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- PDB-7ryl: T cell receptor CO3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ryl
タイトルT cell receptor CO3
要素
  • T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant
  • T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1 / TCR / lipid antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / immunoglobulin complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / immunoglobulin complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor gamma variable 4 / T cell receptor delta variable 1 / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wegrecki, M. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Atypical sideways recognition of CD1a by autoreactive gamma delta T cell receptors.
著者: Wegrecki, M. / Ocampo, T.A. / Gunasinghe, S.D. / von Borstel, A. / Tin, S.Y. / Reijneveld, J.F. / Cao, T.P. / Gully, B.S. / Le Nours, J. / Moody, D.B. / Van Rhijn, I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1
D: T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8645
ポリマ－51,6102
非ポリマー2543
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.987, 76.414, 113.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 T cell receptor gamma variable 4,T cell receptor beta constant 1


分子量: 27987.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGV4, TCRGV4, TRBC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C4DH28, UniProt: P01850
#2: タンパク質 T cell receptor delta variable 1,T cell receptor alpha chain constant


分子量: 23622.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRDV1, TRAC, TCRA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B0GX56, UniProt: P01848
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15M Ammonium sulfate, 15% PEG 4000, 0.1 MES pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.93222 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93222 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.47 Å / Num. obs: 30668 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 30.71 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.743 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2241 / CC1/2: 0.538

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X6B

4x6b


解像度: 2→45.47 Å / SU ML: 0.2383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.0376
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1544 5.05 %
Rwork0.1986 29042 -
obs0.2011 30586 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 14 291 3680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62864817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.12151251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.30881390.282575X-RAY DIFFRACTION99.78
2.06-2.140.29661390.26162617X-RAY DIFFRACTION99.71
2.14-2.220.30041510.24042566X-RAY DIFFRACTION99.89
2.22-2.330.36061290.23472625X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.450.30341460.22942592X-RAY DIFFRACTION99.93
2.45-2.60.2611440.22912616X-RAY DIFFRACTION99.93
2.6-2.80.27861350.21712624X-RAY DIFFRACTION99.96
2.8-3.080.2531430.20072634X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.530.23031430.18472662X-RAY DIFFRACTION99.96
3.53-4.450.20191380.16172691X-RAY DIFFRACTION100
4.45-45.470.22091370.1812840X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34813539101-2.287169110731.1678660382.84739212918-0.7825314855653.070084872710.08986098924160.31575025628-0.0364650664485-0.428310702723-0.166284279004-0.19649095183-0.0247550156180.2573344594450.06762861192910.263028118545-0.04444829447490.0674544740.211603285966-0.02498835415470.21292098391850.473581025332.141599345631.179615746
22.7962953859-0.731725107812-1.239680644332.242298889441.033935867024.879708407640.1299256123310.0450555730361-0.0887634524666-0.1984308268-0.1232261898710.03914099063950.0554612121477-0.0836091786958-0.01441696019710.157414114890.00115906445748-0.02385697255370.1739917283880.003920527978060.13372468009733.189378703156.573685888637.0620761888
36.23055045096-3.86087197139-1.497311967676.066284396663.263930840194.389235636760.01262544529610.0801016086166-0.650276920173-0.0689990087604-0.2636349853961.117634022880.312548239765-0.6820248488010.3577875436350.177715059231-0.1033231761550.04958628070350.3333211977470.06057522079280.31231292167335.763821668825.87904257750.6078576679
43.34271803898-0.8133346654610.7948500021295.711890177910.6127848450833.08931973814-0.0427986712648-0.245025258681-0.5068698677660.0805887889230.135277518801-0.1841326847640.10896035495-0.0712442555308-0.04114676839070.113009707822-0.00425973315170.03782883762270.2611696417270.04334160333190.24002780094745.358797901627.079850311552.3644388505
51.39111383447-0.81597132570.7240718168477.764254641861.146718590972.108511191220.018639371124-0.54808765621-0.4584438433380.2209111585730.0740260798422-0.01161667298280.0764260539208-0.0962907572851-0.1057400435710.1624676417170.005695120219150.0316785895630.3981400895870.1322551579580.34503487217745.501333109723.863402381460.6346457798
62.51593069245-1.86066822369-0.1951873861276.876372909631.19727923982.26315214818-0.253536313248-0.0963544965428-0.173685215730.3944783918420.112978141733-0.1965417675360.1081706945920.0581331894250.1603510362180.1661099635650.01297746554390.05618128233890.2466430148750.04439475079510.17577278876442.145555216633.67286076853.0321072299
73.88449809189-5.50047727463-0.09569678204998.161980824090.2508801865764.00089769849-0.1445664872740.316711850842-0.07219907345120.00633491561852-0.0143013955497-0.2808958273280.6352052641790.452721400456-0.00977494575770.2970433799740.0167883619970.0512613832430.1979634682120.02981356551040.24795315720551.182464462521.189953386844.3284653147
86.41209545172-5.3623890344-1.580703485335.501487822271.460835124930.445863507568-0.0681363304207-0.50032700180.1843527617170.2283628050460.403976314459-0.112144621254-0.550750300241-0.362541613846-0.09762825722020.4272409853580.1545980667960.143959045610.4411564227480.08808084038770.26216419394428.313155482145.130790385157.9532165081
96.900887151515.29582067947-4.611919307477.89143489695-5.086447819323.69630684074-0.04734658648991.060463485570.579620057914-0.3930549376670.7755302656050.780171855179-0.257471543357-1.13950728004-0.8499070861980.2826895929980.00605582772220.03436962150180.5108788624910.009255927375150.36565896081520.450440274460.21857921142.5427382707
108.428648058670.1663300384945.826180142747.965645311961.233004332884.368020802020.3888330192390.355496781153-1.15605499342-0.02039075799570.1000010805231.181674563021.255030225-0.912051364656-0.6019830253670.551778550611-0.1647394452140.03987154245890.585071673044-0.003897021740790.56027481766118.872015463845.242239484848.6474234723
117.474162869611.302668049083.888271257873.874830239462.043954016926.13167562301-0.0440141373739-0.0693621542889-0.3210094049190.1016458943810.0933292293396-0.1350480883540.282033974190.127637905496-0.02301200759740.160415678171-0.01223757030730.07260874346880.2878143916320.009996749794780.16215034151327.897440580451.952207702849.7232974467
122.38247378285-4.08367925939-2.105484174768.3624557864.628242982563.287932681240.6562648741980.845248028925-0.672539008537-0.6251581260070.3370127008441.70824102541-0.105148172269-2.92483723591-0.8826084593330.422305915883-0.0314742762014-0.03104024232021.35367791389-0.03127926887850.76041489090112.321268745952.566525361641.8311915654
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 8 through 127 )CA8 - 1271 - 118
22chain 'C' and (resid 128 through 248 )CA128 - 248119 - 239
33chain 'D' and (resid 2 through 15 )DC2 - 151 - 14
44chain 'D' and (resid 16 through 53 )DC16 - 5315 - 52
55chain 'D' and (resid 54 through 79 )DC54 - 7953 - 78
66chain 'D' and (resid 80 through 96 )DC80 - 9679 - 95
77chain 'D' and (resid 97 through 108 )DC97 - 10896 - 107
88chain 'D' and (resid 109 through 122 )DC109 - 122108 - 121
99chain 'D' and (resid 123 through 141 )DC123 - 141122 - 140
1010chain 'D' and (resid 142 through 156 )DC142 - 156141 - 155
1111chain 'D' and (resid 157 through 181 )DC157 - 181156 - 180
1212chain 'D' and (resid 182 through 194 )DC182 - 194181 - 193

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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