PDB-7rw5: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rw5

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor Compound 1

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / ALLOSTERIC INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Jin, L. / Padyana, A.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Leveraging Structure-Based Drug Design to Identify Next-Generation MAT2A Inhibitors, Including Brain-Penetrant and Peripherally Efficacious Leads.
著者: Li, M. / Konteatis, Z. / Nagaraja, N. / Chen, Y. / Zhou, S. / Ma, G. / Gross, S. / Marjon, K. / Hyer, M.L. / Mandley, E. / Lein, M. / Padyana, A.K. / Jin, L. / Tong, S. / Peters, R. / Murtie, ...

履歴

登録	2021年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年12月25日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rw5.cif.gz	706.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rw5.ent.gz	485.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/7rw5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rw7C 7rwgC 7rwhC 2p02S 7kcc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
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1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

B: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
88.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

D: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.237, 103.990, 113.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.473, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-7U2 / (3'R)-N-(cyclopropylmethyl)-1'-[(2-fluorophenyl)methyl]-4-methyl-5H,7H-spiro[pyrano[4,3-d]pyrimidine-8,3'-pyrrolidin]-2-amine 分子量: 382.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇FN₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.0, (18%-20%) PEG6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 56196 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5514 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 2.48→37.92 Å / SU ML: 0.2818 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6892
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2292	2752	5.05 %
R_work	0.1752	51776	-
obs	0.1779	54528	96.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→37.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11435	0	82	459	11976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	11760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5006	15922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	1772
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2049
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5305	4377

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.52	0.3001	92	0.243	1933	X-RAY DIFFRACTION	71.61
2.52-2.56	0.3114	127	0.237	2099	X-RAY DIFFRACTION	80.48
2.56-2.61	0.3145	140	0.2243	2432	X-RAY DIFFRACTION	90.37
2.61-2.67	0.3311	149	0.2122	2610	X-RAY DIFFRACTION	98.05
2.67-2.73	0.2644	130	0.2093	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.73-2.79	0.2427	142	0.1943	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.79-2.86	0.2707	124	0.1981	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.86-2.94	0.2497	132	0.1973	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.94-3.02	0.2757	117	0.1996	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.02-3.12	0.273	139	0.1924	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.12
3.12-3.23	0.2299	134	0.1763	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.23-3.36	0.225	143	0.1717	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.36-3.51	0.2101	158	0.163	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.51-3.7	0.2013	144	0.1617	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.7-3.93	0.2196	145	0.1536	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.93-4.23	0.2057	148	0.1571	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.42
4.23-4.66	0.1911	144	0.1452	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.66-5.33	0.2072	150	0.1487	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.06
5.33-6.71	0.2227	138	0.1852	2663	X-RAY DIFFRACTION	98.04
6.71-37.92	0.2175	156	0.1794	2646	X-RAY DIFFRACTION	96.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.08463959974	0.251963757357	0.597571442386	1.17925526641	0.636788301681	2.59380935968	-0.173101152392	-0.0209550512847	0.0624007864981	-0.0853618361279	0.105701383174	-0.152597283807	-0.447483199127	0.0947639600252	0.0232640868426	0.178891694547	-0.0237476095971	-0.0227370818996	0.167896122578	0.0259722615775	0.280086728119	16.0491441953	8.93504947782	9.72464789518
2	0.755552257595	-0.474121276819	-0.524311884933	1.53773332866	0.234468632456	3.26896329402	-0.0511997736082	-0.326428639395	0.0515172620235	0.0955187023537	0.0202137730139	-0.318816928266	-0.164759569931	0.484647830588	-0.0285267251539	0.246855036466	-0.0519093385074	-0.0577757324138	0.211574211001	-0.0170500291867	0.318454203303	19.6111345597	11.1618424282	15.746565608
3	2.50249553309	-0.18840218519	-0.345923607949	0.980200032065	0.413716791957	1.55863804032	-0.0519694921958	0.284423469421	-0.0111033107533	-0.114791109767	-0.0321852251005	0.144729319098	-0.0723713999293	-0.253556617708	0.0954490250112	0.209990537999	-0.0260780930436	-0.028245519329	0.246375565784	0.0385817628945	0.272000191357	1.62386716075	5.83528320343	-2.61588116582
4	2.33182385944	-0.524277653195	0.406596779933	1.45663272804	-0.0942693605613	2.04816488421	-0.0132079711842	0.636623943978	0.147808582114	-0.217207034702	-0.0675450414317	-0.249036736745	-0.229728318618	0.359232285789	0.0497357313413	0.262252939838	-0.100763391935	0.0495885682697	0.38566075589	0.0758574116224	0.347891628127	26.9463363235	9.18828186701	-13.1791669809
5	2.01716662177	-0.195511412179	-0.508796671436	1.37690728303	0.0411682181086	2.37471640117	-0.0879461475205	0.294384945375	0.386369571254	-0.258914689605	0.0236137276652	-0.0727279234655	-0.356662467632	-0.000636193421556	0.0435195435302	0.372856606362	-0.0576502532882	-0.0248721223566	0.219303712661	0.0810775488854	0.33306930167	18.587626045	17.4539614328	-4.48557970456
6	0.633638666183	-0.295800423894	0.585474881023	0.420245644237	0.352275322351	1.93663339119	0.0116850464508	-0.174706166759	-0.157177986962	0.044809602015	-0.0671465937692	0.0169473422434	0.258533678353	0.0130166797895	0.0648876389204	0.233420926759	-0.0425059310018	-0.00773545163397	0.159658857511	0.0324036098695	0.27810945541	21.9657463772	-11.7155578902	13.2705187234
7	0.19980543946	0.257921776927	0.900539577002	1.47264525247	1.05401591287	4.01646289308	-0.145807065845	0.0105197917278	0.0646592035563	-0.165346334179	-0.123888041182	0.754417638911	0.250835927246	-0.461535578541	0.220356171134	0.511050959939	-0.111701961826	0.0148378835718	0.387462066958	0.0040056703594	0.56141795769	4.24390790227	-11.806786751	14.3572258274
8	3.180122619	0.481515583973	0.915271307275	1.71112967019	-0.181253412492	2.45980935917	-0.0738216394121	0.192197132102	-0.225426336148	-0.245492469271	0.0455229202653	-0.233510330549	0.431818682125	0.251736402157	0.0398026412044	0.241312960861	0.00994215464104	0.0837699230878	0.188364033349	-0.00995325874526	0.306910455809	31.0747539577	-13.6045245914	-2.4575654704
9	1.99824938352	0.480530878843	-0.0788423612911	1.12279188643	-0.0280779261758	1.56322043904	-0.0250755717185	0.0672430919784	-0.0951070809862	-0.0897544137633	-0.000214390891658	-0.231810997434	0.0383620572643	0.283240285172	0.0258394088731	0.220544452155	0.00166951342215	0.0530539711591	0.206193183052	0.0177536373236	0.334388068986	33.8352885338	-8.40145403975	0.554113842339
10	2.70280630963	0.211109123737	0.435639260422	2.28161988272	-1.12507639427	2.14067675398	-0.123370240904	0.335782810851	-0.0287209243621	-0.247271242809	0.079379634898	0.0999679522135	0.0352005718998	-0.257857040283	0.0827373172957	0.32661581375	-0.0759281832327	-0.0226181760492	0.262663988376	-0.0516718401208	0.363081287243	10.3724403263	-16.0928029995	-12.1596652737
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 135 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 136 through 289 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 290 through 364 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 365 through 395 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 11 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 105 through 135 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 136 through 191 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 192 through 289 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 290 through 341 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 342 through 395 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 13 through 104 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 105 through 191 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 192 through 341 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 342 through 395 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 16 through 113 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 114 through 191 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 192 through 307 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 308 through 391 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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