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- PDB-7s0l: Crystal structure of Penicillium verruculosum copalyl diphosphate... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7s0l | |||||||||
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Title | Crystal structure of Penicillium verruculosum copalyl diphosphate synthase (PvCPS) alpha prenyltransferase domain variant, S723F | |||||||||
![]() | Terpene synthase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Prenyltransferase / Isoprenoid Synthase / GGPP synthase / Bifunctional Terpene Synthase / Assembly-line synthase | |||||||||
Function / homology | ![]() copalyl diphosphate synthase / plastoquinone biosynthetic process / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / transferase complex / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / isomerase activity ...copalyl diphosphate synthase / plastoquinone biosynthetic process / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / transferase complex / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / ubiquinone biosynthetic process / isomerase activity / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ronnebaum, T.A. / Christianson, D.W. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Engineering the Prenyltransferase Domain of a Bifunctional Assembly-Line Terpene Synthase. Authors: Ronnebaum, T.A. / Eaton, S.A. / Brackhahn, E.A.E. / Christianson, D.W. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 299.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 203.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7s09C ![]() 7s0aC ![]() 7s0hC ![]() 7s0mC ![]() 6v0kS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34963.109 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Prenyltransferase alpha domain, residues 659-963 / Mutation: S723F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Sequence details | The authors state that the full-length enzyme is a chimera, consisting of 963 residues. However, ...The authors state that the full-length enzyme is a chimera, consisting of 963 residues. However, the provided crystal structure was generated from limited proteolysis experiments and only the prenyltransferase alpha domain of the chimera was crystallized. The sequence of the full-length enzyme is: MSPMDLQESA | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.17 Å3/Da / Density % sol: 70.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M sodium citrate pH 5.6 0.01 M citric acid pH 3.5 2.5% tacsimate pH 5.0 18% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→94.64 Å / Num. obs: 323109 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 33846 / CC1/2: 0.521 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6V0K Resolution: 2.65→94.64 Å / SU ML: 0.3749 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.5504 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→94.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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