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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s3u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an N-acetyltransferase from Helicobacter pullorum in the presence of Coenzyme A and dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-glucose | ||||||
![]() | N-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | COENZYME A / Chem-T3Q![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Griffiths, W.A. / Spencer, K.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biochemical investigation of an N-acetyltransferase from Helicobacter pullorum. 著者: Griffiths, W.A. / Spencer, K.D. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 994.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 994.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18154.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NAP8W25 / 遺伝子: BA919_rs02330 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / |
#3: 化合物 | ChemComp-T3Q / [( |
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 16-20% PEG-3350, 200 mM KCl, 5 mM dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-glucose, 5 mM Coenzyme A, 100 mM HEPPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 32307 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.456→1.55 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 5844 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4mzu 解像度: 1.45→36.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.155 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.85 Å2 / Biso mean: 11.482 Å2 / Biso min: 4.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→36.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.486 Å / Rfactor Rfree error: 0
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