PDB-7rwh: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rwh

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor AGI-41998

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / ALLOSTERIC INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / Methylation / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Jin, L. / Padyana, A.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Leveraging Structure-Based Drug Design to Identify Next-Generation MAT2A Inhibitors, Including Brain-Penetrant and Peripherally Efficacious Leads.
著者: Li, M. / Konteatis, Z. / Nagaraja, N. / Chen, Y. / Zhou, S. / Ma, G. / Gross, S. / Marjon, K. / Hyer, M.L. / Mandley, E. / Lein, M. / Padyana, A.K. / Jin, L. / Tong, S. / Peters, R. / Murtie, ...

履歴

登録	2021年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb7rwh.ent.gz	217.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rwh_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rwh_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7rwh_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	7rwh_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rw5C 7rw7C 7rwgC 2p02S 7kcc C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
90.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.560, 94.110, 116.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-412- MG
2	1	A-601- HOH
3	1	A-624- HOH
4	1	A-650- HOH
5	1	A-861- HOH
6	1	A-897- HOH
7	1	A-997- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 8種, 542分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-7UI / 8-(4-bromophenyl)-6-(4-methoxyphenyl)-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylamino]pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-ol 分子量: 505.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₆BrF₃N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 18%-20% PEG6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→36.63 Å / Num. obs: 116890 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 9.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.17→1.2 Å / R_merge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3998

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 1.17→35.95 Å / SU ML: 0.0743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.1522
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1336	5743	4.91 %
R_work	0.1138	111106	-
obs	0.1147	116849	92.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→35.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2996	0	100	530	3626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0104	3362
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2171	4571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0975	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	598
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.1345	1278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.17-1.18	0.2421	61	0.2185	1423	X-RAY DIFFRACTION	35.54
1.18-1.2	0.2195	87	0.2039	1906	X-RAY DIFFRACTION	47.33
1.2-1.21	0.222	123	0.191	2391	X-RAY DIFFRACTION	59.67
1.21-1.23	0.2056	154	0.1762	2741	X-RAY DIFFRACTION	69.74
1.23-1.24	0.1908	166	0.1683	3088	X-RAY DIFFRACTION	77.87
1.24-1.26	0.1955	184	0.1628	3439	X-RAY DIFFRACTION	86.3
1.26-1.28	0.1664	172	0.1564	3724	X-RAY DIFFRACTION	93.18
1.28-1.3	0.1651	188	0.1493	3887	X-RAY DIFFRACTION	96.98
1.3-1.32	0.1653	212	0.1375	3939	X-RAY DIFFRACTION	99.14
1.32-1.34	0.1522	206	0.1274	3974	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.34-1.36	0.132	203	0.1317	3996	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.36-1.39	0.1454	228	0.1287	3982	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.39-1.41	0.1458	203	0.1262	3973	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.41-1.44	0.1411	231	0.1218	3981	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.44-1.47	0.1377	197	0.1198	4030	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.47-1.51	0.1269	207	0.1126	3958	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.51-1.55	0.1198	198	0.1094	4020	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.55-1.59	0.1317	220	0.1076	4013	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.59-1.63	0.1355	205	0.1063	3975	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.63-1.69	0.1231	206	0.1092	4019	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.69-1.75	0.1343	197	0.1072	4016	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.75-1.82	0.114	210	0.1074	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.9	0.1245	209	0.1057	4022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-2	0.1273	223	0.1012	4014	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.13	0.1167	229	0.098	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.29	0.1123	175	0.0984	4089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.52	0.1215	205	0.0974	4039	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.52-2.88	0.1333	226	0.1031	4054	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.89-3.63	0.1286	221	0.103	4107	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.63-35.95	0.1335	197	0.1212	4263	X-RAY DIFFRACTION	99.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.447623644481	-0.222550402601	0.201816811694	0.418805259777	-0.149964690658	0.660494541129	-0.0292034170364	-0.00962574191413	0.0130462646045	0.0270406194875	0.0162540184621	-0.0245530462134	-0.0203075892562	0.020809791649	0.0118051705049	0.06658874733	-0.00447931316637	0.00175562505926	0.0649407879927	-0.00560082586885	0.0765953814514	7.6730185269	6.18445919927	-19.1967803171
2	1.51880362165	-1.59455612896	0.0856461783913	4.00616143198	-0.25577040784	1.78428056255	-0.0475330581494	-0.0246973339335	0.0915846667002	0.101532437669	0.0291621746712	-0.0783482469162	-0.055609385201	0.106222920571	0.028511112186	0.0817757423888	-0.0130930558892	-0.00753958375146	0.0930592520978	-0.00320897111321	0.0729283811298	7.18261840292	15.9437534602	-5.53310977082
3	0.188858753688	-0.0900301303655	-0.0142492906313	0.269890482414	-0.0101159058751	0.180094192472	-0.00196533109148	0.0067256556706	0.022669046509	-0.0120507481331	0.00322965452685	-0.00841985051298	-0.0177066239852	-0.00219539751141	-0.00249331145303	0.0720205237782	-0.00552281515871	-0.00111521444681	0.0725964105356	0.00193191580763	0.0764558221014	5.02848203017	9.74915944453	-28.8485542799
4	1.57421629707	-0.684542034619	0.974593888869	0.566725873923	-0.85450862149	2.95482640618	0.0874144394641	0.180489263553	-0.0596263410528	-0.119596510879	-0.00695826936828	-0.0269543310376	0.257079575243	0.163626319797	-0.103519433901	0.108214326167	-0.00194342501961	0.0136244767031	0.0965785542544	0.00571960528425	0.111177054363	21.3213945103	-5.65559406863	-39.206982439
5	0.830332473599	0.144306331695	0.483762830101	0.922019786171	-0.364685434938	1.31677858217	-0.0543778299445	0.0187516787401	0.0733936926582	-2.44832166373E-5	0.0388541793593	-0.123427681702	-0.0771530422094	0.101532108318	-0.0151004541777	0.0773524525557	-0.0157162698658	-0.00146417129083	0.073381966457	-0.00119937472987	0.101354578447	18.8414166172	7.88153751284	-28.809267983

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 341 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 342 through 364 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 365 through 395 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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