PDB-7ryx: S. CEREVISIAE CYP51 COMPLEXED WITH VT-1129

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ryx

タイトル

S. CEREVISIAE CYP51 COMPLEXED WITH VT-1129

要素

Lanosterol 14-alpha demethylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / VT-1129 / CYP51 / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR COMPLEX / Sterol Biosynthesis / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ergosterol biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / methyltransferase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ruma, Y.N. / Sagatova, A. / Keniya, M.V. / Tyndall, J.D. / Monk, B.C.

資金援助

ニュージーランド, 2件

引用

ジャーナル: J Fungi / 年: 2022
タイトル: Characterisation of Candida parapsilosis CYP51 as a Drug Target Using Saccharomyces cerevisiae as Host.
著者: Ruma, Y.N. / Keniya, M.V. / Tyndall, J.D.A. / Monk, B.C.

履歴

登録	2021年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ryx.cif.gz	150.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ryx.ent.gz	93.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ryx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ryx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ryx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7ryx_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	7ryx_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ryx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ryx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lxjS 5ul0 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5esf-d 5ese-d 4ze2-d 5eae-d 5esm-d 5esk-d 7ryb-d 4ze0-d 5eaf-1 5eab-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lanosterol 14-alpha demethylase

ヘテロ分子

62.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.402, 67.978, 80.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.381, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Lanosterol 14-alpha demethylase 分子量: 61470.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母) 株: YJM789 / 遺伝子: ERG11, SCY_2394 / Variant: SCY_2394 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): AD2DELTA / 参照: UniProt: A6ZSR0
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-81H / (2R)-2-(2,4-difluorophenyl)-1,1-difluoro-3-(1H-tetrazol-1-yl)-1-{5-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]pyridin-2-yl}propan-2-ol 分子量: 513.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₄F₇N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 44% PEG 400, 0.1 M Glycine, pH 9.5 / PH範囲: 9.3 - 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 91 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.19 Å / Num. obs: 48767 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4018 / CC_1/2: 0.893 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX	v1.19.2-4158	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LXJ

4lxj

解像度: 2.1→45.19 Å / SU ML: 0.2663 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 35.5906
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	4568	4.82 %
R_work	0.2336	90166	-
obs	0.2353	48681	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4271	0	79	41	4391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	4478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9412	6087
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0529	640
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0846	1668

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3706	131	0.3272	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.12-2.15	0.4049	130	0.3073	2948	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.15-2.18	0.3459	124	0.3086	3123	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.18-2.2	0.3313	119	0.2871	2996	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.2-2.23	0.3362	161	0.2994	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.23-2.26	0.3191	126	0.2851	2976	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.26-2.29	0.3308	185	0.2859	3013	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.29-2.33	0.3238	126	0.2803	3007	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.33-2.37	0.3179	173	0.2892	3023	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.37-2.4	0.3085	162	0.2877	3009	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.4-2.45	0.3414	161	0.2817	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.45-2.49	0.3256	186	0.2814	2906	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.49-2.54	0.3473	178	0.2716	2972	X-RAY DIFFRACTION	98.96
2.54-2.59	0.3084	158	0.254	3037	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.59-2.65	0.3781	143	0.246	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.65-2.71	0.2612	163	0.2439	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.71-2.78	0.283	137	0.2588	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.78-2.85	0.2915	167	0.2553	3012	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.85-2.93	0.303	143	0.2561	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.93-3.03	0.3302	145	0.2718	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.03-3.14	0.3125	147	0.2677	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.14-3.26	0.3364	163	0.2694	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.26-3.41	0.2816	120	0.254	3029	X-RAY DIFFRACTION	98.56
3.41-3.59	0.2913	139	0.2446	3003	X-RAY DIFFRACTION	98.9
3.59-3.82	0.2789	158	0.2352	2973	X-RAY DIFFRACTION	98.43
3.82-4.11	0.2269	149	0.2104	2994	X-RAY DIFFRACTION	99.09
4.11-4.52	0.2129	187	0.1948	2966	X-RAY DIFFRACTION	98.78
4.52-5.18	0.2613	176	0.1887	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.02
5.18-6.52	0.275	157	0.2129	2995	X-RAY DIFFRACTION	98.78
6.52-45.19	0.1754	154	0.1909	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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