PDB-7rq0: HIV Integrase CORE domain in complex with 2-{2-[2-(3-{[4-(2-{[(3-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rq0

タイトル

HIV Integrase CORE domain in complex with 2-{2-[2-(3-{[4-(2-{[(3-{2-[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}phenyl)methyl]amino}ethyl)piperazin-1-yl]methyl}phenyl)ethynyl]-5-methyl-1-benzofuran-3-yl}acetic acid

要素

Integrase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / HIV / Integrase / Inhibitor complex / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Gorman, M.A. / Parker, M.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV integrase-LEDGF interaction screening by fragment linking using off-rate screening
著者: Gorman, M.A. / Parker, M.W.

履歴

登録	2021年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rq0.cif.gz	176.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rq0.ent.gz	141 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rq0_validation.pdf.gz	610.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rq0_full_validation.pdf.gz	616.1 KB	表示
XML形式データ	7rq0_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	7rq0_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/7rq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/7rq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3l3vS 6we7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrase

B: Integrase

ヘテロ分子

37.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.417, 46.417, 138.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Integrase 分子量: 17841.289 Da / 分子数: 2 / 断片: CORE domain (UNP residues 50-212) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q76353, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-6I2 / {2-[(3-{[4-(2-{[(3-{[3-(carboxymethyl)-5-methyl-1-benzofuran-2-yl]ethynyl}phenyl)methyl]amino}ethyl)piperazin-1-yl]methyl}phenyl)ethynyl]-5-methyl-1-benzofuran-3-yl}acetic acid 分子量: 733.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₄₃N₃O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.08 % / 解説: Bi-pyramid
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.2 M ammonium sulfate, pH 7.0, 100 mM potassium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.42 Å / Num. obs: 41174 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 1409 / CC_1/2: 0.869 / R_pim(I) all: 0.239

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3L3V

3l3v

解像度: 1.95→38.54 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 30.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2703	4029	9.79 %
R_work	0.2298	-	-
obs	0.2338	41174	98.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→38.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2131	0	90	59	2280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.033	3042
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.966	299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	339
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.98	0.4263	84	0.3204	1083	X-RAY DIFFRACTION	83
1.98-2	0.27	168	0.2824	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.3431	127	0.2599	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.05	0.2758	156	0.2593	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.3574	132	0.2639	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2951	152	0.2638	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.3106	112	0.2645	1274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.17	0.3149	134	0.2865	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.21	0.4296	160	0.3395	1331	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.25	0.531	118	0.4604	1161	X-RAY DIFFRACTION	89
2.25-2.29	0.5059	111	0.4239	1123	X-RAY DIFFRACTION	88
2.29-2.33	0.277	132	0.2689	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.2931	146	0.2543	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.43	0.2519	138	0.2505	1375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.49	0.2868	142	0.2457	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.2615	135	0.2452	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.62	0.2664	132	0.2432	1341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.7	0.3516	150	0.2463	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.78	0.2907	166	0.2172	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.88	0.2622	154	0.2329	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3	0.3027	96	0.2077	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.14	0.2333	174	0.1982	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.3	0.2712	191	0.2231	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.51	0.2734	164	0.2146	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.78	0.236	126	0.189	1262	X-RAY DIFFRACTION	97
3.78-4.16	0.1806	131	0.1892	1354	X-RAY DIFFRACTION	99
4.16-4.76	0.2131	124	0.1656	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.99	0.2238	157	0.1932	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
6-38.54	0.242	117	0.2193	1298	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.1595 Å / Origin y: 11.8569 Å / Origin z: -18.7156 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1868 Å²	0.0754 Å²	-0.0083 Å²	-	0.1611 Å²	-0.0164 Å²	-	-	0.1689 Å²
L	1.9248 °²	0.8427 °²	0.1057 °²	-	1.5737 °²	0.0358 °²	-	-	3.8955 °²
S	0.0666 Å °	0.0517 Å °	0.1166 Å °	0.0346 Å °	0.0308 Å °	0.1099 Å °	-0.0775 Å °	-0.0873 Å °	-0.0715 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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