+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rt0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 1.80 A resolution structure of MAO from P. nicotinovorans in complex with FAD | ||||||
![]() | 4-methylaminobutanoate oxidase (methylamine-forming) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MAO / FAD binding / amine oxidase / flavin oxidase / N-methyl-GABA / GABA | ||||||
機能・相同性 | 4-methylaminobutanoate oxidase (methylamine-forming) / nicotine catabolic process / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 4-methylaminobutanoate oxidase (methylamine-forming)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lovell, S. / Bowman, A. / Battaile, K.P. / Deay, D.O. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: To be determined 著者: Bowman, A. / Deay, D.O. / Battaile, K.P. / Lovell, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 68.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 707.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 711 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44475.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mao, ORF56 / プラスミド: pTBSG / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8GAJ0, 4-methylaminobutanoate oxidase (methylamine-forming) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 % / Mosaicity: 0.11 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1 M Bicine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→45.69 Å / Num. obs: 44295 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 18.56 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 303398 / Scaling rejects: 22 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.48 Å2 / Biso mean: 23.1997 Å2 / Biso min: 8.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→45.69 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %
|