.5543	8.3604	-1.0929	0.7115	1.1353	-0.8714	0.5824	0.1622	-0.1551	-0.2414	0.4893	1.8502	-0.008	-0.1881	0.9134	0.1258	0.7153	-16.0133	68.2296	41.9431
53	4.1302	-1.5189	4.4825	4.5629	-4.1753	6.4592	0.2654	-0.6046	-0.4912	-0.2927	0.7269	0.1791	-0.246	-0.7458	-1.0516	1.3835	0.0032	-0.0019	0.8734	0.1251	0.5558	-6.5251	46.823	32.9629
54	4.1185	-5.8531	1.2476	8.6461	-1.1228	1.673	-0.3605	0.5358	0.1441	1.3029	-0.1629	-0.8665	0.2365	0.3268	0.5213	1.1912	0.0593	-0.1966	0.8781	-0.1378	0.8465	-1.6162	41.4211	24.4034
55	3.0716	-4.0458	2.9445	5.3443	-3.8981	2.8547	-0.8435	0.6593	0.6767	-0.8121	-0.3267	-0.0812	0.0316	-1.6148	1.1428	1.4812	0.2661	-0.0248	1.4456	-0.0629	0.619	-8.7433	49.4849	19.0855
56	1.1615	0.0044	0.2646	1.2048	0.0273	2.135	-0.234	0.5454	0.0267	-0.2372	0.045	0.0156	-0.4228	-0.3727	0.1906	1.3279	0.079	0.0509	0.9518	0.0581	0.5552	-8.0391	43.6473	27.5117
57	0.7378	-1.2218	-0.1649	2.106	0.2691	0.0374	-0.3625	0.2053	-0.3282	0.1314	0.2158	0.4171	0.3824	-0.1548	0.1922	1.1232	0.0486	0.052	1.2088	-0.1317	0.6516	-16.9273	44.3133	31.6512
58	4.2348	2.6182	3.4098	4.6052	-1.1741	8.2391	-0.1425	2.127	0.4231	-2.9622	0.3504	1.2034	-0.0483	1.1479	-0.2483	1.5876	0.1342	-0.0508	1.0749	0.1716	0.6929	-27.3965	51.829	33.3308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 45 )	A	12 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 161 )	A	46 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 162 through 260 )	A	162 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 261 through 441 )	A	261 - 441
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 442 through 526 )	A	442 - 526
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 4 through 36 )	B	4 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 37 through 108 )	B	37 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 109 through 312 )	B	109 - 312
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 313 through 371 )	B	313 - 371
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 372 through 395 )	B	372 - 395
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 2 through 10 )	C	2 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 11 through 25 )	C	11 - 25
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 26 through 40 )	C	26 - 40
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 41 through 53 )	C	41 - 53
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 54 through 72 )	C	54 - 72
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 73 through 87 )	C	73 - 87
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 88 through 104 )	C	88 - 104
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 105 through 144 )	C	105 - 144
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 145 through 152 )	C	145 - 152
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 153 through 160 )	C	153 - 160
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 161 through 168 )	C	161 - 168
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 3 through 10 )	D	3 - 10
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 11 through 24 )	D	11 - 24
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 25 through 36 )	D	25 - 36
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 37 through 54 )	D	37 - 54
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 55 through 63 )	D	55 - 63
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 64 through 74 )	D	64 - 74
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 75 through 82 )	D	75 - 82
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 83 through 95 )	D	83 - 95
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 96 through 106 )	D	96 - 106
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 107 through 125 )	D	107 - 125
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 126 through 133 )	D	126 - 133
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 12 through 45 )	E	12 - 45
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 46 through 96 )	E	46 - 96
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 97 through 161 )	E	97 - 161
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 162 through 260 )	E	162 - 260
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 261 through 331 )	E	261 - 331
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 332 through 375 )	E	332 - 375
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 376 through 526 )	E	376 - 526
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 4 through 36 )	F	4 - 36
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 37 through 66 )	F	37 - 66
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 67 through 147 )	F	67 - 147
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 148 through 344 )	F	148 - 344
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 345 through 395 )	F	345 - 395
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 2 through 10 )	G	2 - 10
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 11 through 25 )	G	11 - 25
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 26 through 87 )	G	26 - 87
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 88 through 152 )	G	88 - 152
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 153 through 160 )	G	153 - 160
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 161 through 169 )	G	161 - 169
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 3 through 24 )	H	3 - 24
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 25 through 36 )	H	25 - 36
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 37 through 45 )	H	37 - 45
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 46 through 54 )	H	46 - 54
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 55 through 63 )	H	55 - 63
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 64 through 107 )	H	64 - 107
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'H' and (resid 108 through 125 )	H	108 - 125
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'H' and (resid 126 through 132 )	H	126 - 132

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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