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- PDB-7s2x: Structure of SalC, a gamma-lactam-beta-lactone bicyclase for sali... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s2x | |||||||||||||||
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Title | Structure of SalC, a gamma-lactam-beta-lactone bicyclase for salinosporamide biosynthesis | |||||||||||||||
![]() | SalC | |||||||||||||||
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Function / homology | ![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Chen, P.Y.-T. / Trivella, D.B.B. / Bauman, K.D. / Moore, B.S. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Enzymatic assembly of the salinosporamide gamma-lactam-beta-lactone anticancer warhead. Authors: Bauman, K.D. / Shende, V.V. / Chen, P.Y. / Trivella, D.B.B. / Gulder, T.A.M. / Vellalath, S. / Romo, D. / Moore, B.S. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 736.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2hg4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 64881.605 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-EPE / | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.72 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.0 uL 1.7-3.4 mg/mL SalC was mixed with 1.0 uL well solution (0.10M HEPES pH 8.5, 30 % (w/v) PEG 3350, and 0.30 M KCl) to make a 2 uL hanging drop in a sealed well with 400 uL well solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.85→44.85 Å / Num. obs: 66868 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 52.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 11.32 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→3.02 Å / Num. unique obs: 10562 / CC1/2: 0.698 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2HG4 Resolution: 2.85→44.85 Å / SU ML: 0.3529 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 23.1153 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→44.85 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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