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- PDB-7s6b: Crystal structure of modular polyketide synthase apo-Lsd14 from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s6b
タイトルCrystal structure of modular polyketide synthase apo-Lsd14 from the Lasalocid biosynthesis pathway, trapped in the transacylation step
要素(Polyketide synthaseポリケチド合成酵素) x 3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Modular polyketide synthase / ketosynthase / acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / acyl carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension ...Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lasalocidi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bagde, S.R. / Mathews, I.I. / Kim, C.-Y.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM138990 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Modular polyketide synthase contains two reaction chambers that operate asynchronously.
著者: Saket R Bagde / Irimpan I Mathews / J Christopher Fromme / Chu-Young Kim /
要旨: Type I modular polyketide synthases are homodimeric multidomain assembly line enzymes that synthesize a variety of polyketide natural products by performing polyketide chain extension and β-keto ...Type I modular polyketide synthases are homodimeric multidomain assembly line enzymes that synthesize a variety of polyketide natural products by performing polyketide chain extension and β-keto group modification reactions. We determined the 2.4-angstrom-resolution x-ray crystal structure and the 3.1-angstrom-resolution cryo–electron microscopy structure of the Lsd14 polyketide synthase, stalled at the transacylation and condensation steps, respectively. These structures revealed how the constituent domains are positioned relative to each other, how they rearrange depending on the step in the reaction cycle, and the specific interactions formed between the domains. Like the evolutionarily related mammalian fatty acid synthase, Lsd14 contains two reaction chambers, but only one chamber in Lsd14 has the full complement of catalytic domains, indicating that only one chamber produces the polyketide product at any given time.
履歴
登録2021年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
B: Polyketide synthase
C: Polyketide synthase
D: Polyketide synthase
E: Polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,2375
ポリマ－332,2375
非ポリマー00
水14,934829
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.74, 92.85, 107.45
Angle α, β, γ (deg.)99.63, 94.93, 106.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase / ポリケチド合成酵素


分子量: 100184.992 Da / 分子数: 2 / 断片: KS and AT domains, residues 1-924 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lasalocidi (バクテリア)
遺伝子: lsd14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6ZK67
#2: タンパク質 Polyketide synthase / ポリケチド合成酵素


分子量: 56170.590 Da / 分子数: 2 / 断片: KR domain, residues 925-1468 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lasalocidi (バクテリア)
遺伝子: lsd14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6ZK67
#3: タンパク質 Polyketide synthase / ポリケチド合成酵素


分子量: 19525.816 Da / 分子数: 1 / 断片: ACP domain, residues 1469-1647 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lasalocidi (バクテリア)
遺伝子: lsd14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6ZK67
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細The authors state that there are two copies of the multidomain modular polyketide synthase Lsd14 in ...The authors state that there are two copies of the multidomain modular polyketide synthase Lsd14 in the unit cell, forming a dimer. The Lsd14 polypeptide chain is 1667 residues in length and includes the ketosynthase (KS), acyltransferase (AT), ketoreductase (KR), acyl carrier protein (ACP) domains, and the linkers connecting these domains. We modelled two copies each of KS, AT and KR and one copy of the ACP. We were not able to model the second ACP and parts of AT-to-KR and KR-to-ACP linkers due to lack of clear electron density map. Hence we were not able to assign polypeptide chain identity for the entire sequence. We built the KS-AT di-domains, KR and the ACP with separate chain IDs.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.015 M magnesium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, and 22% polyacrylic acid 5100

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.9795
シンクロトロンALS 5.0.221.005
シンクロトロンAPS 17-ID31
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2018年5月2日
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL2018年3月15日
DECTRIS PILATUS 6M3PIXEL2018年2月17日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.0051
311
反射解像度: 2.35→39.2 Å / Num. obs: 130003 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 26.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 9300 / CC1/2: 0.683 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.334 / SU Rfree Blow DPI: 0.227
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 6501 -RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.2076 130003 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 77.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.2409 Å2-10.5903 Å2-0.0883 Å2
2--4.5691 Å2-2.6495 Å2
3---8.6718 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21194 0 0 829 22023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00742311HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8976399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12473SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes7067HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it21681HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2882SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact32513SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.03
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.37 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3559 131 -
Rwork0.3517 --
obs0.3519 2601 94.66 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56420.08160.08721.02680.11951.12540.02460.2106-0.10880.2106-0.0027-0.1039-0.1088-0.1039-0.02190.07270.08990.0341-0.07020.0175-0.09337.545613.8163-5.592
20.8561-1.02890.00512.1581-0.24080.95620.129-0.12850.0645-0.1285-0.26240.0290.06450.0290.13350.0180.04410.0318-0.11030.0349-0.103138.1704-26.0282-27.4272
31.2541-1.3337-0.04791.77940.01160.24760.0531-0.05510.1565-0.0551-0.1123-0.07850.1565-0.07850.05920.10760.05190.0184-0.0610.0298-0.102434.4286-30.6579-22.253
44.40052.5753-1.07262.0714-0.86661.095-0.06110.21680.16850.2168-0.17010.17460.16850.17460.23120.20640.089-0.0371-0.13490.0679-0.099622.42969.380225.929
50.9519-0.843-0.15671.7008-0.06491.8210.00760.17270.39990.1727-0.0528-0.11790.3999-0.11790.04520.2980.01770.0264-0.19510.0119-0.20935.9338-1.699121.0643
61.49120.42750.85173.3551.61214.4032-0.16970.4330.04890.4330.0238-0.22850.0489-0.22850.14590.30620.14040.0415-0.1525-0.03-0.2718-1.028619.601744.624
70.8361-0.03540.37993.3594-1.55952.5555-0.08320.0937-0.46410.0937-0.33460.1753-0.46410.17530.41780.25020.11830.0029-0.19940.083-0.2157.396651.871448.4085
82.806-1.2860.23463.8752-2.95435.6057-0.28540.4496-1.35880.44960.2635-0.6705-1.3588-0.67050.02190.52480.40810.025-0.36160.0904-0.3898-5.696865.124445.1217
9-0.39870.3641-0.55172.73541.2580.8143-0.0645-0.222-0.0736-0.2220.0198-0.2073-0.0736-0.20730.04470.32610.14550.02-0.0688-0.0116-0.2326-2.904133.010840.5998
1017.23281.00719.246911.51652.473612.78140.03511.1074-1.01591.10740.06091.3957-1.01591.3957-0.0959-0.34140.0698-0.0448-0.2549-0.02910.0222-36.62941.77441.2562
114.7987-6.00780.05428.8414-0.74680.92630.1029-0.17880.0138-0.1788-0.0305-0.1190.0138-0.119-0.0725-0.35370.0102-0.117-0.2695-0.1044-0.0526-16.6629-41.817-1.6319
125.325-2.8370.0115.1650.22973.4420.01060.1660.12610.166-0.14130.15010.12610.15010.1307-0.1280.1383-0.098-0.3066-0.11940.1081-7.5816-53.43144.0027
137.356-9.2187-3.014618.92676.31355.80010.4668-1.4216-0.4148-1.4216-0.2928-0.1318-0.4148-0.1318-0.174-0.16880.1952-0.1485-0.35050.0149-0.0778-17.7544-42.132-8.6322
147.2047-9.9387-7.506512.8383-7.951115.36370.02270.57340.07450.57340.1986-0.39610.0745-0.3961-0.22130.060.24030.5456-0.6618-0.1431-0.2532-34.6111-33.069319.4703
153.5813.1199-9.48485.22773.670110.79310.06121.0029-0.9261.00290.4392-0.2378-0.926-0.2378-0.50040.41670.0260.5589-0.1562-0.21010.0145-34.4581-35.551428.5966
164.9331-3.3927-4.79494.24510.35012.86420.03171.52270.21591.5227-0.10290.09140.21590.09140.07120.0538-0.00910.3625-0.4618-0.09130.0294-27.14-47.721219.778
175.3039-2.1722-1.6798.1495-0.68565.29110.17170.7529-0.50870.7529-0.151-0.2132-0.5087-0.2132-0.0207-0.16880.147-0.0001-0.4189-0.12560.0161-21.439-34.37415.6094
184.44941.7115-4.13761.7488-2.685.4189-0.1348-0.4150.4849-0.415-0.01270.07630.48490.07630.1476-0.04950.09870.0030.1486-0.1044-0.2261-18.55185.4255-31.4319
195.96980.27971.50332.3182-0.98382.4430.2165-0.25490.1115-0.2549-0.03320.28470.11150.2847-0.1833-0.11460.0711-0.0363-0.1471-0.0409-0.1971-28.195712.851-37.5515
202.86448.9676-5.447711.2689-1.10676.7643-0.2514-0.88470.1653-0.88470.2743-0.74830.1653-0.7483-0.02290.1180.1904-0.06290.0056-0.1116-0.110116.4512-22.1344-44.0013
2114.14255.5822-2.19411.6121-0.26111.24540.2997-1.2773-0.2344-1.27730.2941-0.5196-0.2344-0.5196-0.59380.73290.2106-0.0958-0.0782-0.1008-0.166820.0959-23.994-50.5902
222.73060.6849-3.13948.5852.484811.1949-0.0334-0.31230.316-0.3123-0.0774-0.45510.316-0.45510.11080.0660.13290.0148-0.0588-0.0895-0.174121.3761-29.2246-37.3343
230.89165.52547.56714.7129-3.810120.80450.0453-1.37130.2856-1.37130.0914-1.15590.2856-1.1559-0.13680.0991-0.0609-0.1733-0.1943-0.0918-0.309913.198-33.9053-42.233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|14 - 463}A14 - 463
2X-RAY DIFFRACTION2{A|464 - 746}A464 - 746
3X-RAY DIFFRACTION3{A|747 - 913}A747 - 913
4X-RAY DIFFRACTION4{B|8 - 64}B8 - 64
5X-RAY DIFFRACTION5{B|65 - 473}B65 - 473
6X-RAY DIFFRACTION6{B|474 - 547}B474 - 547
7X-RAY DIFFRACTION7{B|548 - 701}B548 - 701
8X-RAY DIFFRACTION8{B|702 - 825}B702 - 825
9X-RAY DIFFRACTION9{B|826 - 913}B826 - 913
10X-RAY DIFFRACTION10{C|925 - 954}C925 - 954
11X-RAY DIFFRACTION11{C|955 - 1040}C955 - 1040
12X-RAY DIFFRACTION12{C|1041 - 1151}C1041 - 1151
13X-RAY DIFFRACTION13{C|1152 - 1195}C1152 - 1195
14X-RAY DIFFRACTION14{C|1196 - 1222}C1196 - 1222
15X-RAY DIFFRACTION15{C|1223 - 1264}C1223 - 1264
16X-RAY DIFFRACTION16{C|1265 - 1325}C1265 - 1325
17X-RAY DIFFRACTION17{C|1326 - 1454}C1326 - 1454
18X-RAY DIFFRACTION18{D|925 - 1067}D925 - 1067
19X-RAY DIFFRACTION19{D|1068 - 1456}D1068 - 1456
20X-RAY DIFFRACTION20{E|1482 - 1505}E1482 - 1505
21X-RAY DIFFRACTION21{E|1506 - 1520}E1506 - 1520
22X-RAY DIFFRACTION22{E|1521 - 1547}E1521 - 1547
23X-RAY DIFFRACTION23{E|1548 - 1567}E1548 - 1567

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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