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- PDB-7s3p: BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s3p
タイトルBD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C
要素Bromodomain-containing protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / inhibitor / bromodomain / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / : / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / histone binding ...histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / : / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Physachenolide C / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Horton, N.C. / Chapman, E. / Sivinski, J. / Zerio, C. / Ghadirian, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Physachenolide C is a Potent, Selective BET Inhibitor.
著者: Zerio, C.J. / Sivinski, J. / Wijeratne, E.M.K. / Xu, Y.M. / Ngo, D.T. / Ambrose, A.J. / Villa-Celis, L. / Ghadirian, N. / Clarkson, M.W. / Zhang, D.D. / Horton, N.C. / Gunatilaka, A.A.L. / ...著者: Zerio, C.J. / Sivinski, J. / Wijeratne, E.M.K. / Xu, Y.M. / Ngo, D.T. / Ambrose, A.J. / Villa-Celis, L. / Ghadirian, N. / Clarkson, M.W. / Zhang, D.D. / Horton, N.C. / Gunatilaka, A.A.L. / Fromme, R. / Chapman, E.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
K: Bromodomain-containing protein 3
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Bromodomain-containing protein 3
C: Bromodomain-containing protein 3
D: Bromodomain-containing protein 3
E: Bromodomain-containing protein 3
F: Bromodomain-containing protein 3
G: Bromodomain-containing protein 3
H: Bromodomain-containing protein 3
I: Bromodomain-containing protein 3
J: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,83428
ポリマ－144,60811
非ポリマー6,22617
水1,27971
1
K: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7283
ポリマ－13,1461
非ポリマー5822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7283
ポリマ－13,1461
非ポリマー5822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6932
ポリマ－13,1461
非ポリマー5471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7283
ポリマ－13,1461
非ポリマー5822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6932
ポリマ－13,1461
非ポリマー5471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
E: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6932
ポリマ－13,1461
非ポリマー5471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
F: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7283
ポリマ－13,1461
非ポリマー5822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
G: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7283
ポリマ－13,1461
非ポリマー5822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
H: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6932
ポリマ－13,1461
非ポリマー5471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
I: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7283
ポリマ－13,1461
非ポリマー5822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
J: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6932
ポリマ－13,1461
非ポリマー5471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.448, 158.535, 293.233
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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6given(-0.829466519171, -0.557974253854, -0.0254955998344), (0.55251839976, -0.826338176031, 0.109035025384), (-0.0819067243963, 0.0763541149511, 0.993710892377)46.7848299223, 83.0041097954, 39.506698671
7given(0.41563379029, 0.907232387451, 0.0646370445624), (0.907113680756, -0.41865951236, 0.0432317348259), (0.0662821435566, 0.0406645775997, -0.996971950244)2.49001789819, 2.07687787087, -80.3816545792
8given(-0.142949314542, -0.989711658275, -0.00602718400837), (0.984136167557, -0.14278528475, 0.105301311319), (-0.105078528629, 0.00912118050222, 0.994422096942)98.6515921838, 4.58774027046, 27.1222012538
9given(0.628479579629, 0.775361878194, -0.0618657888811), (-0.777825152397, 0.626364618401, -0.0515305454513), (-0.00120427926084, 0.0805066622079, 0.996753343135)-1.53402021018, -1.68668762248, -14.6323572884
10given(0.956413332372, 0.262001915317, 0.128951673242), (0.26050018664, -0.965047688188, 0.0286812182944), (0.131959048277, 0.00616083538171, -0.991236023198)6.17639648132, 1.2354571067, -94.3197207858

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 13146.177 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059
#2: 化合物
ChemComp-8L6 / Physachenolide C


分子量: 546.649 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→39.49 Å / Num. obs: 53287 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 55.77 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05044 / Rpim(I) all: 0.05044 / Rrim(I) all: 0.07134 / Net I/σ(I): 7.67
反射 シェル解像度: 2.89→2.993 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3034 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 5273 / CC1/2: 0.936 / CC star: 0.983 / Rpim(I) all: 0.3034 / Rrim(I) all: 0.4291 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Blu-Iceデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2oo1

2oo1


解像度: 2.89→39.49 Å / SU ML: 0.3791 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.6553
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 1995 3.75 %
Rwork0.2071 51241 -
obs0.2084 53236 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→39.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9478 0 435 71 9984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009510248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.186214085
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07061465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00951789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.30263670
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.394033399352
ens_1d_3EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.451084782878
ens_1d_4EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.309352760894
ens_1d_5EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.398932958066
ens_1d_6EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.418643940463
ens_1d_7EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.418444572586
ens_1d_8EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.417768500383
ens_1d_9EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.401618513901
ens_1d_10EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.397733411259
ens_1d_11EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.428834710119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.960.35691390.30093613X-RAY DIFFRACTION99.81
2.96-3.040.33271420.26943633X-RAY DIFFRACTION99.89
3.04-3.130.30751410.24573625X-RAY DIFFRACTION99.97
3.13-3.230.28371410.22733620X-RAY DIFFRACTION99.95
3.23-3.350.31741400.2233618X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.480.31381430.25033647X-RAY DIFFRACTION99.89
3.48-3.640.25181410.21563633X-RAY DIFFRACTION99.97
3.64-3.830.24241420.19463610X-RAY DIFFRACTION99.87
3.83-4.070.25541420.20693666X-RAY DIFFRACTION99.74
4.07-4.390.20331420.18213636X-RAY DIFFRACTION100
4.39-4.830.18321430.16293681X-RAY DIFFRACTION100
4.83-5.520.19691450.17913702X-RAY DIFFRACTION100
5.52-6.950.22981440.22443707X-RAY DIFFRACTION99.97
6.95-39.490.20791500.19933850X-RAY DIFFRACTION99.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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