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- PDB-7s6s: Complex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s6s
タイトルComplex structure of Methane monooxygenase hydroxylase and regulatory subunit DBL1
要素(Methane monooxygenase ...) x 4
キーワードHYDROLASE / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methane metabolic process / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily ...: / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / Methane monooxygenase / Methane monooxygenase regulatory protein B / Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Johns, J.C. / Banerjee, R. / Semonis, M.M. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118030 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM08347 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: X-ray Crystal Structures of Methane Monooxygenase Hydroxylase Complexes with Variants of Its Regulatory Component: Correlations with Altered Reaction Cycle Dynamics.
著者: Jones, J.C. / Banerjee, R. / Semonis, M.M. / Shi, K. / Aihara, H. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2021年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methane monooxygenase component A alpha chain
B: Methane monooxygenase beta chain
C: Methane monooxygenase gamma chain
D: Methane monooxygenase regulatory protein B
E: Methane monooxygenase component A alpha chain
F: Methane monooxygenase beta chain
G: Methane monooxygenase gamma chain
H: Methane monooxygenase regulatory protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,24864
ポリマ－275,6778
非ポリマー3,57156
水36,9492051
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area65750 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area66040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.730, 105.710, 299.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Methane monooxygenase ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Methane monooxygenase component A alpha chain


分子量: 58971.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5X0
#2: タンパク質 Methane monooxygenase beta chain


分子量: 44948.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5X7
#3: タンパク質 Methane monooxygenase gamma chain


分子量: 19313.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D0T0
#4: タンパク質 Methane monooxygenase regulatory protein B


分子量: 14605.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: CQW49_12470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D0T8

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非ポリマー , 4種, 2107分子

#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1% PEG3350 and 0.2 M Na2HPO4 pH 6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→73.67 Å / Num. obs: 222638 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 30.47 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 1139865 / Scaling rejects: 1734
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.98-2.0151.42455172109500.5440.6641.5771.698.8
10.84-73.675.10.037746414510.9980.0170.04120.395.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 7M8Q

7m8q


解像度: 1.98→73.67 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 11103 4.99 %
Rwork0.1542 211422 -
obs0.1559 222525 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.22 Å2 / Biso mean: 31.0344 Å2 / Biso min: 15.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→73.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19456 0 222 2057 21735
Biso mean--49.92 41.14 -
残基数----2417
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-20.31533790.27966977735699
2-2.030.33143250.26347059738499
2.03-2.050.27313390.24846880721997
2.05-2.080.28223770.24936837721496
2.08-2.10.2933490.23797003735299
2.1-2.130.26753540.22167054740899
2.13-2.160.24993730.21417028740199
2.16-2.20.25183340.19767086742099
2.2-2.230.23623710.18947000737199
2.23-2.270.2713550.22147042739798
2.27-2.310.21713680.17737048741699
2.31-2.350.23383840.16847035741999
2.35-2.390.21093870.16077000738799
2.39-2.440.193910.15827005739699
2.44-2.490.20423840.15817051743599
2.49-2.550.19773900.15737052744299
2.55-2.620.20563570.1557083744099
2.62-2.690.18783990.15267054745399
2.69-2.770.1913900.1517039742999
2.77-2.860.1913750.14427076745199
2.86-2.960.18484090.14836799720896
2.96-3.080.20223990.15017014741398
3.08-3.220.1943830.15227064744798
3.22-3.390.19183090.15237094740398
3.39-3.60.17393730.14077073744698
3.6-3.880.16413170.13167140745798
3.88-4.270.14793830.11957108749198
4.27-4.880.12273590.11397213757299
4.88-6.150.16463970.13217109750697
6.15-73.670.16123930.1497399779297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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