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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s57 | ||||||
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タイトル | Structure of Sortase A from Streptococcus pyogenes with the b7-b8 loop sequence of Enterococcus faecalis Sortase A | ||||||
要素 | Class A sortase, sortase A chimera | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / sortase-fold / sortase (ソルターゼ) / eight-stranded beta barrel / transpeptidase / housekeeping sortase / surface protein (細胞膜) | ||||||
機能・相同性 | Sortase A / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / cysteine-type peptidase activity / タンパク質分解 / ソルターゼ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Svendsen, J.E. / Johnson, D.A. / Gao, M. / Antos, J.M. / Amacher, J.F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022 タイトル: Structural and biochemical analyses of selectivity determinants in chimeric Streptococcus Class A sortase enzymes. 著者: Gao, M. / Johnson, D.A. / Piper, I.M. / Kodama, H.M. / Svendsen, J.E. / Tahti, E. / Longshore-Neate, F. / Vogel, B. / Antos, J.M. / Amacher, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s57.cif.gz | 49.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s57.ent.gz | 32.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s57.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/7s57 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18548.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: srtA, srtA_1, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY31_04460, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK53_04530, GTK54_ ...遺伝子: srtA, srtA_1, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY31_04460, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK53_04530, GTK54_03910, GUA39_04435, IB935_04675, IB936_04605, IB937_04535, IB938_05195, KUN2590_09100, KUN4944_08330, MGAS2221_0893, SAMEA1407055_00305, SAMEA1711644_00960, SAMEA3918953_00457, SPNIH34_10200, SPNIH35_09070, Sortase A プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U7I1I9 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月14日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→44.5 Å / Num. obs: 15696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 200346 / Scaling rejects: 38 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FN5 解像度: 1.7→44.495 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.59 Å2 / Biso mean: 30.364 Å2 / Biso min: 13.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→44.495 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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