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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s3w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an N-acetyltransferase from Helicobacter pullorum in the presence of Coenzyme A and dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-galactose | ||||||
要素 | N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | OXIDIZED COENZYME A / Chem-T3F 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pullorum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Griffiths, W.A. / Spencer, K.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021 タイトル: Biochemical investigation of an N-acetyltransferase from Helicobacter pullorum. 著者: Griffiths, W.A. / Spencer, K.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s3w.cif.gz | 56.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s3w.ent.gz | 37 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s3w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7s3w_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7s3w_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7s3w_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7s3w_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/7s3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/7s3w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18154.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Helicobacter pullorum (バクテリア) 株: NAP8W25 / 遺伝子: BA919_rs02330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 5種, 234分子
#2: 化合物 | ChemComp-T3F / ( | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CAO / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 11-18% PEG-3350, 200 mM KCl, 5 mM coenzyme A, 5 mM dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-galactose, 100 mM HEPPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 50690 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.35 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 10328 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7s3u 解像度: 1.25→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.567 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.21 Å2 / Biso mean: 10.689 Å2 / Biso min: 3.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.25→29.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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