PDB-7s5s: CTX-M-15 WT in complex with BLIP WT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s5s

タイトル

CTX-M-15 WT in complex with BLIP WT

要素

Beta-lactamase
Beta-lactamase inhibitory protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Beta-lactamase / antibiotic resistance / Beta-lactamase inhibitory protein / protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of beta-lactamase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Streptomyces clavuligerus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Lu, S. / Palzkill, T. / Hu, L.Y. / Prasad, B.V.V. / Sankaran, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An active site loop toggles between conformations to control antibiotic hydrolysis and inhibition potency for CTX-M beta-lactamase drug-resistance enzymes.
著者: Lu, S. / Hu, L. / Lin, H. / Judge, A. / Rivera, P. / Palaniappan, M. / Sankaran, B. / Wang, J. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2021年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s5s.cif.gz	228.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s5s.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7s5s_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7s5s_full_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示
XML形式データ	7s5s_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	7s5s_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s5s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gmuS 4hbtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase inhibitory protein

45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.480, 81.860, 129.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.943, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-536- HOH
2	1	B-230- HOH
3	1	B-471- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28010.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaCTX-M-15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7S9T0, beta-lactamase
#2: タンパク質	Beta-lactamase inhibitory protein / BLIP 分子量: 17556.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35804
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M NaF, 0.1 M Bis-Tris-propane pH 6.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→33.49 Å / Num. obs: 94955 / % possible obs: 98.37 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 9.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / R_merge(I) obs: 0.057 / Num. unique obs: 511

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4HBT and 3GMU

4hbt

3gmu

解像度: 1.4→33.49 Å / SU ML: 0.0994 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.6787
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1663	2000	2.11 %
R_work	0.1512	92955	-
obs	0.1516	94955	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3194	0	0	770	3964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	3251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9466	4415
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0856	507
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.7798	459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.43	0.1783	141	0.1667	6549	X-RAY DIFFRACTION	96.8
1.43-1.47	0.2028	140	0.1636	6516	X-RAY DIFFRACTION	97.22
1.47-1.52	0.1825	141	0.1585	6547	X-RAY DIFFRACTION	97.44
1.52-1.57	0.177	140	0.1544	6542	X-RAY DIFFRACTION	97.69
1.57-1.62	0.1742	143	0.1519	6597	X-RAY DIFFRACTION	97.94
1.62-1.69	0.1849	142	0.1474	6602	X-RAY DIFFRACTION	98.07
1.69-1.76	0.1637	143	0.1543	6655	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.76-1.86	0.1709	143	0.1529	6644	X-RAY DIFFRACTION	98.55
1.86-1.97	0.1704	143	0.1472	6644	X-RAY DIFFRACTION	98.88
1.97-2.13	0.1516	143	0.1413	6690	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.13-2.34	0.1647	145	0.1457	6700	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.34-2.68	0.1633	145	0.1556	6749	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.68-3.37	0.1608	145	0.1531	6767	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.37-35.99	0.1593	146	0.1497	6753	X-RAY DIFFRACTION	98.18

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.404593766202	-0.258135272933	-0.129128085462	1.51308753478	0.371393425373	0.598740265421	-0.0166301750071	-0.159115835571	-0.130909485106	0.35802224187	0.105267284149	-0.0614573104479	0.217898442257	0.0648903354094	0.00634507533751	0.154434894264	0.00898687474007	-0.0298435602923	0.0836166007358	0.0268291070565	0.0898702785474	4.54917380803	-38.7732513764	-15.4013465242
2	0.546805067018	-0.189358062079	0.0911365309177	0.348346581974	-0.13406027549	0.576963335758	-0.0111287077675	-0.0453213699349	0.0434244879534	0.127890254066	0.000349300960731	-0.09143451888	-0.116554149615	0.0904768092875	0.02805765203	0.114065544769	-0.0150196341094	-0.0146379728479	0.0853756036631	-0.00903268195717	0.0849657306986	5.49364141921	-20.9180061835	-21.186086197
3	0.488118040413	-0.104178342099	0.12781740326	1.93592239304	1.51476955807	2.48372854274	0.0456782996195	0.0863262186587	0.323924705795	-0.0995212829496	-0.0202358140985	0.106239202686	-0.428111436047	0.0436748790268	0.0322228182642	0.154255961789	0.00488854800837	0.0219941327205	0.0673217463048	-0.0160705358956	0.154567885556	-3.91661434626	-5.30688565227	-38.4695492152
4	0.716011247815	0.137370865737	-0.149708223597	0.703385088907	-0.222407499406	1.37089616356	0.0163692352122	0.0985058212126	0.0296438681239	-0.0876866325949	0.0284068225568	0.0714446283103	-0.042006412092	-0.116495615024	0.00470755892993	0.0744735908045	0.0144379077317	-0.00371102917842	0.0794504276926	-0.00171355927429	0.0910995670076	-8.44281609312	-14.774844332	-38.2868894537
5	0.40994549774	-0.112266538414	-0.0704243900591	0.527706333837	-0.297731775321	0.396014604883	0.0214774501021	-0.0508611778967	0.0476764900584	0.0824424754729	-0.046776323666	-0.076823432739	-0.0591564682765	0.068087747966	0.0297080840505	0.0758588289359	-0.00912242471585	-0.0068303221004	0.0667189784454	0.00098586881308	0.0850793986197	7.71225866135	-19.3160408993	-29.3965965176
6	1.72493767209	-0.682302441959	0.582660185954	1.25622613258	-0.40913341507	1.34993935418	-0.0775664172299	-0.319772188323	-0.0356129234999	0.294205546266	0.145870351408	0.1295254658	-0.341395337317	-0.17515476001	0.0818675084031	0.178749887487	0.00130721894732	0.0251190231602	0.101467097607	-0.0215363830429	0.0798338230095	-3.7782079358	-11.0161717269	-18.871934449
7	0.612333021548	-0.0387529926541	-0.0844943412953	0.804535367165	0.0989269085998	0.693899876185	0.0172875450958	-0.00434038282193	-0.0167716665753	0.0187585207597	-0.0141106312504	0.137430902576	-0.0567555764928	-0.206099423415	-0.00858809489803	0.0750801874801	0.000805214897576	0.00858363430716	0.0940889710192	0.00843664286976	0.0734315567553	-5.86863602911	-27.6113845743	-21.6709875987
8	0.92489092225	-0.480424107596	-0.536275139855	1.67389884362	1.08732256962	2.36608021434	0.113370784044	-0.0226474680271	-0.0361614054354	0.0096584476463	-0.0682828589017	-0.0458404732631	0.0130631592566	-0.193533552876	0.0260115164325	0.0822972814613	-0.00129260166994	-0.00978502091633	0.0812211819156	0.015769795378	0.0548520879244	-0.896450409307	-32.1955754776	-21.5702467934
9	1.86260290608	0.117214142677	1.05425486939	1.96328401821	0.533759497702	3.58161546321	0.0304438345069	-0.268312775189	-0.0724553423074	0.321587154061	0.0337866351919	0.103500309087	0.0325055867692	-0.32866222543	0.0118808484128	0.135039995851	-0.00698153106672	0.0138875251912	0.103862137656	0.0223898028227	0.0750825620295	-4.11164848081	-35.3486296446	-15.4287277224
10	1.63991577425	-1.17788000833	1.81568465693	1.8476431511	0.194523887437	4.48460794169	0.0149385808622	-0.0538226255481	-0.101808036092	0.113578117711	-0.0298210631917	0.194753242797	0.112597778947	-0.160259753943	-0.095895381919	0.0709553785933	-0.00969597150946	7.01041063498E-5	0.0642156184009	0.00449062965171	0.105711427323	-21.9861841345	-32.6400922046	-44.3058046939
11	1.09816666941	0.166179101506	-0.424683961816	0.604104132529	-0.763079923548	1.16193080003	0.0517757735446	0.0149584619215	0.0555339268269	0.00795781423097	0.0648207238257	0.103017234287	0.0387163445701	-0.0915780429295	-0.0496089186521	0.0550666883051	-0.00282012159302	0.00281139657875	0.0656160502457	0.0124563678178	0.0868712510047	-28.5656678037	-24.4959686174	-46.7121286587
12	0.849052339165	-0.458775666852	0.0222946542815	0.590954845947	-0.0711628591662	0.339322245485	-0.0380782383292	-0.144541897314	-0.0255532334144	0.0656144926262	0.0654250210902	0.0495291505081	-0.0433062687327	-0.0299603031322	-0.0222819732313	0.0663835888539	0.012887649693	-0.00525267958964	0.0624170854841	-0.000722132458774	0.0698311916924	-18.333500201	-24.0748415877	-36.2067333857
13	0.759104512086	-0.083472932382	-0.277281367505	1.07357181948	0.0537190750317	0.869213112027	0.037974772334	0.0498400604218	-0.0155821290081	-0.0387458409503	-0.0518157396866	0.0495598039991	0.0212584659973	0.0119084986462	-0.0203798509249	0.042195787765	0.00326288429627	0.000504237478735	0.0512343313062	0.00058013652536	0.057267943977	-17.2339050758	-24.324820707	-48.2681944262
14	1.19070256963	-0.62356896525	0.765825525495	1.23489060337	-0.558366871334	1.18789756603	0.051944650342	0.145961780656	-0.149100909485	-0.195912329735	-0.132490694491	0.0133891711411	0.140448579776	0.12457804873	-0.00542409295332	0.105158912564	0.023062574062	0.0203313557772	0.194101773194	-0.00516448879298	0.0868098862503	-0.784569509847	-25.6487510228	-62.6057868514
15	0.948320649833	-0.212918831821	0.369098660222	0.6578465426	-0.390977175402	0.604048961139	-0.00615875251405	0.0685799947333	-0.061951512018	-0.0545088324358	-0.0330877127679	-0.0861513636444	0.0314928172094	0.0808698399825	-0.00780265511457	0.0667747259934	0.00474543047577	0.00824537578814	0.0849860993356	0.00416852014724	0.063429746245	-13.4407921617	-21.8649213311	-55.2903691899
16	0.893076915102	0.278070846171	0.203146216336	0.0962383725225	0.0647788835062	1.81316755378	-0.0400284203602	-0.182950894458	-0.0637729591622	0.0418986519077	-0.0934757575767	-0.185338342739	0.276548255603	0.319041651367	-0.0121900482943	0.144512354876	0.0456205018821	0.0169193723086	0.176827358021	0.0198852906333	0.168323423288	-2.20046383542	-34.8086247504	-44.8015598934
17	1.99723302534	-0.559582041	0.800984650671	1.28743538634	-0.719825859247	1.75036000445	0.00738196200416	0.00972963392281	-0.12837291227	0.0407858205997	-0.037191412949	0.0147236768742	0.0142651155629	0.256907610541	0.0247858524227	0.0501660553488	0.00940921117363	0.00650733134995	0.139406713952	0.00655077503467	0.0521456805805	-1.51670619125	-21.8465922817	-54.588423308

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 27 through 51 )	A	A	27 - 51	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 52 through 86 )	A	A	52 - 86	26 - 60
3	3	chain 'A' and (resid 87 through 101 )	A	A	87 - 101	61 - 75
4	4	chain 'A' and (resid 102 through 129 )	A	A	102 - 129	76 - 103
5	5	chain 'A' and (resid 130 through 194 )	A	A	130 - 194	104 - 168
6	6	chain 'A' and (resid 195 through 213 )	A	A	195 - 213	169 - 187
7	7	chain 'A' and (resid 214 through 250 )	A	A	214 - 250	188 - 224
8	8	chain 'A' and (resid 251 through 273 )	A	A	251 - 273	225 - 247
9	9	chain 'A' and (resid 274 through 288 )	A	A	274 - 288	248 - 262
10	10	chain 'B' and (resid 1 through 11 )	B	B	1 - 11	1 - 11
11	11	chain 'B' and (resid 12 through 25 )	B	B	12 - 25	12 - 25
12	12	chain 'B' and (resid 26 through 52 )	B	B	26 - 52	26 - 52
13	13	chain 'B' and (resid 53 through 84 )	B	B	53 - 84	53 - 84
14	14	chain 'B' and (resid 85 through 104 )	B	B	85 - 104	85 - 104
15	15	chain 'B' and (resid 105 through 132 )	B	B	105 - 132	105 - 132
16	16	chain 'B' and (resid 133 through 145 )	B	B	133 - 145	133 - 145
17	17	chain 'B' and (resid 146 through 165 )	B	B	146 - 165	146 - 165

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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