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- PDB-7s2l: Crystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 apoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s2l
タイトルCrystal structure of sulfonamide resistance enzyme Sul3 apoenzyme
要素Sul3
キーワードTRANSFERASE / IM barrel / alpha beta protein / antibiotic resistance / sulfonamides / structural genomics / CSGID / Center for Structural genomics of infectious diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Venkatesan, M. / Michalska, K. / Mesa, N. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of plasmid-borne resistance to sulfonamide antibiotics.
著者: Venkatesan, M. / Fruci, M. / Verellen, L.A. / Skarina, T. / Mesa, N. / Flick, R. / Pham, C. / Mahadevan, R. / Stogios, P.J. / Savchenko, A.
履歴
登録2021年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sul3
B: Sul3
C: Sul3
D: Sul3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,43724
ポリマ－115,7864
非ポリマー1,65120
水2,306128
1
A: Sul3
ヘテロ分子

C: Sul3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,12817
ポリマ－57,8932
非ポリマー1,23515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
2
B: Sul3
ヘテロ分子

D: Sul3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3087
ポリマ－57,8932
非ポリマー4165
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)123.804, 123.804, 434.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

-
要素

#1: タンパク質
Sul3


分子量: 28946.377 Da / 分子数: 4 / 変異: E94A/Q95A/K96A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: Sul3 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% w/v PEG400, 1% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 49842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.2 % / Biso Wilson estimate: 64.79 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.311 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 16.38
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 3.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 2422 / CC1/2: 0.587 / Rpim(I) all: 0.815 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AJ0

1aj0


解像度: 2.79→30 Å / SU ML: 0.4239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.7487
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 3687 4.02 %
Rwork0.226 87925 -
obs0.2277 49650 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7959 0 91 128 8178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00518162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.770811000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04861281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.213039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.830.40361220.40393004X-RAY DIFFRACTION88.08
2.83-2.870.42671450.36583424X-RAY DIFFRACTION99.78
2.87-2.910.41821400.35123357X-RAY DIFFRACTION99.8
2.91-2.950.34771450.34683455X-RAY DIFFRACTION99.92
2.95-30.40011450.34673345X-RAY DIFFRACTION100
3-3.050.37591380.33983401X-RAY DIFFRACTION99.89
3.05-3.10.38191410.32793431X-RAY DIFFRACTION99.86
3.1-3.160.34061440.31133401X-RAY DIFFRACTION99.92
3.16-3.220.42281390.30543348X-RAY DIFFRACTION99.74
3.22-3.290.34091450.30013422X-RAY DIFFRACTION99.92
3.29-3.360.35431470.2863409X-RAY DIFFRACTION99.69
3.36-3.430.34761430.27173386X-RAY DIFFRACTION99.52
3.43-3.520.30241380.2573386X-RAY DIFFRACTION99.77
3.52-3.620.36521440.27823371X-RAY DIFFRACTION99.8
3.62-3.720.28661410.25433403X-RAY DIFFRACTION99.77
3.72-3.840.26551450.2363377X-RAY DIFFRACTION99.58
3.84-3.980.28241440.21023410X-RAY DIFFRACTION99.92
3.98-4.140.24451380.1933422X-RAY DIFFRACTION99.94
4.14-4.330.24341410.17723374X-RAY DIFFRACTION99.91
4.33-4.550.2091440.17623409X-RAY DIFFRACTION99.89
4.55-4.840.22081400.17023371X-RAY DIFFRACTION99.97
4.84-5.210.19731500.16833411X-RAY DIFFRACTION99.97
5.21-5.730.26191340.1853412X-RAY DIFFRACTION99.97
5.73-6.550.25821420.20453416X-RAY DIFFRACTION99.92
6.55-8.220.20171490.18753397X-RAY DIFFRACTION99.94
8.22-300.18231430.16883383X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.821441777961.552534575460.3853322870961.58126854126-1.387052044012.95781781703-0.184158104399-0.06365065371120.848862153916-0.2935713699660.4005216927960.266706940812-1.1195733441-0.5713505842162.60265897946E-70.7642670893370.03826906283090.06919278234930.901968480043-0.00107514620780.693299739166-56.398886201335.9514133945-13.6378676554
23.477673324090.186904463207-1.394053484420.987595535345-0.4599676439562.7636178203-0.0358719820497-0.262896875082-0.1260788157270.136062074753-0.143174700918-0.06446220307720.001030575224730.185889406699-4.65884606114E-90.481280345437-0.05588148863030.05116047925010.5548576125270.04649719501890.607494740637-44.678843105728.0913147235-7.2936473348
32.63173921192-0.4106813488250.02614291707741.105328834160.3606513920631.1501320507-0.165682556795-0.5506311422840.6811915156610.5637292359530.124849189763-0.0211632320273-1.115807181450.553847744589-0.0002614579637611.19809060537-0.1571820643790.1158728254671.12069216228-0.1445865045240.731335027986-67.22000667933.791358483526.3589235852
42.873280314710.223495036244-1.266682983720.899157302728-0.3191856697133.735137192420.0185281288527-0.0721324879985-0.2054130151710.05776682964330.02190040975020.0611831383484-0.3403730195440.1288752209023.09233669893E-90.587671178491-0.01298834020920.1036464772150.475417059422-0.02484686934160.638023188685-77.686496313327.52561681419.4101876383
52.077583990330.352407804981-0.2332425830681.108161236441.153936146711.266310856370.184720250703-0.77347811555-0.5846883493810.06025533873920.4487865296710.9541661240020.559741142574-0.0168199808308-3.00559180643E-60.851485334446-0.058450636412-0.02908787815920.7694895398220.05326588426850.716547132285-44.954366735355.1386257381-22.19642873
61.32452087044-0.518205704440.9109664679541.589483460350.2398646937510.798429661373-0.2382480304340.233724408916-0.6339012871730.316985684101-0.008586563622860.3279635097660.592274259544-0.901345945846-0.02312819062970.729134844209-0.1494893340170.01479478456140.821946257438-0.05106079529320.702205505377-43.324270916855.3144979801-23.460708168
70.836370422743-0.8563717351320.0518055794271.60528957730.5100976548280.391957413298-0.228149533458-0.466598482381-0.1374451548710.5938993290070.007748294195560.078773417477-0.2413750624310.120120776761-3.223832945E-70.743171750938-0.0383390848359-0.005566926709420.655847123402-0.002355895294710.610417081738-45.885755045263.9644906559-14.5374181281
82.316493399450.795208971924-0.3073661874472.585436438831.220570108113.133843485270.051040121175-0.1854049224350.1594121080320.30551574098-0.1893783593680.390394689557-0.24167235154-0.70236275139-2.57456724779E-80.619711871545-0.00138990989224-0.01688711788080.755777850713-0.008089667632720.665579724007-61.073822020267.3515094087-27.8385044014
92.69701686849-0.2294868522320.7886378271051.92564171112-1.285289983961.135211990650.01013372003-0.06280847495-0.701486433475-0.265291772563-0.411550897476-0.6256945828880.3668606664520.0897971230646-0.00226660234790.748143746730.1186154377690.08897743644140.8106791358050.2130570095950.860219106107-75.578544944957.517709999812.6379610586
102.42557810819-0.252180823230.5891752671721.29096213404-0.1640049911812.55455049530.1059876869130.2784934079870.312158124189-0.116096619497-0.301813903559-0.352261647326-0.2133435869020.567646555099-4.62441407671E-90.6387368412280.01205945834880.04902423557210.9410268761890.1991871452530.743137517839-65.053163112767.395770355413.0322695616
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 57 )AA-1 - 571 - 59
22chain 'A' and (resid 58 through 263 )AA58 - 26360 - 265
33chain 'B' and (resid 0 through 57 )BE0 - 571 - 54
44chain 'B' and (resid 58 through 263 )BE58 - 26355 - 260
55chain 'C' and (resid 0 through 20 )CF0 - 201 - 21
66chain 'C' and (resid 21 through 54 )CF21 - 5422 - 55
77chain 'C' and (resid 55 through 111 )CF55 - 11156 - 112
88chain 'C' and (resid 112 through 263 )CF112 - 263113 - 264
99chain 'D' and (resid 0 through 54 )DJ0 - 541 - 46
1010chain 'D' and (resid 57 through 263 )DJ57 - 26347 - 249

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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