PDB-7rol: Amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rol

タイトル

Amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 with G95W mutation, bromo derivative

要素

Alpha-crystallin B chain peptide

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid oligomer

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.996 Å

Model details

Amyloid Oligomer

データ登録者

Sawaya, M.R. / Do, T.D. / Eisenberg, D.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Atomic view of an amyloid dodecamer exhibiting selective cellular toxic vulnerability in acute brain slices.
著者: Gray, A.L.H. / Sawaya, M.R. / Acharyya, D. / Lou, J. / Edington, E.M. / Best, M.D. / Prosser, R.A. / Eisenberg, D.S. / Do, T.D.

履歴

登録	2021年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rol.cif.gz	14.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rol.ent.gz	9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7rol_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7rol_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	7rol_validation.xml.gz	3.2 KB	表示
CIF形式データ	7rol_validation.cif.gz	3.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/7rol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/7rol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7rojC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5a0r-2 6si3-2 5a0x-1 6r51-2 4e1m-d 6r4z-1 2zlb-d 2bdi-12 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-crystallin B chain peptide

B: Alpha-crystallin B chain peptide

2.78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-crystallin B chain peptide

B: Alpha-crystallin B chain peptide

x 6

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
16.7 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_554	-y,x-y,z-2/3	1
crystal symmetry operation	3_554	-x+y,-x,z-1/3	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z+1/3	1
crystal symmetry operation	6_554	x-y,x,z-1/3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.930, 36.930, 24.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-crystallin B chain peptide 分子量: 1392.479 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 90-100 / 変異: G95W / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: diammonium phosphate, methyl-2,4-pentandiol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.92004 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92004 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5155
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.4845

反射

解像度: 1.996→31.982 Å / Num. obs: 1372 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.594 % / B_iso Wilson estimate: 52.814 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 0.841 / Net I/σ(I): 14.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.07	19.067	1.794	1.61	149	0.657	1.843	100
2.07-2.16	20.756	1.56	2.24	131	0.773	1.599	99.2
2.16-2.25	19.733	0.969	4.06	131	0.957	0.994	98.5
2.25-2.36	18.709	0.999	3.41	127	0.899	1.028	99.2
2.36-2.49	19.681	0.727	4.75	119	0.982	0.747	100
2.49-2.64	20.765	0.517	6.7	115	0.975	0.53	100
2.64-2.82	20.075	0.326	10.95	107	0.984	0.334	100
2.82-3.05	19.875	0.171	19.35	96	0.993	0.175	100
3.05-3.34	19.143	0.104	26.76	91	0.999	0.106	100
3.34-3.74	19.161	0.078	29.52	87	0.999	0.08	100
3.74-4.31	19.903	0.077	38.47	72	0.999	0.079	100
4.31-5.28	19.925	0.053	47.11	67	1	0.054	100
5.28-7.47	17.745	0.058	43.64	51	1	0.06	100
7.47-31.982	17.034	0.046	48.85	29	1	0.048	100

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	20200131	データ削減
SCALEPACK	20200131	データスケーリング
MLPHARE	7.1.004	位相決定
直接法	7.1.004	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.996→31.982 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / WR_factor R_free: 0.335 / WR_factor R_work: 0.29 / SU B: 5.999 / SU ML: 0.155 / Average fsc free: 0.8926 / Average fsc work: 0.9308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.057
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. The data is merohedral twinning with twinning operator: (-k -h -l) and corresponding twinned fractions: 0.515, 0.485.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3381	142	10.357 %
R_work	0.2933	1229	-
all	0.297	-	-
obs	-	1371	99.637 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.927 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.073 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	15.073 Å²	0 Å²
3-	-	-	-30.146 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.996→31.982 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	188	0	0	0	188

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.677	1.733	252
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.007	1.751	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.632	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.42	26.667	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.269	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.158	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.272	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.53	5.657	86
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.554	5.641	85
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.869	8.527	98
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.823	8.545	99
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.908	6.474	104
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.851	6.472	104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.156	9.465	154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.143	9.464	154
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.121	59.556	178
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.085	59.723	179

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.996-2.231	0.471	41	0.294	348	X-RAY DIFFRACTION	98.9822
2.231-2.574	0.544	31	0.414	299	X-RAY DIFFRACTION	99.6979
2.574-3.147	0.44	35	0.339	256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.147-4.43	0.309	21	0.288	204	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-31.982	0.194	14	0.247	122	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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