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- PDB-7s5n: Crystal Structure of a Putative uncharacterized protein from Myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s5n
タイトルCrystal Structure of a Putative uncharacterized protein from Mycobacterium marinum
要素MymaA.17060.a
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Mycobacterium marinum / MMAR_1385 / Uncharacterized protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性NTF2-like domain superfamily / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Putative uncharacterized protein from Mycobacterium marinum
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MymaA.17060.a
B: MymaA.17060.a
C: MymaA.17060.a
D: MymaA.17060.a
E: MymaA.17060.a
F: MymaA.17060.a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,66421
ポリマ－102,1576
非ポリマー1,50715
水8,989499
1
A: MymaA.17060.a
E: MymaA.17060.a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5557
ポリマ－34,0522
非ポリマー5025
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
2
B: MymaA.17060.a
D: MymaA.17060.a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5557
ポリマ－34,0522
非ポリマー5025
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
3
C: MymaA.17060.a
F: MymaA.17060.a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5557
ポリマ－34,0522
非ポリマー5025
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.690, 87.600, 185.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
MymaA.17060.a


分子量: 17026.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: MMAR_1385 / プラスミド: MymaA.17060.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HFJ9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Molecular Dimensions/Calibre Morpheus screen D4: 20mM of each 1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol, 2-Propanol, 1,4-Butanediol, 1,3-Propanediol, 100mM Imidazole: MES monohydrate (acid) ...詳細: Molecular Dimensions/Calibre Morpheus screen D4: 20mM of each 1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol, 2-Propanol, 1,4-Butanediol, 1,3-Propanediol, 100mM Imidazole: MES monohydrate (acid) pH 6.5: 25% (V/V) MPD, 25% (w/V) PEG 1000: 25% (w/V) PEG 3350: tray 233139/233138 d4: cryo: 20% EG: puck lwt7-13

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 72690 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.584 % / Biso Wilson estimate: 32.194 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 16.73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.97.7420.5224.150710.9210.55895.9
1.9-1.959.1450.3776.3552120.9630.499.9
1.95-2.0110.2290.3217.8250410.9770.338100
2.01-2.0710.2330.2529.7849480.9830.266100
2.07-2.1410.2120.20811.7447520.9870.219100
2.14-2.2110.1830.18712.8546120.9890.197100
2.21-2.2910.1140.17213.8944480.990.181100
2.29-2.3910.1230.15415.3642960.9920.16299.9
2.39-2.4910.0080.13616.7641420.9940.143100
2.49-2.629.8930.11918.9239570.9940.12599.9
2.62-2.769.8260.10720.0537640.9950.11399.9
2.76-2.939.630.09222.2435760.9960.09899.9
2.93-3.139.4380.08224.8533610.9970.087100
3.13-3.389.1740.07326.9531560.9970.077100
3.38-3.78.9960.06628.4728960.9970.06999.9
3.7-4.148.9630.06329.3126350.9970.06799.9
4.14-4.788.9770.05630.2923600.9980.059100
4.78-5.858.9510.05429.6620190.9980.057100
5.85-8.279.1340.05329.3215800.9980.056100
8.27-508.6910.04730.188640.9980.0591.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18 dev 4274精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ab initio model from RobaTTA-fold

解像度: 1.85→19.84 Å / SU ML: 0.1867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9225
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 1999 2.75 %0
Rwork0.1839 70688 --
obs0.1848 72687 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5999 0 84 499 6582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00646351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79928680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0577913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.65962261
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.24161450.21574743X-RAY DIFFRACTION95.77
1.9-1.950.27291260.21455005X-RAY DIFFRACTION99.9
1.95-20.31651230.21175030X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.24061410.19745033X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.140.23141360.18555012X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.230.2291320.19225017X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.330.22561540.19415005X-RAY DIFFRACTION99.94
2.33-2.450.24731650.19475016X-RAY DIFFRACTION99.88
2.45-2.610.21771310.19365080X-RAY DIFFRACTION99.94
2.61-2.810.26631550.2055016X-RAY DIFFRACTION99.94
2.81-3.090.24761460.19695081X-RAY DIFFRACTION99.94
3.09-3.530.18341450.17235112X-RAY DIFFRACTION99.96
3.53-4.440.20911570.15865157X-RAY DIFFRACTION99.91
4.44-19.840.17961430.17535381X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.519810100071.21616055355-0.7958625166982.43806746845-0.01229691929692.48444878384-0.07991506116040.3143146936440.0885853576382-0.2029606961690.006628478654450.300870160678-0.0864211034458-0.303436666760.07124872690730.1682188440950.00326432333938-0.06873323321910.195226179243-0.007852794508060.179011887094-7.1063454422647.059050682720.3424769548
21.504372544840.442353986708-0.5848254012873.017813242190.3678068712391.95095568742-0.04094265318170.09572840698180.136544809176-0.03941210916210.0680293602708-0.173291817547-0.1156753690020.116181772922-0.02832152581770.120447160936-0.0171830032271-0.0186159510210.1499439903240.01269724387310.15090148172419.529954893627.185151823730.4675372084
33.73139211553-0.864542919725-0.1860171200921.789590800621.149561164862.79865342561-0.127545620356-0.09905461979990.2811291579180.2249816574180.00324392230513-0.05331243032990.0779654983762-0.05228101198860.1128021313750.3168497384960.0366887132357-0.0835554985760.206286534142-0.01886201460610.1952602254-6.9297397602541.082628531-10.9338294489
40.7640071446190.67505448390.2418089005853.20855668654-0.25609176232.19388700556-0.1259677095970.0290663100045-0.1839302852650.1593601118280.0342392304779-0.04547768109460.1886751295910.07586918373220.07346493267240.1252109309580.006573399647320.03345981746230.1462152960750.01925063994260.18021365233112.98773465466.695023749641.8371991775
51.598219462470.315189336633-0.4629705607443.196010150480.1535273185561.565689815560.130224989319-0.08945150290040.2012632827810.124485770301-0.0908897057705-0.0720553528121-0.276670134960.140544820132-0.0419593647290.223228181652-0.0747732694655-0.01091292703650.1816300991450.01525056160550.1651086995647.6808675736362.879625880231.4203737509
61.72280125376-0.948909622565-1.342641881981.047090510180.1086635713261.89766050528-0.0836884852444-1.0330732020.3065316573730.573514107250.389041890922-0.9159599872860.3887037328411.34181132681-0.07152370419560.5473514674440.293486467464-0.240337772410.896678645531-0.2251711756340.52935870434613.572096559637.50880355290.0321914085006
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain 'A' and resid 1 through 202)AA - C1 - 202
22(chain 'B' and resid -1 through 203)BD - G-1 - 203
33(chain 'C' and resid 1 through 203)CH - K1 - 203
44(chain 'D' and resid 1 through 202)DL - N1 - 202
55(chain 'E' and resid -1 through 203)EO - R-1 - 203
66(chain 'F' and resid 1 through 202)FS - U1 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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