PDB-7ry5: Cellular Retinoic Acid Binding Protein II with Bound Inhibitor 4-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ry5

タイトル

Cellular Retinoic Acid Binding Protein II with Bound Inhibitor 4-[6-({4-[(fluorosulfonyl)oxy]phenyl}ethynyl)-4,4-dimethyl-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]-4-oxobutanoic acid

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN/INHIBITOR /

Inhibitor complex (酵素阻害剤) /

SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting /

retinoid binding /

retinal binding /

retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process /

retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kimmel, B.R. / Mrksich, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Development of an Enzyme-Inhibitor Reaction Using Cellular Retinoic Acid Binding Protein II for One-Pot Megamolecule Assembly.
著者: Kimmel, B.R. / Mrksich, M.

履歴

登録	2021年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ry5.cif.gz	81.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ry5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ry5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ry5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/7ry5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hkrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hzq-1 3d96-1 4qgv-1 2fs7-1 4qgx-1 5b27-d 4azo-d 6mqj-d 5b28-d 4ykm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.2210/image_data.cif / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 2

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

35.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.604, 69.655, 120.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II 分子量: 17393.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-80V / 4-[6-({4-[(fluorosulfonyl)oxy]phenyl}ethynyl)-4,4-dimethyl-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]-4-oxobutanoic acid 分子量: 459.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₂FNO₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.24 % 解説: Long thin needles growing in clusters, which had to be mechanically separated for data collection.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 18% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月17日
放射	モノクロメーター: C(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21965 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.139 / Χ²: 1.621 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / Num. unique obs: 2169 / CC_1/2: 0.877 / CC star: 0.967 / R_pim(I) all: 0.236 / R_rim(I) all: 0.602 / Χ²: 0.964 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000	v714n	データ削減
HKL-2000	v714n	データスケーリング
PHASER	Phaser-2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6HKR

6hkr

解像度: 2→35.057 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.214 / WR_factor R_work: 0.159 / SU B: 4.204 / SU ML: 0.115 / Average fsc free: 0.9252 / Average fsc work: 0.9411 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2333	1083	5.017 %	Random
R_work	0.1754	20503	-	-
all	0.178	-	-	-
obs	-	21586	99.686 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.819 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2214	0	62	255	2531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.668	1.657	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.348	1.607	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.847	5	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.374	22.773	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.272	15	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.851	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.123	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.016	2.354	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.015	2.355	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.973	3.519	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.973	3.52	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.223	2.787	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.194	2.784	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.005	4.027	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.986	4.026	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.488	28.109	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.379	27.488	2462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.27	77	0.216	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.108	0.267	91	0.209	1436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.253	76	0.209	1415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.282	63	0.198	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.277	71	0.189	1354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.256	69	0.181	1281	X-RAY DIFFRACTION	99.926
2.39-2.48	0.214	55	0.172	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.581	0.269	78	0.194	1197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.581-2.696	0.227	54	0.178	1137	X-RAY DIFFRACTION	99.9161
2.696-2.827	0.187	66	0.163	1139	X-RAY DIFFRACTION	99.9171
2.827-2.979	0.286	48	0.18	1050	X-RAY DIFFRACTION	99.7275
2.979-3.16	0.231	65	0.184	998	X-RAY DIFFRACTION	99.8122
3.16-3.377	0.262	47	0.179	953	X-RAY DIFFRACTION	99.7009
3.377-3.647	0.205	51	0.158	875	X-RAY DIFFRACTION	99.1435
3.647-3.993	0.215	37	0.167	819	X-RAY DIFFRACTION	99.0741
3.993-4.462	0.235	39	0.145	742	X-RAY DIFFRACTION	99.2376
4.462-5.148	0.198	32	0.139	673	X-RAY DIFFRACTION	98.878
5.148-6.294	0.166	34	0.16	578	X-RAY DIFFRACTION	99.3506
6.294-8.853	0.224	18	0.174	460	X-RAY DIFFRACTION	98.152
8.853-35.057	0.225	12	0.223	275	X-RAY DIFFRACTION	95.3488

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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