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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s6d | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, composite structure | ||||||||||||
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![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Modular polyketide synthase / ketosynthase / ketoreductase / acyl carrier protein | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Bagde, S.R. / Kim, C.-Y. / Fromme, J.C. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Modular polyketide synthase contains two reaction chambers that operate asynchronously. 著者: Saket R Bagde / Irimpan I Mathews / J Christopher Fromme / Chu-Young Kim / ![]() 要旨: Type I modular polyketide synthases are homodimeric multidomain assembly line enzymes that synthesize a variety of polyketide natural products by performing polyketide chain extension and β-keto ...Type I modular polyketide synthases are homodimeric multidomain assembly line enzymes that synthesize a variety of polyketide natural products by performing polyketide chain extension and β-keto group modification reactions. We determined the 2.4-angstrom-resolution x-ray crystal structure and the 3.1-angstrom-resolution cryo–electron microscopy structure of the Lsd14 polyketide synthase, stalled at the transacylation and condensation steps, respectively. These structures revealed how the constituent domains are positioned relative to each other, how they rearrange depending on the step in the reaction cycle, and the specific interactions formed between the domains. Like the evolutionarily related mammalian fatty acid synthase, Lsd14 contains two reaction chambers, but only one chamber in Lsd14 has the full complement of catalytic domains, indicating that only one chamber produces the polyketide product at any given time. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 921.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 174085.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: eryA, lsd14 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q03132, UniProt: B6ZK67, 6-deoxyerythronolide-B synthase #2: 抗体 | 分子量: 26447.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 25715.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-ATR / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Size exclusion chromatography purified monodisperse holo-Lsd14-DD* + 1B2 complex was mixed with native AT substrate methylmalonyl-CoA, NADP and TCEP. This sample was incubated at 30C for 15 ...詳細: Size exclusion chromatography purified monodisperse holo-Lsd14-DD* + 1B2 complex was mixed with native AT substrate methylmalonyl-CoA, NADP and TCEP. This sample was incubated at 30C for 15 minutes before applying to cryo-EM grids. | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Blot for 5 seconds before plunging in liquid ethane. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 63000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.5 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2787 / 詳細: Images were collected as 50 frame movies. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 295592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 295592 詳細: Composite map was generated by combining the unsharpened focused maps for KSAT dimer (EMD-24870), LDAT domains (EMD-24871), LD'AT' domains (EMD-24872), KR domain (EMD-24873), Fab 1B2 + DD* ...詳細: Composite map was generated by combining the unsharpened focused maps for KSAT dimer (EMD-24870), LDAT domains (EMD-24871), LD'AT' domains (EMD-24872), KR domain (EMD-24873), Fab 1B2 + DD* (EMD-24874), and the unsharpened consensus map (EMD-24869) using Combine Focused Maps in Phenix. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: Model was rebuilt in coot and refined using phenix.real_space_refine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 127.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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