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- PDB-7s4e: Crystal Structure of ligand ACBi1 in complex with bromodomain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s4e
タイトルCrystal Structure of ligand ACBi1 in complex with bromodomain of human Smarca2 and pVHL:ElonginC:ElonginB complex
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードGENE REGULATION / Complex / PROTAC / Degradation / Assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-87A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者MacPherson, D.J. / Sherman, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Predicting the structural basis of targeted protein degradation by integrating molecular dynamics simulations with structural mass spectrometry.
著者: Dixon, T. / MacPherson, D. / Mostofian, B. / Dauzhenka, T. / Lotz, S. / McGee, D. / Shechter, S. / Shrestha, U.R. / Wiewiora, R. / McDargh, Z.A. / Pei, F. / Pal, R. / Ribeiro, J.V. / ...著者: Dixon, T. / MacPherson, D. / Mostofian, B. / Dauzhenka, T. / Lotz, S. / McGee, D. / Shechter, S. / Shrestha, U.R. / Wiewiora, R. / McDargh, Z.A. / Pei, F. / Pal, R. / Ribeiro, J.V. / Wilkerson, T. / Sachdeva, V. / Gao, N. / Jain, S. / Sparks, S. / Li, Y. / Vinitsky, A. / Zhang, X. / Razavi, A.M. / Kolossvary, I. / Imbriglio, J. / Evdokimov, A. / Bergeron, L. / Zhou, W. / Adhikari, J. / Ruprecht, B. / Dickson, A. / Xu, H. / Sherman, W. / Izaguirre, J.A.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
E: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-C
H: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,29327
ポリマ－111,4298
非ポリマー2,86419
水1,62190
1
A: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,38918
ポリマ－55,7154
非ポリマー1,67514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-C
H: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9049
ポリマ－55,7154
非ポリマー1,1895
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.140, 116.570, 122.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULYSLYSAA1376 - 14908 - 122
21LEULEULYSLYSEE1376 - 14908 - 122
12ARGARGHISHISBB60 - 2089 - 157
22ARGARGHISHISFF60 - 2089 - 157
13METMETCYSCYSCC17 - 1121 - 96
23METMETCYSCYSGG17 - 1121 - 96
14METMETLYSLYSDD1 - 1041 - 104
24METMETLYSLYSHH1 - 1041 - 104

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14420.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P51531-2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370

-
非ポリマー , 5種, 109分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-87A / N-(1-fluorocyclopropane-1-carbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-N-{[2-{2-[4-({4-[3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}methyl)phenoxy]ethoxy}-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-4-hydroxy-L-prolinamide / ACBi1


分子量: 936.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H58FN9O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.85
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.85, 13% PEG 3350, 0.2 M sodium formate
PH範囲: 7.85

-
データ収集

回折平均測定温度: 77.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→37.92 Å / Num. obs: 55100 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.317.42.6022975240080.3171.0172.7970.899.9
10.06-37.896.20.04742986970.9990.0190.05125.298.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HAX

6hax


解像度: 2.25→37.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 21.882 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2587 2828 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 52206 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.83 Å2 / Biso mean: 61.139 Å2 / Biso min: 31.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.16 Å20 Å2-0 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---3.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→37.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7356 0 196 90 7642
Biso mean--57.67 53.57 -
残基数----908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0137660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.65910367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1851.57916995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6015900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40421.262420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.636151326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8261563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021725
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A35170.1
12E35170.1
21B46150.08
22F46150.08
31C26120.08
32G26120.08
41D29810.1
42H29810.1
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 215 -
Rwork0.367 3789 -
all-4004 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3451-0.89470.27832.8020.11371.5222-0.0628-0.323-0.30420.1231-0.0831-0.5420.1670.52090.14590.31870.05810.03340.22140.09380.308356.2707-17.3652-34.0936
22.82520.5062-2.63421.9797-1.01213.5987-0.23810.2174-0.3180.080.1140.23170.289-0.25750.12420.27460.01740.0490.0268-0.02070.250822.2908-17.3509-19.505
35.7767-0.0945-1.43452.8981-0.77114.9475-0.28930.2433-0.2589-0.2193-0.00910.22210.2883-0.46510.29840.29730.01580.08960.0568-0.0430.22510.4421-14.6837-3.1188
42.5174-1.6799-0.93863.92921.7532.4226-0.0761-0.1519-0.1631-0.0089-0.0393-0.1692-0.02540.14430.11530.23870.0449-0.00020.08120.06530.13220.0759-1.52029.0762
56.3762-1.54321.02582.1865-0.14541.4013-0.0148-0.3941-0.10490.0686-0.00490.406-0.1329-0.28520.01980.53770.1302-0.14550.2468-0.06050.4215-8.861415.8374-31.3456
64.07411.30342.56072.31241.14273.6882-0.32810.44380.216-0.35070.0717-0.0979-0.61920.19440.25640.43050.05030.01280.06880.04940.198426.565715.7827-20.2418
76.4925-0.01570.97732.88340.39974.2482-0.1440.2511-0.0397-0.34480.0935-0.3308-0.33910.53620.05050.3346-0.0335-0.02970.08590.05010.261548.642212.7587-4.1984
84.4183-0.90221.06213.79830.243.06340.2286-0.7097-0.77650.08770.05560.02660.2584-0.2108-0.28420.283-0.0123-0.06050.1310.14210.429747.9419-0.39438.0865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1376 - 1503
2X-RAY DIFFRACTION2B60 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3C17 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5E1376 - 1490
6X-RAY DIFFRACTION6F60 - 304
7X-RAY DIFFRACTION7G17 - 202
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 104

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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