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- PDB-7s0m: Crystal structure of Penicillium verruculosum copalyl diphosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s0m
タイトルCrystal structure of Penicillium verruculosum copalyl diphosphate synthase (PvCPS) alpha prenyltransferase domain variant, S723T, bound with non-productive isopentenyl diphosphate
要素Terpene synthase
キーワードTRANSFERASE / Prenyltransferase / Isoprenoid Synthase / GGPP synthase / Bifunctional Terpene Synthase / Assembly-line synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


copalyl diphosphate synthase / plastoquinone biosynthetic process / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / transferase complex / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / isomerase activity ...copalyl diphosphate synthase / plastoquinone biosynthetic process / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / transferase complex / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / isomerase activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / Copalyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Talaromyces verruculosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ronnebaum, T.A. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137461 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Engineering the Prenyltransferase Domain of a Bifunctional Assembly-Line Terpene Synthase.
著者: Ronnebaum, T.A. / Eaton, S.A. / Brackhahn, E.A.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2021年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terpene synthase
B: Terpene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3264
ポリマ－69,8342
非ポリマー4922
水9,602533
1
A: Terpene synthase
B: Terpene synthase
ヘテロ分子

A: Terpene synthase
B: Terpene synthase
ヘテロ分子

A: Terpene synthase
B: Terpene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,97912
ポリマ－209,5026
非ポリマー1,4776
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area25070 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area66840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.801, 189.801, 56.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1262-

HOH

21B-1205-

HOH

31B-1273-

HOH

41B-1322-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Terpene synthase


分子量: 34917.039 Da / 分子数: 2 / 断片: Prenyltransferase alpha domain, residues 659-963 / 変異: S723T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces verruculosus (菌類) / 遺伝子: PvCPS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A348FUE1
#2: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The authors state that the full-length enzyme is a chimera, consisting of 963 residues. However, ...The authors state that the full-length enzyme is a chimera, consisting of 963 residues. However, the provided crystal structure was generated from limited proteolysis experiments and only the prenyltransferase alpha domain of the chimera was crystallized. The sequence of the full-length enzyme is: MSPMDLQESAAALVRQLGERVEDRRGFGFMSPAIYDTAWVSMISKTIDDQKTWLFAECFQYILSHQLEDGGWAMYASEID AILNTSASLLSLKRHLSNPYQITSITQEDLSARINRAQNALQKLLNEWNVDSTLHVGFEILVPALLRYLEDEGIAFAFSG RERLLEIEKQKLSKFKAQYLYLPIKVTALHSLEAFIGAIEFDKVSHHKVSGAFMASPSSTAAYMMHATQWDDECEDYLRH VIAHASGKGSGGVPSAFPSTIFESVWPLSTLLKVGYDLNSAPFIEKIRSYLHDAYIAEKGILGFTPFVGADADDTATTIL VLNLLNQPVSVDAMLKEFEEEHHFKTYSQERNPSFSANCNVLLALLYSQEPSLYSAQIEKAIRFLYKQFTDSEMDVRDKW NLSPYYSWMLMTQAITRLTTLQKTSKLSTLRDDSISKGLISLLFRIASTVVKDQKPGGSWGTRASKEETAYAVLILTYAF YLDEVTESLRHDIKIAIENGCSFLSERTMQSDSEWLWVEKVTYKSEVLSEAYILAALKRAADLPDENAEAAPVINGISTN GFEHTDRINGKLKVNGTNGTNGSHETNGINGTHEIEQINGVNGTNGHSDVPHDTNGWVEEPTAINETNGHYVNGTNHETP LTNGISNGDSVSVHTDHSDSYYQRSDWTADEEQILLGPFDYLESLPGKNMRSQLIQSFNTWLKVPTESLDVIIKVISMLH TATLLIDDIQDQSILRRGQPVAHSIFGTAQAMNSGNYVYFLALREVQKLQNPKAISIYVDSLIDLHRGQGMELFWRDSLM CPTEEQYLDMVANKTGGLFCLAIQLMQAEATIQVDFIPLVRLLGIIFQICDDYLNLKSTAYTDNKGLCEDLTEGKFSFPI IHSIRSNPGNRQLINILKQKPREDDIKRYALSYMESTNSFEYTRGVVRKLKTEAIDTIQGLEKHGLEENIGIRKILARMS LEL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6 0.015 M sodium citrate tribasic dihydrate 2.5% tacsimate pH 5.0 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→62.13 Å / Num. obs: 762371 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 26.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.96
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 78736 / CC1/2: 0.505

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V0K

6v0k


解像度: 2→62.13 Å / SU ML: 0.2571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.539
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 3923 2.55 %
Rwork0.1755 149851 -
obs0.176 153774 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→62.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4837 0 28 533 5398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80986759
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6211680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.3471360.32635401X-RAY DIFFRACTION99.91
2.02-2.050.35691340.30985263X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.080.33321480.30055364X-RAY DIFFRACTION99.91
2.08-2.110.32691380.28075359X-RAY DIFFRACTION99.98
2.11-2.140.2841440.27195344X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.170.28681440.2535384X-RAY DIFFRACTION99.98
2.17-2.20.26421340.24885359X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.240.24931440.23585325X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.280.27371440.22545369X-RAY DIFFRACTION99.95
2.28-2.320.24581330.22015313X-RAY DIFFRACTION99.96
2.32-2.360.24811340.21755417X-RAY DIFFRACTION99.84
2.36-2.410.24851440.21175268X-RAY DIFFRACTION99.87
2.41-2.460.18321400.19945415X-RAY DIFFRACTION99.96
2.46-2.520.20551460.18695310X-RAY DIFFRACTION99.98
2.52-2.580.16711360.17025343X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.650.19561440.17325334X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.730.2061360.17315368X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.820.16571360.16475402X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.920.21491400.16315322X-RAY DIFFRACTION99.98
2.92-3.040.15251400.16185329X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.170.19221400.17745390X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.340.15721400.1595361X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.550.13221350.13985371X-RAY DIFFRACTION99.96
3.55-3.820.15781440.12875305X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.210.18961420.13835362X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.820.13951460.12555359X-RAY DIFFRACTION99.96
4.82-6.070.19611420.16295351X-RAY DIFFRACTION100
6.07-62.130.16751390.15095363X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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