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- PDB-7s1t: Structure of the human POT1-TPP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s1t
タイトルStructure of the human POT1-TPP1 complex
要素
  • Adrenocortical dysplasia protein homolog
  • Protection of telomeres protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / POT1 / Telomere
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomeric D-loop disassembly / G-rich single-stranded DNA binding / telomere assembly / segmentation / urogenital system development / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / protection from non-homologous end joining at telomere ...positive regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomeric D-loop disassembly / G-rich single-stranded DNA binding / telomere assembly / segmentation / urogenital system development / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / protection from non-homologous end joining at telomere / DEAD/H-box RNA helicase binding / establishment of protein localization to telomere / regulation of establishment of protein localization to telomere / telomerase inhibitor activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomeric D-loop disassembly / shelterin complex / Telomere C-strand synthesis initiation / single-stranded telomeric DNA binding / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / nuclear telomere cap complex / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomerase holoenzyme complex / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / embryonic limb morphogenesis / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric repeat DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of telomere maintenance / Telomere Extension By Telomerase / telomere maintenance via telomerase / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA polymerase binding / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere maintenance / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / skeletal system development / intracellular protein transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / chromosome, telomeric region / nuclear body / protein-containing complex binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protection of telomeres protein 1 (POT1), C-terminal insertion domain / Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Adrenocortical dysplasia protein / Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 ...: / Protection of telomeres protein 1 (POT1), C-terminal insertion domain / Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Adrenocortical dysplasia protein / Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Adrenocortical dysplasia protein homolog / Protection of telomeres protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Aramburu, T. / Skordalakes, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: POT1-TPP1 binding stabilizes POT1, promoting efficient telomere maintenance.
著者: Aramburu, T. / Kelich, J. / Rice, C. / Skordalakes, E.
履歴
登録2021年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protection of telomeres protein 1
D: Protection of telomeres protein 1
G: Protection of telomeres protein 1
J: Protection of telomeres protein 1
B: Adrenocortical dysplasia protein homolog
E: Adrenocortical dysplasia protein homolog
H: Adrenocortical dysplasia protein homolog
K: Adrenocortical dysplasia protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,41312
ポリマ－181,1518
非ポリマー2624
水00
1
A: Protection of telomeres protein 1
B: Adrenocortical dysplasia protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3533
ポリマ－45,2882
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
D: Protection of telomeres protein 1
E: Adrenocortical dysplasia protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3533
ポリマ－45,2882
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
3
G: Protection of telomeres protein 1
H: Adrenocortical dysplasia protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3533
ポリマ－45,2882
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
4
J: Protection of telomeres protein 1
K: Adrenocortical dysplasia protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3533
ポリマ－45,2882
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.880, 70.980, 103.790
Angle α, β, γ (deg.)76.760, 84.610, 70.550
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Protection of telomeres protein 1 / hPot1 / POT1-like telomere end-binding protein


分子量: 35446.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POT1 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9NUX5
#2: タンパク質
Adrenocortical dysplasia protein homolog / POT1 and TIN2-interacting protein


分子量: 9841.022 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACD, PIP1, PTOP, TINT1, TPP1 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q96AP0
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 and 3.0M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→36.44 Å / Num. obs: 36930 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.32
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Num. unique obs: 2747 / CC1/2: 0.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UN7

5un7


解像度: 2.9→36.44 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 36.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3069 1845 5 %
Rwork0.2504 35078 -
obs0.2532 36923 89.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 276.88 Å2 / Biso mean: 76.1356 Å2 / Biso min: 27.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→36.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11776 0 4 0 11780
Biso mean--68.28 --
残基数----1504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.980.38761410.36892707284889
2.98-3.070.42031450.35572757290292
3.07-3.160.43161460.32672769291592
3.16-3.280.36681430.32782723286690
3.28-3.410.34171400.29922676281689
3.41-3.560.39751330.28462525265883
3.56-3.750.32321430.26422713285691
3.75-3.990.32051450.25332756290192
3.99-4.290.32221420.22612710285291
4.29-4.730.24921340.21352546268084
4.73-5.410.28231490.21342825297494
5.41-6.80.2811410.24232670281189
6.81-36.440.23961430.21212701284490

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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