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- PDB-7rym: CD1a-endo-gdTCR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rym
タイトルCD1a-endo-gdTCR complex
要素
  • (T cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1a
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1 / TCR / lipid antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation ...endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / immunoglobulin complex / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / learning or memory / endosome membrane / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like ...: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / T cell receptor gamma variable 4 / T cell receptor delta variable 1 / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / T-cell surface glycoprotein CD1a / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wegrecki, M. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Atypical sideways recognition of CD1a by autoreactive gamma delta T cell receptors.
著者: Wegrecki, M. / Ocampo, T.A. / Gunasinghe, S.D. / von Borstel, A. / Tin, S.Y. / Reijneveld, J.F. / Cao, T.P. / Gully, B.S. / Le Nours, J. / Moody, D.B. / Van Rhijn, I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1a
B: Beta-2-microglobulin
C: T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1
D: T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0086
ポリマ－96,8054
非ポリマー2022
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)237.076, 42.461, 121.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.132, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1a / T-cell surface antigen T6/Leu-6 / hTa1 thymocyte antigen


分子量: 32593.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06126
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 12602.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

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T cell receptor ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1


分子量: 27987.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGV4, TCRGV4, TRBC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C4DH28, UniProt: P01850
#4: タンパク質 T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant


分子量: 23622.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRDV1, TRAC, TCRA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B0GX56, UniProt: P01848

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→41.64 Å / Num. obs: 18526 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 81.03 Å2 / CC1/2: 0.972 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / Num. unique obs: 3277 / CC1/2: 0.909

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RYL and 7KP1

7ryl

7kp1


解像度: 3.2→41.64 Å / SU ML: 0.455 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.8987
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 1027 5.56 %
Rwork0.2473 17456 -
obs0.2493 18483 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 128.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→41.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5530 0 12 0 5542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00235692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60077776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0424860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9266778
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.370.39211560.37532443X-RAY DIFFRACTION99.62
3.37-3.580.35351520.30152448X-RAY DIFFRACTION99.62
3.58-3.860.33271450.2672485X-RAY DIFFRACTION99.66
3.86-4.240.25261580.22462455X-RAY DIFFRACTION99.81
4.24-4.860.23961240.19432491X-RAY DIFFRACTION99.54
4.86-6.120.281550.23212530X-RAY DIFFRACTION99.93
6.12-41.640.26111370.24752604X-RAY DIFFRACTION99.42
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.093012192080.1547767392680.1549494078040.936832747984-0.04515990987770.4526639707870.02580566314340.112169177797-0.224777304466-0.07952070428620.0845291254505-0.105748174879-0.072086786013-0.03218427099051.710742550280.5455636854820.03249767962650.03783566780210.394359348983-0.001765255437410.7624151811430.75216.908-3
20.592444466452-0.4608511561720.5691539464170.417240403219-0.2475306122251.04358586080.178816167117-0.07104184891440.445743755173-0.01090112377810.146139663097-0.0529154688188-0.0365694559992-0.03231576036792.62802424969E-50.5798872406490.03926954330380.02828877581690.656239805885-0.003905707701420.79824100806535.45324.81812.175
30.642310170866-0.2313331521720.4058948461390.5110206187990.04083866477050.63096001064-0.134388912182-0.24523103758-0.352282457473-0.0177952731031-0.09638728950530.4340371941910.451080217221-0.1157313181770.0001386944297971.00667117146-0.01436110308820.2487733499721.215215077140.1566907376020.966190141716-8.3162.61740.07
40.0583447786292-0.245617822290.09682131830421.0252595829-0.5669168930110.4470247480030.192789978351-0.2515024518310.637194632333-0.394097832986-0.358952788847-0.6574942194330.3678032675391.06671278248-0.05536737941710.724028715525-0.156668092109-0.01571293263071.69846633375-0.006401574359541.1483500753113.59211.18841.781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 8:280 )A8 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:99 ) OR ( CHAIN A AND RESID 301:301 )B1 - 99
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:99 ) OR ( CHAIN A AND RESID 301:301 )A301
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 11:248 )C11 - 248
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 2:178 )D2 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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