PDB-7rz1: Hen egg-white lysozyme with ionic liquid ethanolammonium formate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rz1

タイトル

Hen egg-white lysozyme with ionic liquid ethanolammonium formate 14.4 mol%

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / ionic liquid / ethanolammonium formate

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.046 Å

データ登録者

Han, Q. / Darmanin, C. / Drummond, C. / Greaves, T.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J Colloid Interface Sci / 年: 2023
タイトル: Probing ion-binding at a protein interface: Modulation of protein properties by ionic liquids.
著者: Han, Q. / Su, Y. / Smith, K.M. / Binns, J. / Drummond, C.J. / Darmanin, C. / Greaves, T.L.

履歴

登録	2021年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rz1.cif.gz	114.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rz1.ent.gz	84.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rz1_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rz1_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7rz1_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	7rz1_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rxyC 7rydC 7rykC 7rz0C 7rz2C 7jmuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, The radius of gyration of lysozyme in this solvent increased to over 20 angstrom compared with 15 angstrom in buffer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.650, 76.650, 38.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-385- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / lyzozyme / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミンタイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	The protein is a monomer, but is an oligomer in the presence of concentrated ionic liquid. Under ...The protein is a monomer, but is an oligomer in the presence of concentrated ionic liquid. Under these conditions, SAXS indicates that the radius of gyration increased to over 20 angstroms compared with 15 angstroms in buffer.
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.31 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ethanolammonium formate 14.4mol% (ca. 50wt%) in water

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.2398 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.046→54.2 Å / Num. obs: 7613 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 571 / CC_1/2: 0.852 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JMU

7jmu

解像度: 2.046→54.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / WR_factor R_free: 0.21 / WR_factor R_work: 0.14 / SU B: 13.824 / SU ML: 0.156 / Average fsc free: 0.9114 / Average fsc work: 0.9306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.207 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	390	5.153 %
R_work	0.16	7179	-
all	0.164	-	-
obs	-	7569	99.435 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.825 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.277 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.277 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.554 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.046→54.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	23	106	1130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.642	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.582	1.592	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.027	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.199	19.452	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.782	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.546	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.16	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.176	1.59	548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.074	1.581	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.807	2.384	693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.821	2.389	692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.514	1.926	570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.125	1.892	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.138	2.769	816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.983	2.747	809
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.219	19.931	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.65	19.408	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.588	3	2158

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.046-2.099	0.295	24	0.212	520	0.215	544	0.831	0.887	100	0.194
2.099-2.157	0.221	19	0.212	511	0.212	530	0.91	0.851	100	0.18
2.157-2.219	0.286	30	0.218	496	0.222	526	0.817	0.825	100	0.182
2.219-2.287	0.473	25	0.336	443	0.343	505	0.79	0.882	92.6733	0.305
2.287-2.362	0.335	25	0.186	463	0.196	488	0.88	0.884	100	0.15
2.362-2.445	0.2	29	0.135	445	0.139	474	0.923	0.944	100	0.107
2.445-2.537	0.233	25	0.136	438	0.143	463	0.935	0.949	100	0.112
2.537-2.64	0.285	27	0.118	417	0.127	444	0.921	0.956	100	0.097
2.64-2.758	0.18	18	0.118	422	0.121	440	0.959	0.959	100	0.097
2.758-2.892	0.193	16	0.104	373	0.107	389	0.949	0.966	100	0.087
2.892-3.048	0.235	22	0.116	373	0.122	395	0.938	0.969	100	0.103
3.048-3.232	0.283	16	0.136	363	0.141	379	0.912	0.968	100	0.124
3.232-3.454	0.136	14	0.15	338	0.149	352	0.962	0.973	100	0.141
3.454-3.73	0.205	19	0.14	311	0.144	333	0.95	0.973	99.0991	0.13
3.73-4.084	0.182	16	0.122	287	0.125	306	0.958	0.975	99.0196	0.112
4.084-4.563	0.183	14	0.124	260	0.127	274	0.969	0.978	100	0.117
4.563-5.262	0.229	18	0.156	237	0.163	255	0.965	0.976	100	0.146
5.262-6.43	0.229	16	0.188	207	0.191	223	0.96	0.971	100	0.167
6.43-9.03	0.252	11	0.185	165	0.189	176	0.944	0.97	100	0.172
9.03-54.2	0.342	6	0.229	110	0.233	116	0.945	0.958	100	0.222

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -19.5967 Å / Origin y: -1.6795 Å / Origin z: -9.3171 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0036 Å²	0.0005 Å²	0.0002 Å²	-	0.0042 Å²	0.0078 Å²	-	-	0.0275 Å²
L	0.7343 °²	0.3213 °²	-0.0667 °²	-	0.6427 °²	0.2829 °²	-	-	0.3586 °²
S	-0.0243 Å °	-0.0369 Å °	-0.0501 Å °	-0.0271 Å °	0.0045 Å °	-0.033 Å °	0.0074 Å °	0.0248 Å °	0.0198 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)