PDB-7rsf: Acetylornithine deacetylase from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rsf

タイトル

Acetylornithine deacetylase from Escherichia coli

要素

Acetylornithine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / acetylornithine deacetylase / ArgE / M20 peptidase / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylornithine deacetylase / acetylornithine deacetylase activity / arginine biosynthetic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Endres, M. / Becker, D.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700060C	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Acetylornithine deacetylase from Escherichia coli
著者: Osipiuk, J. / Endres, M. / Becker, D.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2021年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rsf.cif.gz	308.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rsf.ent.gz	252 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rsf_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rsf_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	7rsf_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	7rsf_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/7rsf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wjb-1 4o23-d 7lgp-d 3ic1-d 4wjb-2 3isz-d 4pqa-1 5e7g-d 1jvq-d 2b4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP96129

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Acetylornithine deacetylase

B: Acetylornithine deacetylase

ヘテロ分子

85.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.700, 70.994, 289.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	Acetylornithine deacetylase / AO / Acetylornithinase / N-acetylornithinase / NAO 分子量: 42739.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 3 N-terminal residues (SNA) are cloning artifacts 由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: argE, Z5515, ECs4886 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X742, acetylornithine deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, 1 M ammonium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.13→46.15 Å / Num. obs: 54637 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.986 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 1.349 / Net I/av σ(I): 15.7 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.13-2.18	3.1	1.013	1.02	2396	0.513	0.823	0.604	1.187	0.94	90.5
2.18-2.22	4.1	0.999		2648	0.596		0.521	1.134	0.938	97.4
2.22-2.26	4.6	0.913		2682	0.68		0.451	1.024	0.945	98.8
2.26-2.31	4.8	0.813		2723	0.759		0.393	0.907	0.953	99.6
2.31-2.36	5	0.707		2723	0.797		0.341	0.788	0.98	99.4
2.36-2.41	5	0.592		2656	0.838		0.285	0.66	1.028	99.1
2.41-2.47	5.1	0.541		2739	0.868		0.257	0.602	1.056	99.3
2.47-2.54	4.8	0.478		2684	0.877		0.234	0.535	1.085	99.4
2.54-2.61	5	0.379		2756	0.929		0.181	0.421	1.154	99.6
2.61-2.7	5.4	0.324		2682	0.945		0.149	0.358	1.188	99.6
2.7-2.79	5.3	0.274		2746	0.954		0.128	0.303	1.29	99.6
2.79-2.9	5.3	0.22		2735	0.972		0.102	0.243	1.502	99.6
2.9-3.04	5.1	0.181		2755	0.977		0.086	0.201	1.603	99.7
3.04-3.2	4.8	0.145		2748	0.984		0.071	0.162	1.783	99.5
3.2-3.4	5.3	0.13		2775	0.986		0.06	0.144	1.864	99.5
3.4-3.66	5.3	0.111		2762	0.984		0.051	0.123	1.861	99.6
3.66-4.03	5.1	0.096		2782	0.989		0.045	0.107	1.765	99.6
4.03-4.61	5.1	0.082		2813	0.992		0.038	0.091	1.604	99.8
4.61-5.81	5.2	0.067		2829	0.995		0.031	0.074	1.516	98.3
5.81-46.15	4.8	0.044		3003	0.998		0.022	0.05	1.393	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.13→46.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 14.135 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2336	2776	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1875	-	-	-
obs	0.1899	51807	98.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.29 Å² / B_iso mean: 46.425 Å² / B_iso min: 28.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.07 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.45 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.13→46.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5917	0	15	155	6087
B_iso mean	-	-	67.64	46.32	-
残基数	-	-	-	-	759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6155
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5754
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.645	8407
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.313	1.572	13289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.538	5	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.234	22.288	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.21	15	979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.773	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1369

LS精密化シェル

解像度: 2.13→2.18 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	191	-
R_work	0.337	3134	-
obs	-	-	82.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8275	-0.1097	0.9474	0.3244	-0.1357	2.2632	0.0483	-0.1372	-0.0059	0.0185	0.073	0.0318	-0.1008	0.0088	-0.1213	0.0404	0.0031	0.027	0.2483	0.011	0.0206	45.2326	50.8107	43.4693
2	0.7372	-0.101	-0.0146	0.4474	-0.0782	2.3742	0.0743	0.1371	0.0241	0.0081	0.087	0.0244	-0.2289	-0.1824	-0.1613	0.035	0.0181	0.0106	0.105	0.0436	0.0239	27.0456	57.0175	-13.8497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 502
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 503

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