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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s2l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 apoenzyme | ||||||
![]() | Sul3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / IM barrel / alpha beta protein / antibiotic resistance / sulfonamides / structural genomics / CSGID / Center for Structural genomics of infectious diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Venkatesan, M. / Michalska, K. / Mesa, N. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanism of plasmid-borne resistance to sulfonamide antibiotics. 著者: Venkatesan, M. / Fruci, M. / Verellen, L.A. / Skarina, T. / Mesa, N. / Flick, R. / Pham, C. / Mahadevan, R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 461.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 342.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28946.377 Da / 分子数: 4 / 変異: E94A/Q95A/K96A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% w/v PEG400, 1% ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 49842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.2 % / Biso Wilson estimate: 64.79 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.311 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 16.38 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 3.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 2422 / CC1/2: 0.587 / Rpim(I) all: 0.815 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1AJ0 解像度: 2.79→30 Å / SU ML: 0.4239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.7487 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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