[日本語] English
万見
- PDB-7s2x: Structure of SalC, a gamma-lactam-beta-lactone bicyclase for sali... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s2x
タイトルStructure of SalC, a gamma-lactam-beta-lactone bicyclase for salinosporamide biosynthesis
要素SalC
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / salinosporamide / Marizomib / bicyclase / cyclase / lactam / lactone / ketosynthase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RhiE-like, KS-MAT linker domain / : / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salinispora tropica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Chen, P.Y.-T. / Trivella, D.B.B. / Bauman, K.D. / Moore, B.S.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA127622 ブラジル
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI047818 ブラジル
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)F31HD101307 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/21358-5 ブラジル
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Enzymatic assembly of the salinosporamide gamma-lactam-beta-lactone anticancer warhead.
著者: Bauman, K.D. / Shende, V.V. / Chen, P.Y. / Trivella, D.B.B. / Gulder, T.A.M. / Vellalath, S. / Romo, D. / Moore, B.S.
履歴
登録2021年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SalC
B: SalC
C: SalC
D: SalC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,9219
ポリマ－259,5264
非ポリマー3955
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.330, 218.290, 87.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.014, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 11 through 597)
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1(chain "D" and resid 11 through 597)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROTRPA3 - 589
d_21ens_1PROTRPB1 - 587
d_31ens_1PROTRPC1 - 587
d_41ens_1PROTRPD1 - 587

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.746211422719, 0.64325143335, -0.171452926765), (0.641212746691, 0.625282769941, -0.444823190826), (-0.178926594125, -0.441869948184, -0.87905416375)30.2026649847, -4.7079357713, 26.6162571051
2given(-0.990454954165, 0.047799258417, 0.129283466321), (0.0200007486275, -0.878179732435, 0.47791246855), (0.136377981447, 0.475936538244, 0.868841445685)-11.7150977263, -114.462579857, 30.0640327422
3given(0.739648451626, -0.672652453662, 0.0214206580086), (-0.670479024316, -0.739260452014, -0.0628638372987), (0.0581209597275, 0.0321350380394, -0.997792209516)-38.5642272476, -95.5928334678, 57.0122366451

-
要素

#1: タンパク質
SalC


分子量: 64881.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salinispora tropica (バクテリア)
遺伝子: salC / 発現宿主: Streptomyces coelicolor (バクテリア) / 参照: UniProt: B0L7F9
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0 uL 1.7-3.4 mg/mL SalC was mixed with 1.0 uL well solution (0.10M HEPES pH 8.5, 30 % (w/v) PEG 3350, and 0.30 M KCl) to make a 2 uL hanging drop in a sealed well with 400 uL well solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→44.85 Å / Num. obs: 66868 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 52.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / Num. unique obs: 10562 / CC1/2: 0.698

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HG4

2hg4


解像度: 2.85→44.85 Å / SU ML: 0.3529 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.1153
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 3312 4.95 %
Rwork0.1974 63534 -
obs0.199 66846 96.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17948 0 19 19 17986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003118376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.600425006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04362710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00443341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.58746666
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.600580899312
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.786029437044
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.934651315527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.890.35311020.33942275X-RAY DIFFRACTION83.96
2.89-2.930.29191510.29572698X-RAY DIFFRACTION99.1
2.93-2.980.32541420.27952686X-RAY DIFFRACTION99.05
2.98-3.030.28721410.26212735X-RAY DIFFRACTION98.73
3.03-3.080.27741480.26182628X-RAY DIFFRACTION98.79
3.08-3.140.32061330.24732750X-RAY DIFFRACTION98.6
3.14-3.20.25851340.25372634X-RAY DIFFRACTION98.79
3.2-3.260.30021380.25652760X-RAY DIFFRACTION98.91
3.26-3.330.30071530.26292633X-RAY DIFFRACTION98.76
3.33-3.410.28121350.23682689X-RAY DIFFRACTION98.4
3.41-3.50.27841350.22332685X-RAY DIFFRACTION97.58
3.5-3.590.22661320.21042645X-RAY DIFFRACTION98.37
3.59-3.70.1971430.20332694X-RAY DIFFRACTION98.03
3.7-3.820.22831480.19912645X-RAY DIFFRACTION97.42
3.82-3.950.23181350.1962654X-RAY DIFFRACTION97.38
3.95-4.110.21571440.18532668X-RAY DIFFRACTION98.01
4.11-4.30.20481340.16742637X-RAY DIFFRACTION96.89
4.3-4.520.1951360.15662642X-RAY DIFFRACTION96.63
4.52-4.810.20011390.15762660X-RAY DIFFRACTION96.62
4.81-5.180.19451400.17422642X-RAY DIFFRACTION96.4
5.18-5.70.20271380.17872613X-RAY DIFFRACTION95.59
5.7-6.520.22611370.17982646X-RAY DIFFRACTION96.36
6.52-8.20.181410.15042618X-RAY DIFFRACTION95.77
8.21-44.850.1781330.14262597X-RAY DIFFRACTION93.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.133975753350.15184500316-0.04419078905991.08204109917-0.1506238863060.7180922112630.077942039143-0.225924792351-0.2078953140990.07817090113970.01245170335250.14475280950.0382812576554-0.152547926781-0.08742433036130.3269469073510.0136099435158-0.01954600273880.3908740449280.05271625678860.357168533589-25.564-70.65743.704
21.09226196241-0.05783676558280.002309685339391.20334903343-0.07713594112190.631712875790.0695054233181-0.10255515759-0.207861453189-0.06672407679240.000446584880548-0.132350419180.1164682250710.0536643981703-0.06613120414590.3447836532490.0267697449487-0.06114592057510.2784928438880.002317235332140.364855990206-3.578-84.60123.998
31.19793475533-0.0407260082415-0.1132665467381.17448376883-0.1434425159970.7611425242260.0268655886587-0.03271185078840.268028972180.02945007105-0.0287435686967-0.422258445544-0.1561983490330.1339609396530.001380219552120.3735771836680.00423404286298-0.0008856640330140.319383038905-0.02485780329970.54071793656315.832-32.230.906
41.252405068510.00651826266847-0.2104616033681.42228270876-0.3841741052171.09769629680.08457427132340.09334448664950.273620496282-0.1801331618040.0267378314933-0.0519039812402-0.217292302256-0.117431915194-0.1002310914340.4265072104870.07896663644540.03670829933380.2680038819070.0128249329360.357852651066-9.01-29.0139.719
51.73583112773-0.2739058818360.07084761098062.38608817922-1.279511075722.911972088890.114314869116-0.549994497004-0.1964239232510.6453926321650.114935244963-0.00205368958034-0.0517741355183-0.216920406725-0.2273097687620.5900035138810.0407055124536-0.08587919419840.5953543202240.06445221152070.337412344267-9.452-76.5772.297
61.757859843790.877627904034-0.1859463946361.929242429770.4374473986361.58619447103-0.1473632629230.286513831859-0.0767903833515-0.4845728791950.1323560189080.1570688984640.1015995651-0.22724713090.006052054369930.4796641322140.0134641376171-0.1252133840340.4208944813550.01037721089090.331008919917-24.39-90.759-1.459
71.2977278427-0.143224824470.0277841684113.361027777211.138579266612.20014921176-0.0710138275321-0.1598308812640.3307960230880.5599566881180.0910156522074-0.188552172675-0.2677216784120.143983322321-0.002490269964060.516099611140.0526483935873-0.0818230152870.337545477982-0.08598293541440.5474924973163.375-12.8655.233
82.402885725240.720212910711-1.454082944631.41121987897-1.396903720913.065754101950.08664989117470.3108657778820.0312327013169-0.110202080177-0.0563884081252-0.067791675379-0.2392525641830.09882257554-0.02300166797680.5347820916780.06100190302820.06443992773230.381159799364-0.001522459923930.4049752722237.296-37.391-18.134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 9:436 )A9 - 436
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 11:436 )B11 - 436
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 11:436 )C11 - 436
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 11:436 )D11 - 436
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 437:597 )A437 - 597
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 437:597 )B437 - 597
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 437:597 )C437 - 597
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 437:597 )D437 - 597

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る