PDB-7rrk: Crystal structure of fast switching M159E mutant of fluorescent p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rrk

タイトル

Crystal structure of fast switching M159E mutant of fluorescent protein Dronpa (Dronpa2)

要素

Fluorescent protein Dronpa

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Dronpa2

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / identical protein binding / metal ion binding / Fluorescent protein Dronpa

機能・相同性情報

生物種

Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.929 Å

データ登録者

Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Energetic Basis and Design of Enzyme Function Demonstrated Using GFP, an Excited-State Enzyme.
著者: Lin, C.Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2021年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rrk.cif.gz	735 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rrk.ent.gz	609.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7rrk_validation.pdf.gz	532.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rrk_full_validation.pdf.gz	579.4 KB	表示
XML形式データ	7rrk_validation.xml.gz	81.5 KB	表示
CIF形式データ	7rrk_validation.cif.gz	112.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/7rrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/7rrk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7rrhC 7rriC 7rrjC 4utsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h8q-1 2gx0-d 1zux-d 2z6x-2 3cgl-1 2z6y-d 6nqk-2 6nqv-1 4izn-2 6nql-1 1zgq-2 4hq9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

232 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.825, 85.732, 143.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluorescent protein Dronpa 分子量: 28989.588 Da / 分子数: 8 / 変異: M159E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物) 遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.4, 0.1 M MgCl2, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.929→39.284 Å / Num. obs: 139109 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.1 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.929→1.998 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 1.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 13363 / CC_1/2: 0.735 / CC star: 0.92 / R_pim(I) all: 0.5 / R_rim(I) all: 1.77 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13rc2_2986	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UTS

4uts

解像度: 1.929→37.73 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	6927	5 %
R_work	0.2423	-	-
obs	0.2435	138652	95.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.929→37.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13882	0	0	1253	15135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14767
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	19990
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.181	12033
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	2029
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9293-1.9512	0.3547	215	0.3563	4075	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9512-1.9742	0.3266	226	0.3013	4296	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9742-1.9983	0.3155	226	0.2938	4307	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9983-2.0235	0.3217	228	0.2991	4324	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0235-2.0502	0.3237	228	0.2929	4338	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0502-2.0783	0.3238	228	0.2863	4322	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0783-2.1079	0.303	231	0.2857	4384	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1079-2.1394	0.2801	225	0.2816	4293	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1394-2.1728	0.3184	223	0.287	4221	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1728-2.2085	0.3072	231	0.2776	4381	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2085-2.2465	0.3163	229	0.2737	4365	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2465-2.2874	0.2898	233	0.2773	4419	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2874-2.3314	0.2987	229	0.275	4358	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3314-2.3789	0.2966	231	0.271	4385	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3789-2.4307	0.2871	231	0.2687	4377	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4307-2.4872	0.2808	232	0.2691	4439	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4872-2.5494	0.3308	232	0.2632	4412	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5494-2.6183	0.3109	224	0.26	4283	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6183-2.6953	0.2766	231	0.2619	4399	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6953-2.7823	0.3198	235	0.2511	4462	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7823-2.8817	0.2918	235	0.2509	4473	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8817-2.9971	0.2716	237	0.2419	4483	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9971-3.1334	0.2802	235	0.2356	4474	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1334-3.2985	0.2528	237	0.23	4520	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2985-3.5051	0.2772	229	0.2206	4337	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5051-3.7755	0.2219	237	0.2144	4524	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7755-4.1551	0.2294	238	0.211	4528	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1551-4.7554	0.2009	239	0.1953	4538	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7554-5.9879	0.2446	234	0.2144	4436	X-RAY DIFFRACTION	96
5.9879-37.73	0.227	238	0.2411	4572	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8838	-1.4444	-0.3692	2.192	0.7847	2.0246	0.339	0.3148	-0.1138	-0.4033	-0.2835	-0.228	0.2486	0.1617	-0.1186	0.9634	0.2359	0.0469	1.1668	-0.045	0.3999	28.725	-0.755	44.177
2	0.7816	-0.8812	-0.0289	2.7094	-0.4854	1.7548	0.2614	0.4855	0.2728	-0.3886	-0.6889	-0.5268	-0.0583	0.4971	0.3666	0.9322	0.0257	-0.012	1.1087	0.0916	0.3661	30.483	6.513	46.873
3	1.4122	0.0283	0.2917	1.3826	-0.2253	0.1507	0.2389	0.2004	-0.0333	-0.1698	-0.3393	0.0702	0.0367	-0.051	0.0921	0.7975	0.04	0.0009	0.8531	-0.0213	0.3711	24.779	-0.6	56.838
4	1.1204	0.0525	0.3348	2.6392	-0.3893	2.4706	-0.1643	-0.0141	0.0015	0.1938	0.0373	-0.7775	-0.2092	-0.4749	-0.0545	0.6963	0.0678	0.0221	0.862	0.0579	0.4555	35.888	3.004	56.188
5	3.1944	-2.7828	-0.1821	6.0296	0.8218	2.3162	0.2039	0.4636	-0.4366	-0.2773	-0.3821	0.3046	0.2588	0.2217	0.1017	0.2346	0.0692	0.0601	0.2847	0.0219	0.3642	34.983	1.254	-27.052
6	2.9006	-2.0363	1.372	4.0776	-1.877	2.6629	0.1736	0.4446	0.0715	-0.1029	-0.2398	-0.1075	-0.0273	0.4175	0.0234	0.2049	0.0707	0.0763	0.3263	0.0297	0.2989	38.606	5.488	-25.877
7	1.3808	-0.1991	-0.0781	1.5235	-0.0862	1.2903	0.1049	0.1891	0.0096	-0.1939	-0.1579	-0.0555	0.0751	0.1772	0.0428	0.1436	0.0596	0.0352	0.1938	0.0187	0.2656	31.602	4.32	-16.84
8	1.2617	1.8473	1.2422	6.1215	1.8068	2.6268	0.2382	0.0872	0.1237	0.3563	-0.1919	-0.1024	0.0982	0.1643	-0.0688	0.1241	0.0437	0.0502	0.1592	0.0129	0.3153	31.319	6.852	-8.873
9	1.519	-0.3426	-0.1073	1.8664	-0.1665	1.2605	-0.0115	0.2529	-0.055	-0.1078	0.04	-0.2254	0.0804	0.2609	0.0096	0.1513	0.0616	0.0264	0.2706	0.0053	0.276	38.766	1.905	-15.944
10	1.1249	-0.5839	0.1927	0.2738	-0.0972	-0.0045	-0.4161	-0.7975	-0.8342	-0.1879	0.0785	0.2058	-0.2338	0.1964	0.3417	0.5846	0.2676	0.0665	0.5557	0.0859	0.4719	48.559	-11.559	2.663
11	1.4386	-0.4097	-0.359	1.4333	-0.4837	0.7289	-0.1242	-0.2699	0.1976	0.2666	0.035	0.1043	-0.1146	-0.5054	0.0863	0.7234	0.065	-0.0574	0.9406	-0.0485	0.3483	-2.338	16.012	89.956
12	2.0838	0.0624	-1.1501	1.0915	-0.8941	2.5419	-0.0894	-0.2797	-0.0098	-0.3066	-0.0047	-0.3028	0.3122	-0.4727	0.0031	0.7654	0.0382	0.0204	0.6473	-0.0161	0.343	7.229	10.897	80.96
13	1.4512	0.0655	0.1158	1.3795	0.5929	1.6883	-0.2891	-0.1497	0.0896	-0.0257	0.0418	-0.0604	-0.0299	-0.2936	0.1714	0.7423	-0.0023	-0.0746	0.795	-0.0022	0.3135	5.124	14.301	84.486
14	3.111	1.8218	1.5651	2.7894	2.0778	1.5699	0.108	-0.1282	-0.1495	-0.1112	-0.1065	-0.1461	0.5553	0.015	0.0605	0.6839	-0.0521	-0.0376	0.7315	-0.0268	0.3541	2.49	13.938	75.787
15	1.9528	0.2389	-0.299	1.6357	-0.4761	0.3847	-0.0202	0.1338	0.1589	0.1108	0.1207	0.0727	-0.1695	0.066	-0.0381	0.84	0.0153	0.0032	0.844	-0.0633	0.3029	-1.452	17.216	80.655
16	9.2344	-1.6365	-1.4114	2.3316	0.6868	3.0177	-0.2452	-0.8011	-0.2295	0.2816	0.1572	0.2633	-0.0011	-0.4257	0.0566	0.2362	0.0255	0.0266	0.2628	0.0148	0.225	4.199	17.871	23.496
17	1.3914	-0.0571	0.0525	1.5453	-0.0536	1.5743	0.0016	-0.1715	-0.0384	0.1907	-0.001	0.0517	-0.1255	-0.2238	0.0188	0.177	0.0117	0.0306	0.1838	-0.0247	0.2163	6.07	17.191	17.207
18	5.0314	-1.7141	-0.2263	2.2514	2.6073	3.8888	-0.0378	-0.0104	0.3934	-0.1661	0.0058	-0.2272	-0.5568	0.1911	-0.0587	0.2034	-0.0723	-0.0122	0.1603	-0.0365	0.3953	25.745	25.598	9.655
19	1.4429	1.4404	0.5625	1.8278	0.7232	1.2616	-0.08	-0.123	-0.0895	-0.4177	-0.0054	-0.0994	-0.2481	-0.2088	0.0563	0.093	0.0105	0.002	0.181	-0.0281	0.3027	7.407	17.369	4.526
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精密化 TLSグループ

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4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 189:220 )	A	189 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 4:20 )	B	4 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 21:46 )	B	21 - 46
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 136:163 )	D	136 - 163
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 164:188 )	D	164 - 188
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 189:220 )	D	189 - 220
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN E AND RESID 5:32 )	E	5 - 32
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN E AND RESID 33:135 )	E	33 - 135
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 136:163 )	E	136 - 163
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN E AND RESID 164:220 )	E	164 - 220
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN F AND RESID 5:32 )	F	5 - 32
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN F AND RESID 33:99 )	F	33 - 99
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN F AND RESID 124:135 )	F	124 - 135
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32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN F AND RESID 189:220 )	F	189 - 220
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN G AND RESID 124:151 )	G	124 - 151
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN G AND RESID 152:163 )	G	152 - 163
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN G AND RESID 164:179 )	G	164 - 179
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN H AND RESID 4:20 )	H	4 - 20
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN H AND RESID 21:46 )	H	21 - 46
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN H AND RESID 47:99 )	H	47 - 99
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN H AND RESID 100:123 )	H	100 - 123
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN H AND RESID 124:135 )	H	124 - 135
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN H AND RESID 136:151 )	H	136 - 151
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN H AND RESID 152:163 )	H	152 - 163
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN H AND RESID 164:179 )	H	164 - 179
51	X-RAY DIFFRACTION	51	( CHAIN H AND RESID 180:216 )	H	180 - 216
52	X-RAY DIFFRACTION	52	( CHAIN H AND RESID 217:228 )	H	217 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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