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- PDB-7s2m: Crystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s2m | ||||||
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Title | Crystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 in complex with 6-hydroxymethylpterin | ||||||
![]() | Sul3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TIM barrel / alpha beta protein / antibiotic resistance / sulfonamides / structural genomics / CSGID / Center for Structural genomics of infectious diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | 6-HYDROXYMETHYLPTERIN![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Venkatesan, M. / Michalska, K. / Mesa, N. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular mechanism of plasmid-borne resistance to sulfonamide antibiotics. Authors: Venkatesan, M. / Fruci, M. / Verellen, L.A. / Skarina, T. / Mesa, N. / Flick, R. / Pham, C. / Mahadevan, R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 350.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 252.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7s2iC ![]() 7s2jC ![]() 7s2kC ![]() 7s2lC ![]() 7tq1C ![]() 8scdC ![]() 1aj0S ![]() 7s2o C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29119.564 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Sul3 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M calcium chloride, 0.05 M magnesium chloride, 20% w/v PEG3350, 6-hydroxymethylpterin PH range: 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 10, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.36→30 Å / Num. obs: 35008 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.98 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 25.39 |
Reflection shell | Resolution: 2.36→2.4 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1497 / CC1/2: 0.749 / Rpim(I) all: 0.457 / % possible all: 86.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1AJ0 Resolution: 2.42→30 Å / SU ML: 0.336 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 31.664 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.42→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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