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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rtp | ||||||
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タイトル | Structure of full-length human lambda-6A light chain JTO in complex with urea stabilizer 20 [1-(2-(7-(diethylamino)-4-methyl-2-oxo-2H-chromen-3-yl)ethyl)-3-(pyridin-3-ylmethyl)urea] | ||||||
![]() | JTO light chain | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / amyloidosis | ||||||
機能・相同性 | Chem-NY9 / PHOSPHATE ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yan, N.L. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Amyloidogenic immunoglobulin light chain kinetic stabilizers comprising a simple urea linker module reveal a novel binding sub-site. 著者: Yan, N.L. / Nair, R. / Chu, A. / Wilson, I.A. / Johnson, K.A. / Morgan, G.J. / Kelly, J.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 686 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 688.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6mg5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23211.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NY9 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.95 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 and 0.25 M NH4H2PO4 at 23 degrees C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→47.37 Å / Num. obs: 29655 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.034 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 4230 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.21 / Rsym value: 0.72 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6MG5 解像度: 2.09→47.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 156.13 Å2 / Biso mean: 30.592 Å2 / Biso min: 18.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.09→47.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.09→2.141 Å / Rfactor Rfree error: 0
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