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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ryt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis acetylated Homoserine transacetylase with Coenzyme A | ||||||
要素 | Homoserine O-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Alpha beta hydrolase / acetylated / acetyl tansferase / PROTEIN BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 homoserine metabolic process / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å | ||||||
データ登録者 | Jayasinghe, Y.P. / Ronning, D.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2023 タイトル: Structural and Functional Characterization of Mycobacterium tuberculosis Homoserine Transacetylase. 著者: Sharma, S. / Jayasinghe, Y.P. / Mishra, N.K. / Orimoloye, M.O. / Wong, T.Y. / Dalluge, J.J. / Ronning, D.R. / Aldrich, C.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ryt.cif.gz | 416.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ryt.ent.gz | 340.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ryt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ryt_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ryt_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ryt_validation.xml.gz | 81.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ryt_validation.cif.gz | 107.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ryt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ryt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f2lC 6puxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38620.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: metXA, metA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJY9, homoserine O-acetyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-COA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, 18% w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12712 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.12712 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 75155 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.224 / Χ2: 1.337 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 465929 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PUX 解像度: 2.67→39.06 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.66 Å2 / Biso mean: 25.2626 Å2 / Biso min: 5.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.67→39.06 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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