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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ryl | ||||||
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Title | T cell receptor CO3 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / CD1 / TCR / lipid antigen | ||||||
Function / homology | ![]() alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling ...alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / extracellular space / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wegrecki, M. / Le Nours, J. / Rossjohn, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Atypical sideways recognition of CD1a by autoreactive gamma delta T cell receptors. Authors: Wegrecki, M. / Ocampo, T.A. / Gunasinghe, S.D. / von Borstel, A. / Tin, S.Y. / Reijneveld, J.F. / Cao, T.P. / Gully, B.S. / Le Nours, J. / Moody, D.B. / Van Rhijn, I. / Rossjohn, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 232.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 155.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rymC ![]() 7rynC ![]() 7ryoC ![]() 4x6bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27987.078 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Protein | Mass: 23622.590 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.15M Ammonium sulfate, 15% PEG 4000, 0.1 MES pH 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 9, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.93222 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→45.47 Å / Num. obs: 30668 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 30.71 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.743 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2241 / CC1/2: 0.538 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4X6B Resolution: 2→45.47 Å / SU ML: 0.2383 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.0376 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→45.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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