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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rp8 | |||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of OXA-24/40 K84D in complex with imipenem | |||||||||
![]() | Beta-lactamase | |||||||||
![]() | HYDROLASE/Inhibitor / acyl-enzyme complex / carbapenemase / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Powers, R.A. / Mitchell, J.M. / June, C.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational flexibility in carbapenem hydrolysis drives substrate specificity of the class D carbapenemase OXA-24/40. 著者: Mitchell, J.M. / June, C.M. / Baggett, V.L. / Lowe, B.C. / Ruble, J.F. / Bonomo, R.A. / Leonard, D.A. / Powers, R.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 779.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 781 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7rp9C ![]() 7rpaC ![]() 7rpbC ![]() 7rpcC ![]() 7rpdC ![]() 7rpeC ![]() 7rpfC ![]() 7rpgC ![]() 2jc7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27660.760 Da / 分子数: 1 / 変異: K84D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: blaOXA-33, bla-OXA-40, blaOXA-24, blaOXA-40, oxa-24, oxa40, SI89_16690 プラスミド: pET24a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ID1 / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 2% v/v PEG 4000, 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.278→102.164 Å / Num. obs: 20836 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 171986 |
反射 シェル | 解像度: 2.278→2.285 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Num. unique obs: 209 / Rpim(I) all: 0.222 / Rrim(I) all: 0.658 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2JC7 解像度: 2.28→102.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.196 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.95 Å2 / Biso mean: 50.131 Å2 / Biso min: 19.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.28→102.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.28→2.337 Å / Rfactor Rfree error: 0
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